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- PDB-9k2t: Crystal structure of HLA-C*1202 in complex with IY10 peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9k2t
タイトルCrystal structure of HLA-C*1202 in complex with IY10 peptide
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • MHC class I antigen
  • peptide from p51 RT
キーワードIMMUNE SYSTEM / CD8+ T cells / HIV-1 / escape mutant / KIR2DL2 / TCR / HLA
機能・相同性
機能・相同性情報


antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / cellular response to iron ion / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / HIV-1 retropepsin ...antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / cellular response to iron ion / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / HIV-1 retropepsin / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / symbiont-mediated activation of host apoptosis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / cellular response to iron(III) ion / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / exoribonuclease H activity / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / HFE-transferrin receptor complex / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell cytokine production / host multivesicular body / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / DNA integration / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / cellular response to nicotine / viral genome integration into host DNA / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / Modulation by Mtb of host immune system / specific granule lumen / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / RNA-directed DNA polymerase activity / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / negative regulation of epithelial cell proliferation / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / MHC class II protein complex binding / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / late endosome membrane / sensory perception of smell / positive regulation of cellular senescence / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / host cell / negative regulation of neuron projection development / protein refolding / viral nucleocapsid / early endosome membrane / DNA recombination / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / DNA-directed DNA polymerase / aspartic-type endopeptidase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / intracellular iron ion homeostasis / DNA-directed DNA polymerase activity / learning or memory / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral translational frameshifting / Golgi membrane / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / focal adhesion / lipid binding / Neutrophil degranulation / symbiont entry into host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / proteolysis / extracellular space
類似検索 - 分子機能
MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Beta-2-Microglobulin / : / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily ...MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Beta-2-Microglobulin / : / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retropepsin-like catalytic domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / : / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Retrovirus capsid, C-terminal / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
MHC class I antigen / Gag-Pol polyprotein / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Chikata, T. / Kuroki, K. / Kuse, N. / Kliszczak, A. / Paes, W. / Tomioka, N. / Parker, R. / Aflalo, A. / Akahoshi, T. / Yamashita, R. ...Chikata, T. / Kuroki, K. / Kuse, N. / Kliszczak, A. / Paes, W. / Tomioka, N. / Parker, R. / Aflalo, A. / Akahoshi, T. / Yamashita, R. / Sakata, R. / Kusaka, H. / Watanabe, Y. / Nicastri, A. / Matsubara, H. / Ose, T. / Kita, S. / Oka, S. / Gatanaga, H. / Lin, Z. / Ternette, N. / Borrow, P. / Maenaka, K. / Takiguchi, M.
資金援助 日本, 3件
組織認可番号国
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)17fk0410302h0003 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)21fk0410032h0003 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)20H03726 日本
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of HLA-C*1202 in complex with IY10 peptide
著者: Chikata, T. / Kuroki, K. / Kuse, N. / Kliszczak, A. / Paes, W. / Tomioka, N. / Parker, R. / Aflalo, A. / Akahoshi, T. / Yamashita, R. / Sakata, R. / Kusaka, H. / Watanabe, Y. / Nicastri, A. / ...著者: Chikata, T. / Kuroki, K. / Kuse, N. / Kliszczak, A. / Paes, W. / Tomioka, N. / Parker, R. / Aflalo, A. / Akahoshi, T. / Yamashita, R. / Sakata, R. / Kusaka, H. / Watanabe, Y. / Nicastri, A. / Matsubara, H. / Ose, T. / Kita, S. / Oka, S. / Gatanaga, H. / Lin, Z. / Ternette, N. / Borrow, P. / Maenaka, K. / Takiguchi, M.
履歴
登録2024年10月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年9月17日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MHC class I antigen
B: Beta-2-microglobulin
C: peptide from p51 RT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,9373
ポリマ－44,9373
非ポリマー00
水2,396133
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4380 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area19330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.331, 116.168, 181.208
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 MHC class I antigen


分子量: 31900.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A165EYK7
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド peptide from p51 RT


分子量: 1156.373 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human immunodeficiency virus type 1 (Z2/CDC-Z34 ISOLATE) (ヒト免疫不全ウイルス)
参照: UniProt: P12499
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.62 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: PEG

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2015年1月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→48.9 Å / Num. obs: 24233 / % possible obs: 99.88 % / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 36.68 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.098 / Net I/σ(I): 16.6
反射 シェル解像度: 2.2→2.27 Å / Rmerge(I) obs: 0.874 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 2050 / CC1/2: 0.834 / Rpim(I) all: 0.344 / Rrim(I) all: 0.94

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21_5207精密化
REFMAC5.8.0155精密化
XDS21-Sep-2017データ削減
Aimless0.5.27データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→48.9 Å / SU ML: 0.2661 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.0268
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.243 1197 4.94 %
Rwork0.2154 23036 -
obs0.2168 24233 99.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 45.56 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→48.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3172 0 0 133 3305
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00763261
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.99244429
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0613446
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0059587
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d28.48481209
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.290.32221240.29632513X-RAY DIFFRACTION99.47
2.29-2.390.31381410.26992519X-RAY DIFFRACTION100
2.39-2.520.28631280.26022519X-RAY DIFFRACTION99.92
2.52-2.680.26431410.25892513X-RAY DIFFRACTION99.92
2.68-2.880.32981280.26872533X-RAY DIFFRACTION99.96
2.89-3.180.28471100.24452588X-RAY DIFFRACTION99.96
3.18-3.630.24321350.21532566X-RAY DIFFRACTION100
3.63-4.580.19311330.17722592X-RAY DIFFRACTION100
4.58-48.90.20591570.1762693X-RAY DIFFRACTION99.65
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.81899201701-1.309565208830.3275453448534.990526340013.416301725998.815579794220.08979895593240.122310985496-0.042841099168-0.347077578253-0.3672058113660.5731887089880.404963222229-1.011822838250.3600297218760.3417558060180.00762886034247-0.108501525050.261174493275-0.06112934857040.34919340669716.072474943511.5856307824-14.1405425
22.05608420326-0.6691070910910.06643652743482.489142820140.7718254546954.570995098450.03635048872440.169477822611-0.237274941861-0.392994893812-0.1114532908690.007690019593360.485104966822-0.1476210724120.06385731861160.38810845579-0.007341387387290.01167538429740.1849447150980.03074012566970.29517132215524.6104631027.07015638183-11.6006334611
31.01986924346-0.618582431063-0.1449275975466.31984900543-1.422934897892.242242057830.08535880445540.1317746510670.0680754991851-0.398523647176-0.034791835195-0.1357235787460.1502215127550.146371688597-0.05744090212680.3185001623470.07961073255990.006664876026270.414354945014-0.03266533691290.21946857234719.814542250933.0240826665-33.2075644903
45.96594667347-0.8312990651341.756394861054.364199401040.2597192688115.583493322690.2225922183030.3558366906190.00775003941979-0.526067203755-0.2791412778430.0480897460134-0.081967268731-0.3654413174340.05347538465930.3281921440820.1136370631790.03506046337310.292244023924-0.05980003374190.2574456945859.2713502096130.1804430521-20.1298485774
52.07341117802-5.021229631745.843136038157.61919084481-3.694278258156.32482585514-0.34524225337-0.570221206179-0.233348820590.3313279770240.2093859333750.3230445845960.192882428429-0.8960041831850.06583258479060.177598620604-0.01874405821220.01908931685220.307375241684-0.01962521977470.283830974236.9319101888227.231509478-9.68492606582
69.91333665744-5.519548599522.506045045266.54149095903-1.488102223322.707035058160.2944702425340.584262771642-0.353481289836-0.171118642137-0.3148612512050.6499469820740.150990743967-0.374459478462-0.02763405573470.327764760638-0.01862484563090.02473261520620.329993916845-0.06561432417060.254972740537.4055534694424.1318350275-16.4455484369
75.61557489714-0.6614601376334.014050512164.58098992996-2.776078115222.03920026868-0.1294538075840.5853666061810.380093884483-0.527987403483-0.1562725786870.824784883721-0.683914568019-0.4511868950.1815242672780.5023929728950.210002036719-0.07402204621850.607263059635-0.09798381697870.488247753452-0.83187182747936.9331085256-18.4951349133
81.33752798882-1.342147254150.9957140344091.3649591809-1.744744068536.003092408360.3633686604150.3256403184540.117302552947-0.329669108951-0.1561787879240.197903105154-0.08363572196820.246282425086-0.0764525206920.3316440332190.0522941239587-0.007208774679320.362609230078-0.002870612887190.4417865861218.196301892436.8499237779-13.745844585
96.64904581009-0.3923701244536.339401222173.953029695110.3258579867652.018033343960.6527794806560.216225291295-0.867758397338-0.435888805631-0.0322376584317-0.4077516491031.285691957380.00698682735251-0.5394942736990.511214150502-0.01241201234960.0381250468230.2798293636990.02341019220840.32528752853624.1354448381.32189701587-10.9630972546
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 3 through 38 )AAAAA3 - 381 - 36
22chain 'A' and (resid 39 through 163 )AAAAA39 - 16337 - 161
33chain 'A' and (resid 164 through 277 )AAAAA164 - 277162 - 275
44chain 'B' and (resid 1 through 31 )AAABB1 - 311 - 31
55chain 'B' and (resid 32 through 42 )AAABB32 - 4232 - 42
66chain 'B' and (resid 43 through 72 )AAABB43 - 7243 - 72
77chain 'B' and (resid 73 through 84 )AAABB73 - 8473 - 84
88chain 'B' and (resid 85 through 100 )AAABB85 - 10085 - 100
99chain 'C' and (resid 1 through 10 )AAACC1 - 101 - 10

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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