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- PDB-9k2s: Killer cell immunoglobulin-like receptor 2DL2 in complex with HLA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9k2s
タイトルKiller cell immunoglobulin-like receptor 2DL2 in complex with HLA-C*1202 and IY10 peptide
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • KIR2DL2
  • MHC class I antigen
  • peptide from p51 RT
キーワードIMMUNE SYSTEM / CD8+ T cells / HIV-1 / escape mutant / KIR2DL2 / TCR / HLA
機能・相同性
機能・相同性情報


antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / cellular response to iron ion / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / HIV-1 retropepsin ...antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / cellular response to iron ion / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / HIV-1 retropepsin / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / symbiont-mediated activation of host apoptosis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / cellular response to iron(III) ion / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / exoribonuclease H activity / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / HFE-transferrin receptor complex / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell cytokine production / host multivesicular body / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / DNA integration / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / cellular response to nicotine / viral genome integration into host DNA / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / Modulation by Mtb of host immune system / specific granule lumen / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / RNA-directed DNA polymerase activity / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / negative regulation of epithelial cell proliferation / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / MHC class II protein complex binding / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / late endosome membrane / sensory perception of smell / positive regulation of cellular senescence / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / host cell / negative regulation of neuron projection development / protein refolding / viral nucleocapsid / early endosome membrane / DNA recombination / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / DNA-directed DNA polymerase / aspartic-type endopeptidase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / intracellular iron ion homeostasis / DNA-directed DNA polymerase activity / learning or memory / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral translational frameshifting / Golgi membrane / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / focal adhesion / lipid binding / Neutrophil degranulation / symbiont entry into host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / proteolysis / extracellular space
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Beta-2-Microglobulin / : / Reverse transcriptase thumb ...: / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Beta-2-Microglobulin / : / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retropepsin-like catalytic domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / : / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Retrovirus capsid, C-terminal / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
MHC class I antigen / Gag-Pol polyprotein / Beta-2-microglobulin / KIR2DL2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Chikata, T. / Kuroki, K. / Kuse, N. / Kliszczak, A. / Paes, W. / Tomioka, N. / Parker, R. / Aflalo, A. / Akahoshi, T. / Yamashita, R. ...Chikata, T. / Kuroki, K. / Kuse, N. / Kliszczak, A. / Paes, W. / Tomioka, N. / Parker, R. / Aflalo, A. / Akahoshi, T. / Yamashita, R. / Sakata, R. / Kusaka, H. / Watanabe, Y. / Nicastri, A. / Matsubara, H. / Ose, T. / Kita, S. / Oka, S. / Gatanaga, H. / Lin, Z. / Ternette, N. / Borrow, P. / Maenaka, K. / Takiguchi, M.
資金援助 日本, 3件
組織認可番号国
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)20H03726 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)17fk0410302h0003 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)21fk0410032h0003 日本
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Killer cell immunoglobulin-like receptor 2DL2 in complex with HLA-C*1202 and IY10 peptide
著者: Chikata, T. / Kuroki, K. / Kuse, N. / Kliszczak, A. / Paes, W. / Tomioka, N. / Parker, R. / Aflalo, A. / Akahoshi, T. / Yamashita, R. / Sakata, R. / Kusaka, H. / Watanabe, Y. / Nicastri, A. / ...著者: Chikata, T. / Kuroki, K. / Kuse, N. / Kliszczak, A. / Paes, W. / Tomioka, N. / Parker, R. / Aflalo, A. / Akahoshi, T. / Yamashita, R. / Sakata, R. / Kusaka, H. / Watanabe, Y. / Nicastri, A. / Matsubara, H. / Ose, T. / Kita, S. / Oka, S. / Gatanaga, H. / Lin, Z. / Ternette, N. / Borrow, P. / Maenaka, K. / Takiguchi, M.
履歴
登録2024年10月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年9月17日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: peptide from p51 RT
A: MHC class I antigen
B: Beta-2-microglobulin
C: KIR2DL2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,0494
ポリマ－69,0494
非ポリマー00
水2,594144
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: surface plasmon resonance
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)84.493, 44.585, 88.243
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 111.450, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質・ペプチド peptide from p51 RT


分子量: 1156.373 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human immunodeficiency virus type 1 (Z2/CDC-Z34 ISOLATE) (ヒト免疫不全ウイルス)
参照: UniProt: P12499
#2: タンパク質 MHC class I antigen


分子量: 32004.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A165EYK7
#3: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 13718.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
#4: タンパク質 KIR2DL2 / Killer cell immunoglobulin like receptor / two Ig domains and long cytoplasmic tail 2 / Killer cell ...Killer cell immunoglobulin like receptor / two Ig domains and long cytoplasmic tail 2 / Killer cell immunoglobulin-like receptor 2DL2 / Killer cell immunoglobulin-like receptor two domains long cytoplasmic tail 2


分子量: 22169.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KIR2DL2, KIR2DL3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8N742
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.74 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M K/Na tartrate, 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→48.61 Å / Num. obs: 22791 / % possible obs: 93.7 % / 冗長度: 10.1 % / Biso Wilson estimate: 28.31 Å2 / CC1/2: 0.985 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / Num. unique obs: 2274 / CC1/2: 0.886

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→48.61 Å / SU ML: 0.3188 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.3822
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2994 1163 5.11 %
Rwork0.2446 21618 -
obs0.2474 22781 93.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 32.62 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→48.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4567 0 0 144 4711
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084692
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1516365
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0622655
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0112836
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.4741724
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.510.37041240.31612616X-RAY DIFFRACTION90.61
2.51-2.640.36261440.31692710X-RAY DIFFRACTION94.85
2.64-2.810.39281380.30212751X-RAY DIFFRACTION95.13
2.81-3.020.33561510.292684X-RAY DIFFRACTION94.85
3.02-3.330.32571480.26542715X-RAY DIFFRACTION94.68
3.33-3.810.29281510.23152723X-RAY DIFFRACTION93.59
3.81-4.80.21941290.18542691X-RAY DIFFRACTION92.55
4.8-48.610.27111780.21022728X-RAY DIFFRACTION91.41
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.519239591564.00613319494.802795231195.130805771963.256988741943.22859279321-0.7135183306880.3622041174020.287160465051-0.5072252039610.4230639344240.5235403691-0.1518540286520.578048509360.2615678381880.18881070588-0.009248652080090.01508245232520.348513313370.08285282375210.30557831716819.84519037862.035066743-17.7186384101
25.587698749452.03549150373-0.3019557434822.21274690478-0.3166461131411.109041274620.002193575292120.2450650734590.725050380248-0.08074906516360.008625642960780.293084960354-0.257420633916-0.0739333371007-0.0349780660110.2337052218460.0205133186044-0.01135126222060.1531385470470.008678377366870.22157828525120.342757128710.7758237115-10.1835644673
33.959937916441.61478065819-0.07518225244490.8071589524750.3114965462111.073161489520.2541157416240.0115922948969-0.2828825434410.0742075066211-0.1404288165240.01734109068870.005937935203860.0369786369805-0.1110323991650.1785394176240.0378076803732-0.01068165101650.1122541967860.01509246953580.20839214208420.4795410809-5.6860876219-10.5970665603
40.728461295429-0.2518980304130.4439478034780.8541970633760.5914559032396.82298353332-0.0140237354507-0.179636775957-0.09057530581260.1153952777680.0735529662098-0.09365398054950.5640533992040.274824641287-0.04018806152670.144844693960.0105545555479-0.02431573215550.2056522618520.007735453210760.25113967916137.91543566156.2971315090817.2981435754
52.51401339944-0.384768726525-0.4799775475963.20721552876-0.5072848627423.34084929772-0.0417382577199-0.30358012181-0.1714815546-0.1285980292130.0875217401910.0914928438080.06611904732030.1583339596410.003852969862670.235726906407-0.0006919985218550.122289014680.235367236376-0.06753391600760.16599855292724.131426464914.528332863515.5057029685
61.859785136513.312408135731.604927114817.018452694373.321824778162.98161691628-0.302252403789-0.1701973331540.145532284266-0.5013906496590.008805918777750.313971592018-0.177695536013-0.2756427566780.2832813329970.1603319368090.007954512743740.02505345190130.281344441322-0.02628564954090.16888505850918.090520268515.5043107911.0345784959
73.913227624380.254242623004-0.202459734664.183710358723.550984012413.102996209590.1324965353570.1352245651980.2382588310390.1087592587920.195309297152-0.1486868857-0.1196515088880.117447567832-0.3281628679190.2271145365810.0191662440329-0.009216469890760.1780104486660.06386487462120.12102135318719.844252792316.42768018797.7502469292
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94.111700187680.8677586162810.5125609015138.467207481372.750984326943.79469389208-0.0415648364422-0.5383954414-0.1290466222430.327648552881-0.2308791931581.03839859739-0.0599523967459-0.4986161246430.3098745697290.1886926248430.02732761491380.02529458903270.248401810051-0.01607313691130.26798313482210.568432910813.326272135115.8079291122
103.16340370541.19898441902-3.387009196843.54289298097-2.551688712994.14488952522-0.145698587582-1.10344680264-0.1326939890470.470560133155-0.074656150008-0.0451737118796-0.3814664717040.1372564736960.2295638004160.2405489851510.08041765554330.06085262287910.368757810342-0.02627251733330.14997012503522.36768782516.219799010323.060180977
112.98319397932-1.012246235740.7291746405082.43715733488-0.02023900561822.713320752190.08341526491490.1633568118160.164264524914-0.216838298944-0.0928315444818-0.144832316789-0.254325127612-0.310436584220.02208864172080.240375704056-0.006413357014580.09382390019490.2038337182290.01005572623510.200359203948-5.168804234210.4572589996-31.5452652688
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131.551123026110.70741187787-1.269627503942.952685300581.308534423653.52245752572-0.09568473240830.0564490940896-0.0812057843585-0.2057764840380.028375971947-0.2620188605570.0858091489755-0.2221650896640.01280399856590.306956611934-0.007291369074550.006338362970580.161289579476-0.00984237063560.284670924425.30094494678-13.6528831423-34.0720997231
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'D' and (resid 1 through 10 )DA1 - 101 - 10
22chain 'A' and (resid 4 through 85 )AB4 - 851 - 80
33chain 'A' and (resid 86 through 163 )AB86 - 16381 - 158
44chain 'A' and (resid 164 through 277 )AB164 - 277159 - 272
55chain 'B' and (resid 2 through 20 )BC2 - 201 - 19
66chain 'B' and (resid 21 through 42 )BC21 - 4220 - 41
77chain 'B' and (resid 43 through 72 )BC43 - 7242 - 71
88chain 'B' and (resid 73 through 78 )BC73 - 7872 - 77
99chain 'B' and (resid 79 through 91 )BC79 - 9178 - 90
1010chain 'B' and (resid 92 through 100 )BC92 - 10091 - 99
1111chain 'C' and (resid 7 through 102 )CD7 - 1021 - 91
1212chain 'C' and (resid 103 through 140 )CD103 - 14092 - 129
1313chain 'C' and (resid 141 through 200 )CD141 - 200130 - 183

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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