PDB-9k2n: Crystal structure of Glutamine Synthetase-apo

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9k2n

タイトル

Crystal structure of Glutamine Synthetase-apo

要素

Glutamine synthetase

キーワード

LIGASE / Acinetobacter baumannii / Glutamine synthetase / Biosynthetic protein

機能・相同性

機能・相同性情報

nitrogen utilization / glutamine synthetase / glutamine biosynthetic process / glutamine synthetase activity / ATP binding / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Acinetobacter baumannii AB0057 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.4 Å

データ登録者

Chandrasekaran, P. / Killivalavan, A. / Vaigundan, D. / Yuvaraj, I. / Manju, B. / Sekar, K.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of glutamine synthetase from ESKAPE pathogen Acinetobacter baumannii
著者: Chandrasekaran, P. / Killivalavan, A. / Vaigundan, D. / Yuvaraj, I. / Manju, B. / Sekar, K.

履歴

登録	2024年10月17日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年3月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9k2n.cif.gz	2.4 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9k2n.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9k2n.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9k2n_validation.pdf.gz	4.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9k2n_full_validation.pdf.gz	5 MB	表示
XML形式データ	9k2n_validation.xml.gz	116.7 KB	表示
CIF形式データ	9k2n_validation.cif.gz	146.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k2/9k2n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k2/9k2n	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#30 - 2002年6月グルタミン合成酵素 (Glutamine Synthetase) 類似性 (16)

登録構造単位

A: Glutamine synthetase

B: Glutamine synthetase

C: Glutamine synthetase

D: Glutamine synthetase

E: Glutamine synthetase

F: Glutamine synthetase

ヘテロ分子

314 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Glutamine synthetase

B: Glutamine synthetase

C: Glutamine synthetase

D: Glutamine synthetase

E: Glutamine synthetase

F: Glutamine synthetase

ヘテロ分子

A: Glutamine synthetase

B: Glutamine synthetase

C: Glutamine synthetase

D: Glutamine synthetase

E: Glutamine synthetase

F: Glutamine synthetase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: scanning transmission electron microscopy
628 kDa, 12 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	260.909, 260.909, 154.18
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Auth seq-ID: 2 - 469 / Label seq-ID: 1 - 468

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12
7	Local NCS retraints between domains: 13 14
8	Local NCS retraints between domains: 15 16
9	Local NCS retraints between domains: 17 18
10	Local NCS retraints between domains: 19 20
11	Local NCS retraints between domains: 21 22
12	Local NCS retraints between domains: 23 24
13	Local NCS retraints between domains: 25 26
14	Local NCS retraints between domains: 27 28
15	Local NCS retraints between domains: 29 30

#1: タンパク質	Glutamine synthetase 分子量: 52130.668 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii AB0057 (バクテリア) 遺伝子: AB57_2783 / プラスミド: pET28a+ / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A7U3Y893, glutamine synthetase
#2: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 71.04 % / 解説: Cuboid structure
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: 0.1M NaCl, 0.1M BICINE pH 9.0, 5mM MgCl2, 20% v/v polyethylene glycol monomethyl ether 550 PH範囲: 8.5 - 9.3

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年4月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.4→99.59 Å / Num. obs: 72108 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 6.8 % / CC_1/2: 0.967 / Net I/σ(I): 9
反射シェル	解像度: 3.4→3.47 Å / 冗長度: 7.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 4374 / CC_1/2: 0.36 / % possible all: 98.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430 (refmacat 0.4.100)	精密化
autoPX	9.0.001	data processing
iMOSFLM	ccp4 9.0.001	データ削減
Aimless	ccp4 9.0.001	データスケーリング
MOLREP	ccp4 9.0.001	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.4→93.215 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.904 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.881 / SU B: 77.444 / SU ML: 0.533 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.532 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2702	3543	4.92 %	RANDOM
R_work	0.2327	68469	-	-
all	0.235	-	-	-
obs	-	72012	98.14 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 111.481 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.338 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.338 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.676 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.4→93.215 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	21818	0	68	0	21886

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	22416
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	20468
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.16	1.816	30374
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.73	1.757	47397
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.846	5	2802
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	19.384	5	120
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	23.761	10	3624
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.551	10	1050
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.102	0.2	3235
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	26510
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	5006
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.246	0.2	5902
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.228	0.2	22538
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.2	0.2	11361
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.091	0.2	12624
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.154	0.2	786
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.043	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.232	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.26	0.2	142
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.274	0.2	418
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.284	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.051	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.721	3.007	11226
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.721	3.007	11226
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.949	5.39	14022
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	7.948	5.389	14023
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.652	3.344	11190
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.652	3.344	11191
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.949	6.01	16352
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.949	6.01	16353
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	15.023	36.956	99077
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	15.022	36.955	99077
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.159	0.05	14717
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.174	0.05	14328
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.157	0.05	14620
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.168	0.05	14465
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.179	0.05	14179
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.172	0.05	14349
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_7	0.174	0.05	14453
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_8	0.178	0.05	14451
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_9	0.184	0.05	14230
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_10	0.175	0.05	14220
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_11	0.171	0.05	14529
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_12	0.169	0.05	14404
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_13	0.17	0.05	14448
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_14	0.178	0.05	14120
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_15	0.166	0.05	14560

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.15888	0.05007
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.15888	0.05007
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.17352	0.05007
2	4	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.17352	0.05007
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.15656	0.05008
3	6	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.15656	0.05008
4	7	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.16803	0.05007
4	8	E	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.16803	0.05007
5	9	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.17904	0.05007
5	10	F	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.17904	0.05007
6	11	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.17233	0.05007
6	12	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.17233	0.05007
7	13	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.17437	0.05007
7	14	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.17437	0.05007
8	15	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.17765	0.05007
8	16	E	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.17765	0.05007
9	17	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.18415	0.05007
9	18	F	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.18415	0.05007
10	19	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.17476	0.05007
10	20	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.17476	0.05007
11	21	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.17067	0.05007
11	22	E	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.17067	0.05007
12	23	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.16938	0.05007
12	24	F	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.16938	0.05007
13	25	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.16969	0.05007
13	26	E	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.16969	0.05007
14	27	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.17779	0.05007
14	28	F	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.17779	0.05007
15	29	E	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.16601	0.05007
15	30	F	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.16601	0.05007

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
3.4-3.488	0.343	242	0.343	5001	0.343	5359	0.913	0.916	97.8354	0.317
3.488-3.584	0.321	262	0.287	4820	0.289	5204	0.932	0.947	97.6556	0.25
3.584-3.687	0.302	240	0.279	4722	0.28	5070	0.934	0.946	97.8698	0.239
3.687-3.801	0.274	239	0.25	4613	0.251	4920	0.952	0.96	98.6179	0.208
3.801-3.925	0.318	205	0.259	4527	0.261	4788	0.936	0.952	98.8304	0.222
3.925-4.063	0.279	239	0.233	4323	0.235	4631	0.951	0.965	98.51	0.193
4.063-4.216	0.272	235	0.22	4226	0.223	4496	0.954	0.97	99.2215	0.179
4.216-4.388	0.213	204	0.197	4045	0.198	4301	0.974	0.976	98.791	0.157
4.388-4.582	0.222	183	0.194	3914	0.195	4152	0.972	0.977	98.6753	0.151
4.582-4.805	0.245	230	0.197	3653	0.2	3968	0.97	0.977	97.8579	0.159
4.805-5.064	0.259	151	0.211	3556	0.213	3779	0.962	0.974	98.0947	0.172
5.064-5.371	0.232	193	0.196	3321	0.198	3574	0.97	0.977	98.3212	0.162
5.371-5.74	0.273	161	0.234	3176	0.236	3391	0.951	0.966	98.4075	0.197
5.74-6.198	0.328	167	0.238	2945	0.243	3166	0.927	0.965	98.2944	0.206
6.198-6.787	0.308	143	0.238	2731	0.241	2921	0.941	0.963	98.391	0.205
6.787-7.583	0.242	145	0.199	2460	0.202	2662	0.965	0.975	97.8587	0.176
7.583-8.746	0.22	100	0.2	2201	0.201	2372	0.97	0.974	97.0067	0.185
8.746-10.688	0.272	89	0.201	1882	0.204	2021	0.959	0.976	97.526	0.198
10.688-15.017	0.251	75	0.224	1485	0.225	1617	0.962	0.973	96.475	0.225
15.017-93.215	0.322	40	0.371	868	0.369	979	0.943	0.912	92.7477	0.463

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.1877	0.3205	0.269	1.3843	-0.2079	1.5916	-0.0507	0.141	-0.2343	0.0677	0.1187	-0.5757	0.0781	0.4498	-0.068	0.011	0.0314	-0.0504	0.1505	-0.0829	1.0321	95.672	-53.024	-33.1199
2	2.6375	0.9381	-0.0939	2.9745	0.9942	1.5162	-0.0177	-0.6772	0.5273	0.5559	-0.1044	-0.148	-0.1521	0.2982	0.1222	0.2458	-0.0352	-0.2149	0.2342	-0.1961	1.2133	78.1923	-18.0898	-13.8458
3	2.2826	0.3124	-0.2581	3.5991	0.0466	0.4786	-0.109	-0.1597	0.6762	0.05	-0.0325	0.414	-0.4805	-0.1239	0.1415	0.5637	0.1746	-0.3841	0.066	-0.2293	1.648	42.8365	0.9414	-31.273
4	2.2221	-0.0576	0.2169	2.3634	-0.941	1.5832	0.2491	-0.9182	-0.4176	0.9808	-0.0807	-0.2582	0.3252	-0.1092	-0.1684	0.8425	-0.1819	-0.3116	0.3873	0.1873	1.2562	68.88	-78.0603	-7.3731
5	0.7062	0.1025	-0.392	0.8938	-0.4853	3.6203	0.0543	-0.8997	0.2002	0.9204	-0.2254	0.1206	-0.0061	-0.3332	0.171	1.0214	-0.298	0.1225	1.3978	-0.3325	1.2239	49.8798	-43.0928	9.9816
6	2.2504	0.3898	-0.878	2.1006	0.2456	2.1791	0.0081	-0.7315	0.4878	0.697	-0.2757	0.9222	-0.3201	-0.784	0.2677	0.4617	0.1556	0.1612	0.9823	-0.7107	1.8994	14.867	-25.8694	-9.1554

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	2 - 503
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	B	2 - 502
3	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	C	2 - 501
4	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	D	2 - 501
5	X-RAY DIFFRACTION	5	ALL	E	2 - 501
6	X-RAY DIFFRACTION	6	ALL	F	2 - 501

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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