PDB-9k2k: Structure of ClpP from Staphylococcus aureus in complex with ZY7

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9k2k

タイトル

Structure of ClpP from Staphylococcus aureus in complex with ZY7

要素

ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

キーワード

ANTIBIOTIC / ClpP / Staphylococcus aureus / activator / protease / HYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

endopeptidase Clp / endopeptidase Clp complex / ATP-dependent peptidase activity / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / ATPase binding / serine-type endopeptidase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.74 Å

データ登録者

Li, J.H. / Wu, W. / Zhang, T. / Yang, C.-G.

資金援助

中国, 3件

組織	認可番号	国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	22037007	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	22107109	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	22307029	中国

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2025
タイトル: Structure-Guided Development of ClpP Agonists with Potent Therapeutic Activities against Staphylococcus aureus Infection.
著者: Zhang, T. / Wu, W. / Zhao, Y. / Ding, Z. / Wei, B. / Yang, T. / Li, J. / Wang, P. / Lan, L. / Gan, J. / Yang, C.G.

履歴

登録	2024年10月17日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年2月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9k2k.cif.gz	504.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9k2k.ent.gz		表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k2/9k2k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k2/9k2k	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	9k2aC 9k2bC 9k2cC 9k2dC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

B: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

C: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

D: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

E: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

F: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

G: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

H: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

I: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

J: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

K: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

L: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

M: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

N: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

ヘテロ分子

320 kDa, 14 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	96.368, 174.507, 194.455
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit / Endopeptidase Clp 分子量: 22365.414 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (strain Mu3 / ATCC 700698) (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: clpP, SAHV_0765 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A7WZR9, endopeptidase Clp
#2: 化合物	ChemComp-A1EEG / (6~{S},9~{a}~{S})-6-(2-methylpropyl)-8-(naphthalen-1-ylmethyl)-4,7-bis(oxidanylidene)-~{N}-(phenylmethyl)-3,6,9,9~{a}-tetrahydro-2~{H}-pyrazino[1,2-a]pyrimidine-1-carboxamide 分子量: 498.616 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₀H₃₄N₄O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.89 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M Sodium chloride, 0.1 M BICINE pH9.0, 20% PEG monomethyl ether 550

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.988 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月6日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.988 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.74→129.88 Å / Num. obs: 62269 / % possible obs: 92.4 % / 冗長度: 4 % / CC_1/2: 0.993 / CC star: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.079 / R_pim(I) all: 0.039 / R_rim(I) all: 0.088 / Χ²: 1.994 / Net I/σ(I): 11.8

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.75-2.85	2.4	0.273	5356	0.566	0.85	0.19	0.336	1.072	82.2
2.85-2.96	2.6	0.232	5559	0.741	0.923	0.154	0.281	1.152	85.4
2.96-3.1	2.8	0.199	5711	0.867	0.964	0.124	0.236	1.267	87.5
3.1-3.26	2.9	0.16	5706	0.926	0.981	0.099	0.19	1.404	87.4
3.26-3.46	3.7	0.134	6114	0.969	0.992	0.073	0.154	1.492	93.7
3.46-3.73	4.3	0.107	6297	0.985	0.996	0.053	0.12	1.731	96.3
3.73-4.11	4.6	0.085	6357	0.992	0.998	0.041	0.094	1.951	97.4
4.11-4.7	4.9	0.07	6425	0.994	0.999	0.033	0.077	2.42	97.9
4.7-5.91	5.3	0.072	6428	0.994	0.999	0.033	0.079	2.383	97.9
5.91-30	5.8	0.056	6551	0.998	0.999	0.024	0.061	2.69	98.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0135	精密化
HKL-2000		データスケーリング
autoPROC		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.74→129.88 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.903 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.879 / SU B: 19.099 / SU ML: 0.344 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.438 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24868	3410	5.2 %	RANDOM
R_work	0.22558	-	-	-
obs	0.22678	62269	75.79 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 49.868 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.14 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.87 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-4.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.74→129.88 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	20112	0	518	0	20630

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.019	20975
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.007	0.02	20454
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.644	2.002	28375
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.482	3	47045
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.838	5	2602
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.197	25.515	903
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.007	15	3704
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.881	15	104
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	3255
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	23682
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	4490
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.936	4.868	10474
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.934	4.867	10473
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.756	7.293	13054
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.756	7.294	13055
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.103	5.148	10501
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.102	5.148	10502
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.166	7.611	15322
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.205	37.756	22330
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	7.204	37.756	22331
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	22542	0.05
1	2	B	22542	0.05
2	1	A	22468	0.05
2	2	C	22468	0.05
3	1	A	22182	0.06
3	2	D	22182	0.06
4	1	A	22328	0.05
4	2	E	22328	0.05
5	1	A	22414	0.06
5	2	F	22414	0.06
6	1	A	22402	0.06
6	2	G	22402	0.06
7	1	A	22582	0.03
7	2	H	22582	0.03
8	1	A	22462	0.04
8	2	I	22462	0.04
9	1	A	22602	0.05
9	2	J	22602	0.05
10	1	A	22252	0.06
10	2	K	22252	0.06
11	1	A	22314	0.06
11	2	L	22314	0.06
12	1	A	22386	0.05
12	2	M	22386	0.05
13	1	A	22274	0.05
13	2	N	22274	0.05
14	1	B	22504	0.05
14	2	C	22504	0.05
15	1	B	22236	0.05
15	2	D	22236	0.05
16	1	B	22380	0.04
16	2	E	22380	0.04
17	1	B	22460	0.05
17	2	F	22460	0.05
18	1	B	22438	0.05
18	2	G	22438	0.05
19	1	B	22430	0.04
19	2	H	22430	0.04
20	1	B	22472	0.04
20	2	I	22472	0.04
21	1	B	22782	0.04
21	2	J	22782	0.04
22	1	B	22308	0.05
22	2	K	22308	0.05
23	1	B	22362	0.05
23	2	L	22362	0.05
24	1	B	22428	0.04
24	2	M	22428	0.04
25	1	B	22360	0.05
25	2	N	22360	0.05
26	1	C	22466	0.05
26	2	D	22466	0.05
27	1	C	22236	0.05
27	2	E	22236	0.05
28	1	C	22326	0.05
28	2	F	22326	0.05
29	1	C	22242	0.06
29	2	G	22242	0.06
30	1	C	22380	0.04
30	2	H	22380	0.04
31	1	C	22402	0.04
31	2	I	22402	0.04
32	1	C	22636	0.04
32	2	J	22636	0.04
33	1	C	22374	0.05
33	2	K	22374	0.05
34	1	C	22380	0.05
34	2	L	22380	0.05
35	1	C	22296	0.05
35	2	M	22296	0.05
36	1	C	22126	0.06
36	2	N	22126	0.06
37	1	D	22754	0.05
37	2	E	22754	0.05
38	1	D	22624	0.06
38	2	F	22624	0.06
39	1	D	22528	0.06
39	2	G	22528	0.06
40	1	D	22196	0.05
40	2	H	22196	0.05
41	1	D	22022	0.05
41	2	I	22022	0.05
42	1	D	22478	0.06
42	2	J	22478	0.06
43	1	D	22754	0.05
43	2	K	22754	0.05
44	1	D	22816	0.04
44	2	L	22816	0.04
45	1	D	22716	0.05
45	2	M	22716	0.05
46	1	D	22286	0.05
46	2	N	22286	0.05
47	1	E	22978	0.04
47	2	F	22978	0.04
48	1	E	22742	0.05
48	2	G	22742	0.05
49	1	E	22270	0.04
49	2	H	22270	0.04
50	1	E	22102	0.05
50	2	I	22102	0.05
51	1	E	22692	0.05
51	2	J	22692	0.05
52	1	E	22856	0.04
52	2	K	22856	0.04
53	1	E	22856	0.04
53	2	L	22856	0.04
54	1	E	23128	0.04
54	2	M	23128	0.04
55	1	E	22546	0.04
55	2	N	22546	0.04
56	1	F	22862	0.04
56	2	G	22862	0.04
57	1	F	22344	0.04
57	2	H	22344	0.04
58	1	F	22208	0.05
58	2	I	22208	0.05
59	1	F	22800	0.05
59	2	J	22800	0.05
60	1	F	22742	0.05
60	2	K	22742	0.05
61	1	F	22914	0.05
61	2	L	22914	0.05
62	1	F	22998	0.04
62	2	M	22998	0.04
63	1	F	22644	0.04
63	2	N	22644	0.04
64	1	G	22266	0.05
64	2	H	22266	0.05
65	1	G	22146	0.05
65	2	I	22146	0.05
66	1	G	22668	0.05
66	2	J	22668	0.05
67	1	G	22640	0.05
67	2	K	22640	0.05
68	1	G	22744	0.04
68	2	L	22744	0.04
69	1	G	22782	0.04
69	2	M	22782	0.04
70	1	G	22486	0.04
70	2	N	22486	0.04
71	1	H	22408	0.04
71	2	I	22408	0.04
72	1	H	22534	0.03
72	2	J	22534	0.03
73	1	H	22230	0.05
73	2	K	22230	0.05
74	1	H	22244	0.05
74	2	L	22244	0.05
75	1	H	22330	0.04
75	2	M	22330	0.04
76	1	H	22182	0.05
76	2	N	22182	0.05
77	1	I	22512	0.04
77	2	J	22512	0.04
78	1	I	22190	0.05
78	2	K	22190	0.05
79	1	I	22110	0.05
79	2	L	22110	0.05
80	1	I	22156	0.04
80	2	M	22156	0.04
81	1	I	22202	0.05
81	2	N	22202	0.05
82	1	J	22638	0.06
82	2	K	22638	0.06
83	1	J	22648	0.05
83	2	L	22648	0.05
84	1	J	22710	0.05
84	2	M	22710	0.05
85	1	J	22428	0.04
85	2	N	22428	0.04
86	1	K	22886	0.03
86	2	L	22886	0.03
87	1	K	22766	0.05
87	2	M	22766	0.05
88	1	K	22350	0.05
88	2	N	22350	0.05
89	1	L	22806	0.04
89	2	M	22806	0.04
90	1	L	22432	0.04
90	2	N	22432	0.04
91	1	M	22600	0.04
91	2	N	22600	0.04

LS精密化シェル

解像度: 2.742→2.813 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.369	178	-
R_work	0.358	3336	-
obs	-	-	55.5 %

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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