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万見
- PDB-9k29: Structure of the Salmonella flagellar FliPQR complex reconstitute... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9k29
タイトルStructure of the Salmonella flagellar FliPQR complex reconstituted in the peptidisc
要素
  • Flagellar biosynthetic protein FliP
  • Flagellar biosynthetic protein FliQ
  • Flagellar biosynthetic protein FliR
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Bacterial flagellum / flagellar assembly / electron Cryomicroscopy / type III secretion system / Salmonella / MOTOR PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial-type flagellum basal body / bacterial-type flagellum-dependent swarming motility / bacterial-type flagellum assembly / protein secretion / protein targeting / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Flagellar biosynthesis protein FliQ / Flagellar biosynthesis protein FliR / Flagellar transport protein FliP / Type III secretion system inner membrane R protein / Bacterial export protein family 3 / Bacterial export proteins, family 1 / Bacterial export proteins, family 3 / Flagella transport protein fliP family signature 1. / Type III secretion system inner membrane P protein / FliP family / Flagella transport protein fliP family signature 2.
類似検索 - ドメイン・相同性
Flagellar biosynthetic protein FliQ / Flagellar biosynthetic protein FliP / Flagellar biosynthetic protein FliR
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 (サルモネラ菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å
データ登録者Kinoshita, M. / Miyata, T. / Makino, F. / Imada, K. / Namba, K. / Minamino, T.
資金援助 日本, 10件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP20K15749 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP22K06162 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP19H03182 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP22H02573 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP22K19274 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP19am0101117 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP21am0101117 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP17pc0101020 日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)JP20H05532 日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)JP22H04844 日本
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: A beta-cap on the FliPQR protein-export channel acts as the cap for initial flagellar rod assembly.
著者: Kinoshita, M. / Miyata, T. / Makino, F. / Imada, K. / Namba, K. / Minamino, T.
履歴
登録2024年10月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年8月6日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Flagellar biosynthetic protein FliP
B: Flagellar biosynthetic protein FliP
C: Flagellar biosynthetic protein FliP
D: Flagellar biosynthetic protein FliP
E: Flagellar biosynthetic protein FliP
F: Flagellar biosynthetic protein FliR
G: Flagellar biosynthetic protein FliQ
H: Flagellar biosynthetic protein FliQ
I: Flagellar biosynthetic protein FliQ
J: Flagellar biosynthetic protein FliQ


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)202,75310
ポリマ－202,75310
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質
Flagellar biosynthetic protein FliP


分子量: 26801.086 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 (サルモネラ菌)
遺伝子: fliP, flaR, STM1979
発現宿主: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 (サルモネラ菌)
参照: UniProt: P54700
#2: タンパク質 Flagellar biosynthetic protein FliR


分子量: 30320.314 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 (サルモネラ菌)
遺伝子: fliR, flaP, STM1981
発現宿主: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 (サルモネラ菌)
参照: UniProt: P54702
#3: タンパク質
Flagellar biosynthetic protein FliQ


分子量: 9606.758 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 (サルモネラ菌)
遺伝子: fliQ, flaQ, STM1980
発現宿主: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 (サルモネラ菌)
参照: UniProt: P0A1L5
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Structure of the Salmonella flagellar FliPQR complex reconstituted in the peptidisc
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 (サルモネラ菌)
由来(組換発現)生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 (サルモネラ菌)
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1150 mMsodium chlorideNaCl1
220 mMtris(hydroxymethyl)aminomethaneTris1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: JEOL CRYO ARM 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 50000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN / 試料ホルダーモデル: JEOL CRYOSPECPORTER
撮影電子線照射量: 40 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 4885
電子光学装置エネルギーフィルター名称: In-column Omega Filter
エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャンサンプリングサイズ: 5 µm / 横: 5760 / 縦: 4092

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1015741
3次元再構成解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 109333 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築
IDプロトコル空間
1FLEXIBLE FITREAL
2
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession code詳細Source nameタイプ
17CG4

7cg4

17CG47D84PDBexperimental model
22
32
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00413530
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.71718451
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d12.6764897
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0462290
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0052261

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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