PDB-9k1z: Cryo-EM structure of human taurine transporter bound with nipecot...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9k1z

タイトル

Cryo-EM structure of human taurine transporter bound with nipecotic acid in an inward open state

要素

Fragment antigen binding heavy chain
Fragment antigen binding light chain
Sodium- and chloride-dependent taurine transporter

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Inhibitor / transport protein / structural / protein / STRUCTURAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex

機能・相同性

機能・相同性情報

taurine transmembrane transporter activity / alanine transmembrane transporter activity / gamma-aminobutyric acid transmembrane transporter activity / taurine:sodium symporter activity / import across plasma membrane / gamma-aminobutyric acid import / gamma-aminobutyric acid:sodium:chloride symporter activity / alanine transport / amino acid:sodium symporter activity / amino acid import across plasma membrane ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.27 Å

データ登録者

Du, B. / Yan, K.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Molecular basis of human taurine transporter uptake and inhibition
著者: Du, B. / Yan, K.

履歴

登録	2024年10月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年8月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年8月20日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年8月20日	Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年8月20日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年8月20日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年8月20日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年8月20日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9k1z.cif.gz	154.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9k1z.ent.gz	116 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9k1z.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9k1z_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9k1z_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	9k1z_validation.xml.gz	34.8 KB	表示
CIF形式データ	9k1z_validation.cif.gz	52.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k1/9k1z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k1/9k1z	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	61985MC 61943C 61948C 61949C 61974C 61975C 61976C 61981C 61983C 61987C 9k0cC 9k0nC 9k0oC 9k1fC 9k1hC 9k1iC 9k1vC 9k1xC 9k21C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#171 - 2014年3月神経伝達物質輸送体 (Neurotransmitter Transporters) 類似性 (6) #246 - 2020年6月 SARSコロナウイルス2 スパイク (SARS-CoV-2 Spike) 類似性 (7) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (4)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#171 - 2014年3月
神経伝達物質輸送体 (Neurotransmitter Transporters)
類似性 (6)
#246 - 2020年6月
SARSコロナウイルス2 スパイク (SARS-CoV-2 Spike)
類似性 (7)
#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
#164 - 2013年8月
セロトニン受容体 (Serotonin Receptor)
類似性 (4)

登録構造単位

A: Sodium- and chloride-dependent taurine transporter

H: Fragment antigen binding heavy chain

L: Fragment antigen binding light chain

ヘテロ分子

102 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

#1: タンパク質	Sodium- and chloride-dependent taurine transporter / Sodium- and chloride- dependent taurine transporter TauT / Solute carrier family 6 member 6 分子量: 73446.273 Da / 分子数: 1 変異: D486N, N487R, L488F, Y489S, D490E, G491D, E493R, Y498F, R499P, K319H, Y320N, S322V 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC6A6 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P31641
#2: 抗体	Fragment antigen binding heavy chain 分子量: 13138.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体	Fragment antigen binding light chain 分子量: 14920.076 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 化合物	ChemComp-ID7 / (3R)-piperidine-3-carboxylic acid / (R)-nipecotic acid / (R)-ニペコチン酸分子量: 129.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₁NO₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

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実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素	名称: Human taurine transpoter TauT complex with nipecotic acid タイプ: COMPLEX / Entity ID: #2-#3, #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液	pH: 7.5
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI POLARA 300
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影	電子線照射量: 50 e/Å² フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

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解析

CTF補正	タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成	解像度: 3.27 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 299041 / 対称性のタイプ: POINT

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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