PDB-9k1p: crystal structure of Rtks- C2221

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9k1p

タイトル

crystal structure of Rtks- C2221

要素

Type VI secretion system-associated protein

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Rtks

機能・相同性

:

機能・相同性情報

生物種

Serratia marcescens (霊菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.89 Å

データ登録者

Xu, M. / Ran, T. / Wang, W.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: crystal structure of Rtks
著者: Xu, M. / Ran, T. / Wang, W.

履歴

登録	2024年10月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年10月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9k1p.cif.gz	314.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9k1p.ent.gz	255.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9k1p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9k1p_validation.pdf.gz	532.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9k1p_full_validation.pdf.gz	580.7 KB	表示
XML形式データ	9k1p_validation.xml.gz	67 KB	表示
CIF形式データ	9k1p_validation.cif.gz	85.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k1/9k1p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k1/9k1p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9k0lSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Type VI secretion system-associated protein

B: Type VI secretion system-associated protein

C: Type VI secretion system-associated protein

D: Type VI secretion system-associated protein

E: Type VI secretion system-associated protein

F: Type VI secretion system-associated protein

G: Type VI secretion system-associated protein

H: Type VI secretion system-associated protein

195 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Type VI secretion system-associated protein

D: Type VI secretion system-associated protein

G: Type VI secretion system-associated protein

H: Type VI secretion system-associated protein

A: Type VI secretion system-associated protein

D: Type VI secretion system-associated protein

G: Type VI secretion system-associated protein

H: Type VI secretion system-associated protein

B: Type VI secretion system-associated protein

C: Type VI secretion system-associated protein

E: Type VI secretion system-associated protein

F: Type VI secretion system-associated protein

B: Type VI secretion system-associated protein

C: Type VI secretion system-associated protein

E: Type VI secretion system-associated protein

F: Type VI secretion system-associated protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
391 kDa, 16 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	4_554	x,-y,-z-1	1
crystal symmetry operation	6_554	-x+1/2,-y+1/2,z-1/2	1
crystal symmetry operation	7_544	-x+1/2,y-1/2,-z-1/2	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	153.721, 228.332, 151.623
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z+1/2 #4: -x,-y,z+1/2 #5: x+1/2,y+1/2,z #6: x+1/2,-y+1/2,-z #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

#1: タンパク質	Type VI secretion system-associated protein 分子量: 24424.461 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Serratia marcescens (霊菌) / 遺伝子: DMW43_01670, I8391_000023 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2V4GN18
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.87 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.919 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.919 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.89→50 Å / Num. obs: 59071 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 13 % / CC_1/2: 0.806 / R_pim(I) all: 0.064 / Net I/σ(I): 12
反射シェル	解像度: 2.9→2.95 Å / 冗長度: 11.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 2614 / CC_1/2: 0.751 / R_pim(I) all: 0.341 / % possible all: 89.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.19.2_4158: ???)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 9K0L

9k0l

解像度: 2.89→38.06 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 32.74 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2723	3849	3.42 %
R_work	0.2261	-	-
obs	0.2276	58829	97.49 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.89→38.06 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12446	0	0	40	12486

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	12652
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.741	17252
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.845	1716
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.072	1908
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.019	2300

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.89-2.93	0.4393	114	0.3585	3179	X-RAY DIFFRACTION	76
2.93-2.96	0.3364	127	0.3394	3619	X-RAY DIFFRACTION	88
2.96-3	0.3422	133	0.3379	3779	X-RAY DIFFRACTION	92
3-3.05	0.381	136	0.3427	3927	X-RAY DIFFRACTION	95
3.05-3.09	0.4094	142	0.3139	3992	X-RAY DIFFRACTION	97
3.09-3.14	0.316	142	0.3134	4123	X-RAY DIFFRACTION	99
3.14-3.19	0.3448	142	0.2961	4089	X-RAY DIFFRACTION	99
3.19-3.25	0.3869	144	0.2819	4096	X-RAY DIFFRACTION	99
3.25-3.31	0.3283	147	0.2819	4158	X-RAY DIFFRACTION	100
3.31-3.37	0.3296	148	0.2629	4135	X-RAY DIFFRACTION	100
3.37-3.44	0.3316	149	0.2656	4120	X-RAY DIFFRACTION	100
3.44-3.51	0.3061	144	0.2562	4157	X-RAY DIFFRACTION	100
3.51-3.6	0.343	144	0.2265	4092	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6-3.69	0.2475	147	0.2226	4129	X-RAY DIFFRACTION	100
3.69-3.78	0.3186	148	0.2254	4163	X-RAY DIFFRACTION	100
3.78-3.9	0.299	145	0.211	4095	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9-4.02	0.2441	149	0.2194	4148	X-RAY DIFFRACTION	100
4.02-4.16	0.2391	143	0.1972	4147	X-RAY DIFFRACTION	100
4.17-4.33	0.2204	146	0.1765	4106	X-RAY DIFFRACTION	100
4.33-4.53	0.2139	146	0.1684	4108	X-RAY DIFFRACTION	100
4.53-4.77	0.2283	146	0.1734	4156	X-RAY DIFFRACTION	100
4.77-5.06	0.2016	147	0.1753	4114	X-RAY DIFFRACTION	100
5.07-5.45	0.1935	147	0.1994	4119	X-RAY DIFFRACTION	100
5.46-6	0.2734	145	0.219	4138	X-RAY DIFFRACTION	100
6-6.87	0.2954	147	0.2314	4133	X-RAY DIFFRACTION	100
6.87-8.63	0.2981	148	0.2265	4108	X-RAY DIFFRACTION	100
8.63-38.06	0.2225	133	0.2068	3716	X-RAY DIFFRACTION	90

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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