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- PDB-9k1n: Crystal structure of family 11 xylanase in complex with inhibitor... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9k1n
タイトルCrystal structure of family 11 xylanase in complex with inhibitor (OsXIP)
要素
  • Endo-1,4-beta-xylanase 2
  • Xylanase inhibitor protein XIP
キーワードPROTEIN BINDING / CARBOHYDRATE / HYDROLASE / PLANT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


endo-1,4-beta-xylanase activity / endo-1,4-beta-xylanase / xylan catabolic process / enzyme inhibitor activity / defense response to fungus / carbohydrate metabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Chitinase Cts1-like / : / Glycoside hydrolase family 11, active site 2 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 2. / Glycoside hydrolase family 11, active site 1 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 1. / Glycoside hydrolase family 11 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) domain / Glycosyl hydrolases family 11 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) domain profile. ...Chitinase Cts1-like / : / Glycoside hydrolase family 11, active site 2 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 2. / Glycoside hydrolase family 11, active site 1 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 1. / Glycoside hydrolase family 11 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) domain / Glycosyl hydrolases family 11 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) domain profile. / Glycoside hydrolase family 11/12 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) domain profile. / Glycoside hydrolase family 18, catalytic domain / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Xylanase inhibitor protein XIP / Endo-1,4-beta-xylanase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Rhizopus arrhizus (菌類)
Oryza sativa subsp. japonica (イネ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.205 Å
データ登録者Ohnuma, T. / Takeshita, D.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)19K05834 日本
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2025
タイトル: Molecular arrangements that accompany binding of rice xylanase inhibitor protein OsXIP and the Rhizopus oryzae GH11 xylanase RXyn2.
著者: Ohnuma, T. / Tanaka, J. / Ozaki, H. / Mitsui, K. / Tsujitsugu, D. / Okugawa, M. / Takeda, T. / Ihara, M. / Fukamizo, T. / Takeshita, D.
履歴
登録2024年10月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年9月3日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Endo-1,4-beta-xylanase 2
D: Endo-1,4-beta-xylanase 2
B: Xylanase inhibitor protein XIP
A: Xylanase inhibitor protein XIP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,3814
ポリマ－107,3814
非ポリマー00
水4,972276
1
C: Endo-1,4-beta-xylanase 2
B: Xylanase inhibitor protein XIP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,6902
ポリマ－53,6902
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2210 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area17630 Å2
手法PISA
2
D: Endo-1,4-beta-xylanase 2
A: Xylanase inhibitor protein XIP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,6902
ポリマ－53,6902
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2210 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area17760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)197.555, 197.555, 136.323
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422

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要素

#1: タンパク質 Endo-1,4-beta-xylanase 2 / Xylanase 2 / 1 / 4-beta-D-xylan xylanohydrolase 2


分子量: 22361.113 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhizopus arrhizus (菌類) / 遺伝子: xyn2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: W0HJ53, endo-1,4-beta-xylanase
#2: タンパク質 Xylanase inhibitor protein XIP / OsXIP / Class III chitinase homolog XIP


分子量: 31329.291 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Oryza sativa subsp. japonica (イネ)
遺伝子: XIP, Os05g0247800, LOC_Os05g15880, OJ1037_G10.8, OsJ_17793
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5WMW5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 276 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.28 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1M BIS-TRIS pH 5.5, 2.0M Ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→20 Å / Num. obs: 67529 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 10.4 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 15.35
反射 シェル解像度: 2.2→2.33 Å / Num. unique obs: 20723 / CC1/2: 0.853

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.205→19.915 Å / SU ML: 0.49 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 40.13 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3172 3428 5.08 %
Rwork0.2673 --
obs0.2698 67529 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.205→19.915 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7178 0 0 276 7454
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0027376
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.54510014
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.0274212
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0441025
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031311
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.205-2.23610.49721330.43162634X-RAY DIFFRACTION99
2.2361-2.26940.45651310.40822656X-RAY DIFFRACTION100
2.2694-2.30490.4551400.41352620X-RAY DIFFRACTION100
2.3049-2.34260.44791490.40852628X-RAY DIFFRACTION100
2.3426-2.38290.51521240.40282685X-RAY DIFFRACTION100
2.3829-2.42620.42121360.39732662X-RAY DIFFRACTION100
2.4262-2.47280.4771220.38492665X-RAY DIFFRACTION100
2.4728-2.52310.44191430.37082627X-RAY DIFFRACTION100
2.5231-2.57790.4131560.37312631X-RAY DIFFRACTION100
2.5779-2.63770.4551410.3792682X-RAY DIFFRACTION100
2.6377-2.70350.421520.35762603X-RAY DIFFRACTION100
2.7035-2.77640.42111430.34642671X-RAY DIFFRACTION100
2.7764-2.85790.39991320.33692662X-RAY DIFFRACTION100
2.8579-2.94990.40561390.33682646X-RAY DIFFRACTION100
2.9499-3.05490.3421370.31892674X-RAY DIFFRACTION100
3.0549-3.17680.34291460.29782670X-RAY DIFFRACTION100
3.1768-3.32070.34431430.28762656X-RAY DIFFRACTION100
3.3207-3.49490.31051670.27012661X-RAY DIFFRACTION100
3.4949-3.71260.30561610.25242669X-RAY DIFFRACTION100
3.7126-3.99710.29521540.23452692X-RAY DIFFRACTION100
3.9971-4.39540.25481480.19752673X-RAY DIFFRACTION100
4.3954-5.02250.21351370.17242740X-RAY DIFFRACTION100
5.0225-6.29450.22731520.20012728X-RAY DIFFRACTION100
6.2945-19.9150.23361420.19112866X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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