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- PDB-9k1l: Complex structure of CNK2 and SAMD12 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9k1l
タイトルComplex structure of CNK2 and SAMD12
要素
  • Connector enhancer of kinase suppressor of ras 2
  • Sterile alpha motif domain-containing protein 12
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Neurodevelopmental disorders / synapse formation
機能・相同性
機能・相同性情報


postsynaptic specialization organization / extrinsic component of postsynaptic density membrane / MAP2K and MAPK activation / regulation of signal transduction / postsynaptic density / intracellular signal transduction / neuronal cell body / protein kinase binding / glutamatergic synapse / identical protein binding ...postsynaptic specialization organization / extrinsic component of postsynaptic density membrane / MAP2K and MAPK activation / regulation of signal transduction / postsynaptic density / intracellular signal transduction / neuronal cell body / protein kinase binding / glutamatergic synapse / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Connector enhancer of kinase suppressor of ras 2/3 domain / Connector enhancer of kinase suppressor of ras 2/3 domain / Aveugle-like, SAM domain / : / CRIC domain / : / Connector enhancer of kinase suppressor of ras / CRIC domain profile. / : / SAM domain (Sterile alpha motif) ...Connector enhancer of kinase suppressor of ras 2/3 domain / Connector enhancer of kinase suppressor of ras 2/3 domain / Aveugle-like, SAM domain / : / CRIC domain / : / Connector enhancer of kinase suppressor of ras / CRIC domain profile. / : / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / PH domain / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / PH domain profile. / PDZ domain / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / PH-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Sterile alpha motif domain-containing protein 12 / Connector enhancer of kinase suppressor of ras 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Lin, Z. / Chen, K. / Zhang, M.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2025
タイトル: SAMD12 as a Master Regulator of MAP4Ks by Decoupling Kinases From the CNKSR2 Scaffold.
著者: Pan, W. / Lin, Z. / Chen, S. / Li, J. / Wang, Y. / Chen, K. / Zhang, M.
履歴
登録2024年10月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年3月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年3月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Connector enhancer of kinase suppressor of ras 2
B: Sterile alpha motif domain-containing protein 12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,9363
ポリマ－46,8442
非ポリマー921
水19811
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3330 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area18520 Å2
手法PISA
2
A: Connector enhancer of kinase suppressor of ras 2
B: Sterile alpha motif domain-containing protein 12
ヘテロ分子

A: Connector enhancer of kinase suppressor of ras 2
B: Sterile alpha motif domain-containing protein 12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,8716
ポリマ－93,6874
非ポリマー1842
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_564x,x-y+1,-z-1/61
Buried area9800 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area33890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.307, 109.307, 203.484
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Space group name HallP652(x,y,z+1/12)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+5/6
#3: y,-x+y,z+1/6
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+1/3
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z+2/3
#10: -y,-x,-z+1/6
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+5/6

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要素

#1: タンパク質 Connector enhancer of kinase suppressor of ras 2 / Connector enhancer of KSR 2 / CNK homolog protein 2 / CNK2


分子量: 35486.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cnksr2, Kiaa0902 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q80YA9
#2: タンパク質 Sterile alpha motif domain-containing protein 12 / SAM domain-containing protein 12


分子量: 11356.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Samd12 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q0VE29
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.16 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5 10% w/v Polyethylene glycol 8,000 8% v/v Ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2021年5月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→50 Å / Num. obs: 17568 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20 % / Biso Wilson estimate: 51.54 Å2 / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 14.25
反射 シェル解像度: 2.85→2.9 Å / Num. unique obs: 859 / CC1/2: 0.793

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.85→48.15 Å / SU ML: 0.3875 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.1743
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2992 819 4.9 %
Rwork0.2542 15901 -
obs0.2564 16720 95.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 50.83 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→48.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2884 0 6 11 2901
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00882930
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.05683972
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0514475
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081508
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.7112396
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.85-3.030.33081360.28372564X-RAY DIFFRACTION95.07
3.03-3.260.40191320.30662608X-RAY DIFFRACTION96.28
3.26-3.590.37471400.28252617X-RAY DIFFRACTION96.6
3.59-4.110.33291370.32152425X-RAY DIFFRACTION88.31
4.11-5.170.22291520.19192760X-RAY DIFFRACTION99.15
5.17-48.150.25961220.2232927X-RAY DIFFRACTION97.19
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -49.6161487994 Å / Origin y: 37.6509381158 Å / Origin z: -1.76142305716 Å
111213212223313233
T0.318979454955 Å2-0.0129859375447 Å2-0.0297945931592 Å2-0.349321023749 Å2-0.00099595336405 Å2--0.273824230871 Å2
L1.41002955381 °2-0.116428003767 °2-0.405981453748 °2-1.12258552987 °20.0551651918737 °2--1.11944288562 °2
S-0.0749701190817 Å °-0.289528309546 Å °-0.0513095556687 Å °0.161839467486 Å °0.0401145461407 Å °-0.0833912630277 Å °-0.112025983002 Å °0.0222942318763 Å °0.0398936368944 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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