PDB-9k1k: Yeast Cytosine Deaminase mutant-M100H

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9k1k

タイトル

Yeast Cytosine Deaminase mutant-M100H

要素

Cytosine deaminase

キーワード

ANTITUMOR PROTEIN / Cytosine deaminase

機能・相同性

機能・相同性情報

cytidine metabolic process / pyrimidine-containing compound salvage / diaminohydroxyphosphoribosylaminopyrimidine deaminase activity / cytosine deaminase / cytosine deaminase activity / UMP salvage / cytosine metabolic process / zinc ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.439 Å

データ登録者

Yung, K.W.Y. / Zheng, J.L. / Chan, M.K.

資金援助

香港, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: An engineered yeast cytosine deaminase with improved catalytic activity and stability for macrophage-mediated enzyme/prodrug therapy
著者: Zheng, J.L. / Zhou, J.H. / Yung, K.W.Y. / Lee, M.M. / Chan, M.K.

履歴

登録	2024年10月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年10月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9k1k.cif.gz	186.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9k1k.ent.gz	112.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9k1k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9k1k_validation.pdf.gz	2.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9k1k_full_validation.pdf.gz	2.5 MB	表示
XML形式データ	9k1k_validation.xml.gz	18.7 KB	表示
CIF形式データ	9k1k_validation.cif.gz	26.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k1/9k1k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k1/9k1k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cytosine deaminase

B: Cytosine deaminase

ヘテロ分子

35.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.077, 79.077, 55.910
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	78
Space group name H-M	P4₃

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 7 - 158 / Label seq-ID: 7 - 158

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Cytosine deaminase / yCD / Cytosine aminohydrolase / Fluorocytosine resistance protein 1 分子量: 17536.969 Da / 分子数: 2 / 変異: M100H / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 遺伝子: FCY1, YPR062W, YP9499.17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q12178, cytosine deaminase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 331 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.26 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1M sodium cacodylate, 0.16M sodium acetate, 24% PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 0.99 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2020年8月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.439→50 Å / Num. obs: 62709 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 11.4 % / R_pim(I) all: 0.025 / Net I/σ(I): 31.3
反射シェル	解像度: 1.44→1.49 Å / Num. unique obs: 6120 / R_pim(I) all: 0.122 / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
Blu-Ice		データ収集
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.439→27.958 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.974 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.97 / SU B: 1.173 / SU ML: 0.022 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.052 / ESU R Free: 0.045 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1442	3090	4.946 %
R_work	0.1272	59391	-
all	0.128	-	-
obs	-	62481	99.743 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.027 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.041 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.041 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.083 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.439→27.958 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2370	0	4	331	2705

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.012	2443
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2293
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.326	1.663	3285
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.465	1.589	5307
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.573	5	308
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.906	5	16
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.467	10	449
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.016	10	117
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	343
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	2921
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	555
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.216	0.2	495
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.187	0.2	2095
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.178	0.2	1208
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	1185
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.108	0.2	200
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.199	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.254	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.138	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.165	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.494	1.305	1223
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.489	1.305	1223
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.738	2.347	1528
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.738	2.348	1529
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.242	1.598	1220
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.209	1.595	1219
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.392	2.815	1755
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.39	2.816	1756
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	10.33	14.655	2880
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.048	13.538	2791
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	2.48	3	4736
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.073	0.05	4960

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07294	0.05009
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07294	0.05009

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.439-1.476	0.127	212	0.101	4219	0.103	4564	0.99	0.994	97.0859	0.085
1.476-1.516	0.118	253	0.085	4298	0.087	4552	0.992	0.996	99.978	0.075
1.516-1.56	0.113	242	0.081	4095	0.083	4338	0.992	0.996	99.9769	0.073
1.56-1.608	0.117	200	0.08	4041	0.082	4242	0.992	0.996	99.9764	0.074
1.608-1.661	0.108	199	0.078	3870	0.079	4069	0.992	0.996	100	0.073
1.661-1.719	0.105	164	0.085	3828	0.086	3992	0.993	0.996	100	0.082
1.719-1.783	0.121	183	0.094	3652	0.095	3835	0.99	0.995	100	0.093
1.783-1.856	0.139	201	0.101	3489	0.103	3691	0.988	0.994	99.9729	0.102
1.856-1.938	0.153	176	0.112	3420	0.113	3596	0.987	0.992	100	0.117
1.938-2.032	0.148	154	0.12	3199	0.122	3353	0.987	0.992	100	0.128
2.032-2.141	0.139	174	0.123	3052	0.124	3226	0.989	0.991	100	0.133
2.141-2.271	0.146	165	0.121	2904	0.122	3069	0.988	0.991	100	0.136
2.271-2.426	0.154	123	0.123	2751	0.124	2874	0.986	0.991	100	0.143
2.426-2.619	0.14	132	0.134	2579	0.134	2711	0.987	0.99	100	0.157
2.619-2.866	0.154	117	0.147	2346	0.148	2463	0.983	0.987	100	0.178
2.866-3.2	0.159	132	0.156	2114	0.156	2246	0.985	0.985	100	0.186
3.2-3.688	0.166	99	0.153	1899	0.153	1999	0.985	0.987	99.95	0.188
3.688-4.497	0.152	75	0.146	1602	0.146	1677	0.986	0.987	100	0.19
4.497-6.279	0.156	65	0.171	1279	0.17	1344	0.99	0.987	100	0.225
6.279-27.958	0.211	24	0.185	754	0.185	791	0.974	0.977	98.3565	0.265

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関連情報:EMDBヘッダ

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