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- PDB-9k1f: Cryo-EM structure of human taurine transporter TauT bound with GA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9k1f
タイトルCryo-EM structure of human taurine transporter TauT bound with GABA in an intermediate conformation in the transport cycle
要素
  • (Fragment antigen binding ...) x 2
  • Sodium- and chloride-dependent taurine transporter
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Substrate / transport protein / STRUCTURAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


taurine transmembrane transporter activity / alanine transmembrane transporter activity / gamma-aminobutyric acid transmembrane transporter activity / taurine:sodium symporter activity / import across plasma membrane / gamma-aminobutyric acid import / gamma-aminobutyric acid:sodium:chloride symporter activity / alanine transport / amino acid:sodium symporter activity / amino acid import across plasma membrane ...taurine transmembrane transporter activity / alanine transmembrane transporter activity / gamma-aminobutyric acid transmembrane transporter activity / taurine:sodium symporter activity / import across plasma membrane / gamma-aminobutyric acid import / gamma-aminobutyric acid:sodium:chloride symporter activity / alanine transport / amino acid:sodium symporter activity / amino acid import across plasma membrane / taurine transmembrane transport / amino acid transmembrane transporter activity / Amino acid transport across the plasma membrane / SLC-mediated transport of neurotransmitters / neurotransmitter transport / microvillus membrane / amino acid transport / transport across blood-brain barrier / sodium ion transmembrane transport / cell projection / positive regulation of cell differentiation / modulation of chemical synaptic transmission / GABA-ergic synapse / basolateral plasma membrane / postsynaptic membrane / apical plasma membrane / neuronal cell body / dendrite / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Sodium:neurotransmitter symporter, taurine / Sodium:neurotransmitter symporter family signature 2. / Sodium:neurotransmitter symporter family signature 1. / Sodium:neurotransmitter symporter / Sodium:neurotransmitter symporter superfamily / Sodium:neurotransmitter symporter family / Sodium:neurotransmitter symporter family profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID / Sodium- and chloride-dependent taurine transporter
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.43 Å
データ登録者Du, B. / Yan, K.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Molecular basis of human taurine transporter uptake and inhibition.
著者: Bowen Du / Lili Cheng / Jiaying Xie / Ligong Chen / Kaige Yan /
要旨: The taurine transporter, TauT, regulates various taurine-mediated physiological and pathological functions by facilitating taurine uptake in a sodium- and chloride-dependent manner. Dysfunction of ...The taurine transporter, TauT, regulates various taurine-mediated physiological and pathological functions by facilitating taurine uptake in a sodium- and chloride-dependent manner. Dysfunction of TauT is associated with male infertility, retinal health and cancers. Despite extensive research efforts, the intricate structure of TauT, the molecular mechanisms underlying taurine transport, and the inhibition mechanisms involved, all remain elusive. Here, we present eleven cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of TauT. The structures TauT bound to substrate (taurine) and substrate analogues (β-alanine, guanidinoacetate, and γ-aminobutyric acid), are captured in distinct conformations. Combining with biochemical analyses, these structures reveal that amino acids Leu134 and Glu406 play a crucial role in substrate specificity within the GABA subfamily. Five distinct inhibitors, namely, piperidine-4-sulfonic acid, imidazole-4-acetatic acid, 5-aminovaleric acid, nipecotic acid and homotaurine, stabilize TauT in an inward-open conformation. Conversely, guanidinoethyl sulphonate stabilizes TauT in the occluded state. These structural insights offer a comprehensive understanding of how these inhibitors counteract taurine transport. Collectively, these findings advance our understanding of the substrate coordination and inhibitor recognition mechanisms of TauT.
履歴
登録2024年10月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年8月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月20日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月20日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月20日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月20日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月20日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月20日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年9月10日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sodium- and chloride-dependent taurine transporter
H: Fragment antigen binding heavy chain
L: Fragment antigen binding light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,6676
ポリマ－101,5053
非ポリマー1623
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Sodium- and chloride-dependent taurine transporter / Sodium- and chloride- dependent taurine transporter TauT / Solute carrier family 6 member 6


分子量: 73446.273 Da / 分子数: 1
変異: D486N, N487R, L488F, Y489S, D490E, G491D, E493R, Y498F, R499P, K319H, Y320N, S322V
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC6A6 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P31641

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抗体 , 2種, 2分子 HL

#2: 抗体 Fragment antigen binding heavy chain


分子量: 13138.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 Fragment antigen binding light chain


分子量: 14920.076 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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非ポリマー , 3種, 3分子

#4: 化合物 ChemComp-ABU / GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID / GAMMA(AMINO)-BUTYRIC ACID


分子量: 103.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H9NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Human taurine transporter complex with GABA in an intermediate state in the transport cycle
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI POLARA 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.43 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 250445 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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