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- PDB-9k01: Crystal structure of Pyrococcus abyssi AIR synthetase bound to ADP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9k01
タイトルCrystal structure of Pyrococcus abyssi AIR synthetase bound to ADP
要素Phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase
キーワードLIGASE / Purine synthesis / ATP hydrolysis
機能・相同性
機能・相同性情報


adenine biosynthetic process / phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase / phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase activity / phosphoribosylamine-glycine ligase activity / 'de novo' IMP biosynthetic process / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase / PurM-like, N-terminal domain / AIR synthase related protein, N-terminal domain / PurM-like, C-terminal domain / PurM-like, C-terminal domain superfamily / PurM-like, N-terminal domain superfamily / AIR synthase related protein, C-terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Chen, Y.H. / Chen, C.J.
資金援助 台湾, 1件
組織認可番号国
National Science Council (NSC, Taiwan) 台湾
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2026
タイトル: Structural insights into substrate binding, domain swapping and heat resistance of a hyperthermostable archaeal AIR synthetase.
著者: Chen, Y.H. / Huang, Y.C. / Rao, R.G.R. / Chang, H.C. / Lan, Y.H. / Nakagawa, A. / Jeyaraman, J. / Chen, C.J.
履歴
登録2024年10月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12026年2月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase
B: Phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,6286
ポリマ－70,5822
非ポリマー1,0474
水4,324240
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8150 Å2
ΔGint-96 kcal/mol
Surface area22520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.017, 111.987, 71.119
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.742, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-619-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase / AIR synthase / AIRS / Phosphoribosyl-aminoimidazole synthetase


分子量: 35290.805 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 遺伝子: purM, PYRAB16520, PAB1083 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9UY56, phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 240 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.3 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: lithium sulfate, poly(acrylic acid sodium salt) 2100, HEPES

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 07A / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年5月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→30 Å / Num. obs: 103545 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 23.34 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 22.24
反射 シェル解像度: 1.6→1.62 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.706 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique obs: 3360 / CC1/2: 0.808 / % possible all: 98.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.2_5419精密化
XDSv20200131データ削減
XDSv20200131データスケーリング
PHENIX1.21.2_5419位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→29.09 Å / SU ML: 0.1693 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 18.8626
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1927 5137 4.96 %
Rwork0.1656 98408 -
obs0.167 103545 99.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 29.58 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→29.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4968 0 64 240 5272
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00675153
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.96176981
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0605793
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071881
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.6972723
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.620.3141710.28863189X-RAY DIFFRACTION98.36
1.62-1.640.26461800.24413306X-RAY DIFFRACTION99.97
1.64-1.660.23871630.22593250X-RAY DIFFRACTION100
1.66-1.680.27471780.21713289X-RAY DIFFRACTION100
1.68-1.70.24811680.21213255X-RAY DIFFRACTION99.97
1.7-1.730.2411730.21363264X-RAY DIFFRACTION100
1.73-1.750.23741730.20723275X-RAY DIFFRACTION100
1.75-1.780.25931840.21213278X-RAY DIFFRACTION99.97
1.78-1.810.25551840.21223251X-RAY DIFFRACTION99.97
1.81-1.840.22221620.19633295X-RAY DIFFRACTION100
1.84-1.870.24981770.193270X-RAY DIFFRACTION100
1.87-1.90.20291860.18133247X-RAY DIFFRACTION100
1.9-1.940.23071780.1843274X-RAY DIFFRACTION99.97
1.94-1.980.1981570.17733306X-RAY DIFFRACTION100
1.98-2.020.20091680.17493258X-RAY DIFFRACTION99.94
2.02-2.070.21361580.17773281X-RAY DIFFRACTION100
2.07-2.120.2251660.17543301X-RAY DIFFRACTION99.97
2.12-2.180.20871570.17213289X-RAY DIFFRACTION99.94
2.18-2.240.18131650.16263301X-RAY DIFFRACTION100
2.24-2.310.19951620.16743268X-RAY DIFFRACTION100
2.31-2.40.18951600.17453302X-RAY DIFFRACTION100
2.4-2.490.20471720.17533304X-RAY DIFFRACTION99.94
2.49-2.610.20171800.17143272X-RAY DIFFRACTION99.86
2.61-2.740.20051840.16573277X-RAY DIFFRACTION100
2.74-2.910.19241780.16453247X-RAY DIFFRACTION99.91
2.91-3.140.17571670.15693309X-RAY DIFFRACTION99.83
3.14-3.450.15721710.14663286X-RAY DIFFRACTION99.88
3.45-3.950.16311700.13513307X-RAY DIFFRACTION99.86
3.95-4.980.14951740.13313317X-RAY DIFFRACTION99.89
4.98-29.090.20891710.17283340X-RAY DIFFRACTION99.24

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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