PDB-9jzp: Crystal structure of Nir2 C-terminal domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9jzp

タイトル

Crystal structure of Nir2 C-terminal domain

要素

Membrane-associated phosphatidylinositol transfer protein 1

キーワード

LIPID BINDING PROTEIN / PLC signaling / PI cycle / Membrane contact site / lipid transfer / lipid binding

機能・相同性

機能・相同性情報

Synthesis of PI / phosphatidylinositol transfer activity / phosphatidic acid binding / phosphatidylcholine binding / Golgi cisterna membrane / cleavage furrow / lipid droplet / phosphatidylinositol binding / receptor tyrosine kinase binding / phospholipid binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.322 Å

データ登録者

Kim, D. / Lee, C.

資金援助

韓国, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Nir2 crystal structures reveal a phosphatidic acid sensing mechanism at ER-PM contact sites
著者: Kim, D. / Lee, S. / Jun, Y. / Lee, C.

履歴

登録	2024年10月14日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年10月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9jzp.cif.gz	289.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9jzp.ent.gz	234.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9jzp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9jzp_validation.pdf.gz	980.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9jzp_full_validation.pdf.gz	990.1 KB	表示
XML形式データ	9jzp_validation.xml.gz	33.8 KB	表示
CIF形式データ	9jzp_validation.cif.gz	44 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jz/9jzp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jz/9jzp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Membrane-associated phosphatidylinositol transfer protein 1

B: Membrane-associated phosphatidylinositol transfer protein 1

C: Membrane-associated phosphatidylinositol transfer protein 1

ヘテロ分子

92.3 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Membrane-associated phosphatidylinositol transfer protein 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
30.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Membrane-associated phosphatidylinositol transfer protein 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
30.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Membrane-associated phosphatidylinositol transfer protein 1

登録者が定義した集合体
30.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.999, 109.024, 116.930
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Membrane-associated phosphatidylinositol transfer protein 1 / Drosophila retinal degeneration B homolog 1 / RdgB1 / Mpt-1 / Phosphatidylinositol transfer protein ...Drosophila retinal degeneration B homolog 1 / RdgB1 / Mpt-1 / Phosphatidylinositol transfer protein / membrane-associated 1 / PITPnm 1 / Pyk2 N-terminal domain-interacting receptor 2 / NIR-2 分子量: 30703.957 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Pitpnm1, Dres9, Mpt1, Nir2, Pitpnm / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O35954
#2: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER 分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 143 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.66 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 9% polyethylene glycol (PEG) 4000, 100mM HEPES pH 7.5, 1% ethanol, 4mM calcium chloride

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト: PAL/PLS

/ ビームライン: 11C / 波長: 0.9794 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月7日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9794 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.322→50 Å / Num. obs: 34340 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 4.8 % / R_merge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 5.7

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.35-2.39	4.9	0.559	1727	0.754	0.927	0.274	0.624	0.524	99.9
2.39-2.43	4.9	0.517	1688	0.76	0.929	0.257	0.579	0.544	99.8
2.43-2.48	4.9	0.471	1695	0.83	0.952	0.232	0.527	0.552	99.9
2.48-2.53	5	0.415	1707	0.861	0.962	0.204	0.463	0.652	99.5
2.53-2.59	4.9	0.382	1675	0.87	0.965	0.189	0.428	0.686	99.8
2.59-2.65	4.8	0.351	1730	0.885	0.969	0.175	0.393	0.727	99.9
2.65-2.71	4.8	0.327	1682	0.905	0.975	0.162	0.366	0.832	99.4
2.71-2.79	4.5	0.286	1687	0.92	0.979	0.146	0.322	0.902	98.3
2.79-2.87	4.4	0.252	1652	0.933	0.983	0.131	0.286	0.971	95.6
2.87-2.96	5.1	0.237	1694	0.946	0.986	0.115	0.264	1.16	99.8
2.96-3.07	5.2	0.206	1704	0.957	0.989	0.099	0.229	1.311	99.9
3.07-3.19	5.2	0.189	1726	0.964	0.991	0.092	0.211	1.517	99.6
3.19-3.33	5.1	0.166	1731	0.969	0.992	0.081	0.185	1.835	99.7
3.33-3.51	5	0.142	1732	0.976	0.994	0.07	0.159	2.202	99.3
3.51-3.73	4.9	0.122	1699	0.98	0.995	0.061	0.137	2.409	99.4
3.73-4.02	4.5	0.112	1717	0.982	0.995	0.059	0.127	2.756	98.6
4.02-4.42	4.5	0.094	1702	0.987	0.997	0.049	0.106	3.042	96.7
4.42-5.06	4.9	0.084	1755	0.99	0.997	0.042	0.094	2.953	99.4
5.06-6.37	4.8	0.081	1765	0.992	0.998	0.041	0.091	2.602	98.4
6.37-50	4.4	0.06	1872	0.995	0.999	0.031	0.068	2.494	98.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.322→49.407 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 23.84 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2464	1713	5 %
R_work	0.191	-	-
obs	0.1938	34281	98.07 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.322→49.407 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5546	0	14	143	5703

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	5711
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.116	7768
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.247	2032
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	886
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	998

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.322-2.3903	0.248	131	0.1998	2371	X-RAY DIFFRACTION	88
2.3903-2.4675	0.2742	143	0.2168	2725	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4675-2.5557	0.2628	134	0.2216	2715	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5557-2.658	0.3235	154	0.2217	2730	X-RAY DIFFRACTION	100
2.658-2.7789	0.2775	126	0.2276	2672	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7789-2.9254	0.2849	150	0.2306	2677	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9254-3.1087	0.3127	149	0.2289	2755	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1087-3.3487	0.3122	131	0.2172	2744	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3487-3.6856	0.2414	153	0.1823	2757	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6856-4.2186	0.1876	140	0.1697	2713	X-RAY DIFFRACTION	97
4.2186-5.314	0.2015	150	0.1521	2800	X-RAY DIFFRACTION	99
5.314-49.407	0.243	152	0.183	2909	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9671	-0.5801	-0.5658	0.9567	0.155	1.3897	0.1338	-0.101	0.0336	-0.1336	-0.0855	-0.0867	-0.0334	0.1117	0	0.2357	-0.0256	0.0031	0.2997	-0.0038	0.2675	-21.251	15.563	7.947
2	1.4045	-0.5564	0.3459	1.9129	-0.0889	2.4681	0.0202	-0.0043	0.08	-0.0731	0.0059	0.0951	-0.0235	-0.0078	0	0.1878	-0.0152	0.0038	0.1693	0.0063	0.2393	-25.802	15.557	-17.017
3	0.5106	0.7619	0.6846	0.7343	0.6972	1.2692	-0.0828	0.1127	0.0753	-0.1577	0.0518	0.0593	-0.0591	0.1768	-0	0.2635	0.0085	0.0024	0.3231	0.0333	0.3037	-3.366	38.704	-28.379
4	1.7121	-0.5935	0.6645	2.3738	-0.392	1.406	0.0281	0.0295	0.0054	0.035	0.0002	0.1798	-0.023	-0.003	-0.0001	0.2693	-0.0094	-0.0048	0.2568	0.0365	0.3191	-28.328	41.605	-33.527
5	0.9928	-0.013	0.2029	0.5019	0.6304	0.7338	0.1519	0.0611	-0.0001	0.1545	-0.0856	-0.002	0.2626	-0.5733	-0.0002	0.5721	-0.1054	0.0078	0.6141	-0.0361	0.3782	-28.436	61.511	-1.375
6	1.5348	0.0757	0.2246	0.7721	0.3137	0.4808	0.0414	-0.0199	0.1419	0.0399	0.0376	-0.1984	-0.1167	-0.0539	-0.0004	0.5589	-0.0386	0.0343	0.4361	0.0081	0.4174	-8.342	67.592	-6.082

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 915:1015 )	A	915 - 1015
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 1016:1175 )	A	1016 - 1175
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN B AND RESID 914:1015 )	B	914 - 1015
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN B AND RESID 1016:1171 )	B	1016 - 1171
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN C AND RESID 913:1015 )	C	913 - 1015
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN C AND RESID 1016:1144 )	C	1016 - 1144

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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