[日本語] English
万見
- PDB-9jy1: delta epsilon/delta epsilon Fab-TCR tetramer -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9jy1
タイトルdelta epsilon/delta epsilon Fab-TCR tetramer
要素
  • (T-cell surface glycoprotein CD3 ...) x 4
  • Fab heavy chain
  • Fab light chain
  • T cell receptor gamma variable 9,T cell receptor gamma constant 1
  • cDNA FLJ52576
キーワードIMMUNE SYSTEM / T cell receptor / gamma delta TCR / immune cell / Fab complex
機能・相同性
機能・相同性情報


MHC protein binding / regulation of lymphocyte apoptotic process / gamma-delta T cell receptor complex / Fc-gamma receptor III complex / T cell anergy / positive regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / positive regulation of T cell anergy / Fc-gamma receptor signaling pathway / gamma-delta T cell activation / CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation ...MHC protein binding / regulation of lymphocyte apoptotic process / gamma-delta T cell receptor complex / Fc-gamma receptor III complex / T cell anergy / positive regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / positive regulation of T cell anergy / Fc-gamma receptor signaling pathway / gamma-delta T cell activation / CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / negative thymic T cell selection / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / alpha-beta T cell receptor complex / positive thymic T cell selection / positive regulation of protein localization to cell surface / signal complex assembly / Nef and signal transduction / positive regulation of cell-matrix adhesion / T cell receptor complex / smoothened signaling pathway / small molecule binding / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / positive regulation of interleukin-4 production / establishment or maintenance of cell polarity / dendrite development / protein complex oligomerization / alpha-beta T cell activation / Generation of second messenger molecules / FCGR activation / immunological synapse / Co-inhibition by PD-1 / Role of phospholipids in phagocytosis / T cell receptor binding / T cell costimulation / positive regulation of T cell proliferation / positive regulation of interleukin-2 production / positive regulation of calcium-mediated signaling / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / protein tyrosine kinase binding / T cell activation / cerebellum development / negative regulation of smoothened signaling pathway / FCGR3A-mediated phagocytosis / apoptotic signaling pathway / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / calcium-mediated signaling / peptide antigen binding / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / SH3 domain binding / positive regulation of type II interferon production / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / cell-cell junction / transmembrane signaling receptor activity / Downstream TCR signaling / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / protein transport / T cell receptor signaling pathway / signaling receptor complex adaptor activity / Clathrin-mediated endocytosis / cell body / protein-containing complex assembly / regulation of apoptotic process / adaptive immune response / dendritic spine / cell surface receptor signaling pathway / G protein-coupled receptor signaling pathway / protein heterodimerization activity / negative regulation of gene expression / innate immune response / external side of plasma membrane / positive regulation of gene expression / protein kinase binding / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / T-cell surface glycoprotein CD3 zeta subunit / CD3 gamma/delta subunit, Ig-like domain / T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain / Ig-like domain on T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain / CD3 protein, epsilon/gamma/delta subunit / T-cell surface glycoprotein CD3 zeta subunit/High affinity IgE receptor gamma subunit / T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain / Immunoreceptor tyrosine-based activation motif / Phosphorylated immunoreceptor signalling ITAM ...: / T-cell surface glycoprotein CD3 zeta subunit / CD3 gamma/delta subunit, Ig-like domain / T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain / Ig-like domain on T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain / CD3 protein, epsilon/gamma/delta subunit / T-cell surface glycoprotein CD3 zeta subunit/High affinity IgE receptor gamma subunit / T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain / Immunoreceptor tyrosine-based activation motif / Phosphorylated immunoreceptor signalling ITAM / ITAM motif mammalian type profile. / Immunoreceptor tyrosine-based activation motif / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
cDNA FLJ52576 / T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain / T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain / T-cell surface glycoprotein CD3 gamma chain / T cell receptor gamma constant 1 / T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain / T cell receptor gamma variable 9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.08 Å
データ登録者Wang, L. / Li, J. / Li, Z.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structures of the apo and agonist-crosslinked human gamma delta T-cell receptor
著者: Wang, L. / Li, Z. / Fan, Y. / Li, J.
履歴
登録2024年10月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年10月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月22日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月22日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月22日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月22日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月22日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
P: Fab heavy chain
O: Fab light chain
a: T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain
b: T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain
d: T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain
e: T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain
f: T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain
g: T-cell surface glycoprotein CD3 gamma chain
m: cDNA FLJ52576
n: T cell receptor gamma variable 9,T cell receptor gamma constant 1
R: Fab heavy chain
Q: Fab light chain
A: T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain
B: T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain
D: T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain
E: T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain
F: T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain
G: T-cell surface glycoprotein CD3 gamma chain
M: cDNA FLJ52576
N: T cell receptor gamma variable 9,T cell receptor gamma constant 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)479,06924
ポリマ－478,18420
非ポリマー8854
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
T-cell surface glycoprotein CD3 ... , 4種, 12分子 abABdDefEFgG

#3: タンパク質
T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain / T-cell receptor T3 zeta chain


分子量: 18881.598 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD247, CD3Z, T3Z, TCRZ / 発現宿主: Mammalia (両生類) / 参照: UniProt: P20963
#4: タンパク質 T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain / T-cell receptor T3 delta chain


分子量: 18949.537 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD3D, T3D / 発現宿主: Mammalia (両生類) / 参照: UniProt: P04234
#5: タンパク質
T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain / T-cell surface antigen T3/Leu-4 epsilon chain


分子量: 23174.227 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD3E, T3E / 発現宿主: Mammalia (両生類) / 参照: UniProt: P07766
#6: タンパク質 T-cell surface glycoprotein CD3 gamma chain / T-cell receptor T3 gamma chain


分子量: 20493.457 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD3G, T3G / 発現宿主: Mammalia (両生類) / 参照: UniProt: P09693

-
タンパク質 , 2種, 4分子 mMnN

#7: タンパク質 cDNA FLJ52576 / TCR delta


分子量: 32662.697 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Mammalia (両生類) / 参照: UniProt: B7Z8B9
#8: タンパク質 T cell receptor gamma variable 9,T cell receptor gamma constant 1 / TCR gamma


分子量: 35395.801 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRGV9, TCRGV9, TRGC1, TCRGC1 / 発現宿主: Mammalia (両生類) / 参照: UniProt: Q99603, UniProt: P0CF51

-
抗体 , 2種, 4分子 PROQ

#1: 抗体 Fab heavy chain


分子量: 24002.980 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Mammalia (両生類)
#2: 抗体 Fab light chain


分子量: 23475.863 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Mammalia (両生類)

-
糖 , 1種, 4分子

#9: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: delta epsilon/delta epsilon Fab-TCR tetramer / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#8 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Mammalia (両生類)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1400 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.08 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 66511 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00315966
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.72421664
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d7.0482260
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0482520
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0042680

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る