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- PDB-9jxu: Crystal structure of cysteine synthase A from Limosilactobacillus... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9jxu
タイトルCrystal structure of cysteine synthase A from Limosilactobacillus reuteri LR1 in its apo form
要素Cysteine synthase
キーワードLYASE / cysteine synthase / LreCysK / CysK / apo form
機能・相同性
機能・相同性情報


cysteine synthase / cysteine synthase activity / cysteine biosynthetic process from serine
類似検索 - 分子機能
Cysteine synthase CysK / Cysteine synthase / Cysteine synthase/cystathionine beta-synthase, pyridoxal-phosphate attachment site / Cysteine synthase/cystathionine beta-synthase P-phosphate attachment site. / : / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Cysteine synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Limosilactobacillus reuteri (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Matyuta, I.O. / Les, E.K. / Minyaev, M.E. / Pometun, A.A. / Tishkov, V.I. / Popov, V.O. / Boyko, K.M.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure-functional examination of novel cysteine synthase A (CysK) from Limosilactobacillus reuteri LR1
著者: Shaposhnikov, E.K. / Les, E.K. / Chikurova, N.Y. / Matyuta, I.O. / Boyko, K.M. / Minyaev, M.E. / Popov, V.O. / Gorbovskaia, A.V. / Shirokova, A.A. / Loginova, A.A. / Savin, S.S. / Kleymenov, ...著者: Shaposhnikov, E.K. / Les, E.K. / Chikurova, N.Y. / Matyuta, I.O. / Boyko, K.M. / Minyaev, M.E. / Popov, V.O. / Gorbovskaia, A.V. / Shirokova, A.A. / Loginova, A.A. / Savin, S.S. / Kleymenov, S.Y. / Chernobrovkina, A.V. / Pometun, E.V. / Tishkov, V.I. / Pometun, A.A.
履歴
登録2024年10月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年12月25日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cysteine synthase
B: Cysteine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,34514
ポリマ－66,3322
非ポリマー1,01312
水1,54986
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7160 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area22650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.642, 101.292, 63.530
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.33, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Cysteine synthase


分子量: 33166.012 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Limosilactobacillus reuteri (バクテリア)
遺伝子: cysK, B1A73_08060, B5F04_07160, B5G22_06315, GTO86_10515
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1S9AE02, cysteine synthase

-
非ポリマー , 5種, 98分子

#2: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.48 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.15 M Lithium sulfate monohydrate, 0.1 M Citric acid pH 3.5, 18% PEG6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54184 Å
検出器タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年9月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→20.4 Å / Num. obs: 32499 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 4.8 % / CC1/2: 0.973 / Rmerge(I) obs: 0.273 / Rpim(I) all: 0.139 / Rrim(I) all: 0.308 / Χ2: 0.97 / Net I/σ(I): 5.4 / Num. measured all: 155579
反射 シェル解像度: 2.2→2.27 Å / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 1.331 / Num. measured all: 14032 / Num. unique obs: 2783 / CC1/2: 0.412 / Rpim(I) all: 0.657 / Rrim(I) all: 1.489 / Χ2: 1.01 / Net I/σ(I) obs: 1.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0430精密化
Aimlessデータスケーリング
CrysalisProデータ削減
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACTデータ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5XOQ

5xoq


解像度: 2.2→20.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.887 / SU B: 8.527 / SU ML: 0.205 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.254 / ESU R Free: 0.223 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27136 1583 4.9 %RANDOM
Rwork0.21156 ---
obs0.21452 30892 98.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.791 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.77 Å20 Å20.26 Å2
2---0.64 Å20 Å2
3----0.24 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.2→20.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3953 0 61 86 4100
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0124086
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.9371.8035538
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.1125557
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg6.95158
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.81210628
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2460.2659
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.023000
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.3153.2442222
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.575.8272769
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.6283.5021864
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined11.36637.635873
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.256 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.368 106 -
Rwork0.312 2244 -
obs--98 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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