PDB-9jxc: Crystal Structure of AbOhr-R15C

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9jxc

タイトル

Crystal Structure of AbOhr-R15C

要素

Organic hydroperoxide resistance protein

キーワード

OXIDOREDUCTASE / organic hydroperoxide resistance / R15C mutation

機能・相同性

Organic hydroperoxide resistance protein famiy / OsmC/Ohr family / OsmC/Ohr superfamily / OsmC-like protein / K homology domain-like, alpha/beta / response to oxidative stress / Organic hydroperoxide resistance protein

機能・相同性情報

生物種

Acinetobacter baumannii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Huang, W. / Hu, C.X.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of 6D1-Ab-ohrB complex
著者: Huang, W. / Hu, C.X.

履歴

登録	2024年10月11日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2024年11月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9jxc.cif.gz	117.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9jxc.ent.gz	91.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9jxc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9jxc_validation.pdf.gz	451.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9jxc_full_validation.pdf.gz	463.9 KB	表示
XML形式データ	9jxc_validation.xml.gz	27.4 KB	表示
CIF形式データ	9jxc_validation.cif.gz	36.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jx/9jxc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jx/9jxc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9jx6C 9k1jC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: Organic hydroperoxide resistance protein

A: Organic hydroperoxide resistance protein

C: Organic hydroperoxide resistance protein

D: Organic hydroperoxide resistance protein

60 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Organic hydroperoxide resistance protein

A: Organic hydroperoxide resistance protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
30 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Organic hydroperoxide resistance protein

D: Organic hydroperoxide resistance protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.129, 51.348, 82.047
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 103.57, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Organic hydroperoxide resistance protein 分子量: 15003.864 Da / 分子数: 4 / 変異: R15C / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア) 遺伝子: ohr / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5DQT1
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 190 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.7 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2 M AMMONIUM SULFATE, 18 % w/v Polyethylene glycol 3350, 0.1 M MES pH 6.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→39.88 Å / Num. obs: 33504 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 0.085 / R_pim(I) all: 0.035 / Net I/σ(I): 14.8
反射シェル	解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 7.1 % / R_merge(I) obs: 0.239 / Mean I/σ(I) obs: 6.2 / Num. unique obs: 3328 / R_pim(I) all: 0.096 / % possible all: 96.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0238	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.1→43.21 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.914 / SU B: 4.972 / SU ML: 0.134 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.24 / ESU R Free: 0.205 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25746	1653	4.9 %	RANDOM
R_work	0.20348	-	-	-
obs	0.20615	31880	95.99 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.266 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.47 Å²	-0 Å²	-0.82 Å²
2-	-	2.7 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.49 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.1→43.21 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4144	0	0	190	4334

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	4192
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	3922
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.607	1.634	5680
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.352	1.575	9108
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.223	5	556
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.57	24.239	184
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.161	15	702
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.411	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	586
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	4740
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	780
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.298	3.495	2242
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.299	3.494	2241
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.96	5.218	2792
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.959	5.219	2793
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.899	4.079	1950
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.898	4.08	1951
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6	5.85	2889
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	8.61	42.59	4433
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	8.614	42.547	4413
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.154 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.289	127	-
R_work	0.229	2330	-
obs	-	-	96.66 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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