PDB-9jwo: De novo designed D-allose binding protein based on 1gud

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9jwo

タイトル

De novo designed D-allose binding protein based on 1gud

要素

MSD1-apo

キーワード

DE NOVO PROTEIN / De novo designed D-allose binding protein based on 1gud

機能・相同性

CITRIC ACID

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Wang, X. / Liu, Y.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: De novo designed D-allose binding protein based on 1gud
著者: Wang, X. / Liu, Y.

履歴

登録	2024年10月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年10月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9jwo.cif.gz	140.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9jwo.ent.gz	91.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9jwo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9jwo_validation.pdf.gz	453.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9jwo_full_validation.pdf.gz	455 KB	表示
XML形式データ	9jwo_validation.xml.gz	15.6 KB	表示
CIF形式データ	9jwo_validation.cif.gz	21.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jw/9jwo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jw/9jwo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9jwqC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: MSD1-apo

ヘテロ分子

30.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.948, 137.073, 37.082
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2
Space group name Hall	P22ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x+1/2,y+1/2,-z #4: -x,-y,z

#1: タンパク質	MSD1-apo 分子量: 29912.283 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID 分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 166 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.39 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2M Citric acid pH 4.1 20% w/v Polyethylene glycol 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97923 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年6月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97923 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→68.54 Å / Num. obs: 33060 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.2 % / B_iso Wilson estimate: 28.9 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.071 / R_pim(I) all: 0.039 / Net I/σ(I): 16.5
反射シェル	解像度: 1.8→1.84 Å / R_merge(I) obs: 1.064 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 1936 / CC_1/2: 0.71 / R_pim(I) all: 0.584

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21.1_5286	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→37.08 Å / SU ML: 0.2064 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.2634
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2205	1601	4.85 %
R_work	0.1851	31403	-
obs	0.1867	33004	99.91 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.56 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→37.08 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2035	0	26	166	2227

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0063	2097
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8275	2840
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	332
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0057	368
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.6982	758

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.86	0.3341	162	0.2891	2797	X-RAY DIFFRACTION	99.83
1.86-1.92	0.2942	135	0.2288	2790	X-RAY DIFFRACTION	100
1.92-2	0.2412	144	0.2122	2803	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2-2.09	0.2595	149	0.2158	2822	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.09-2.2	0.225	155	0.1881	2803	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.2-2.34	0.2134	136	0.1832	2857	X-RAY DIFFRACTION	100
2.34-2.52	0.2326	135	0.1934	2833	X-RAY DIFFRACTION	100
2.52-2.78	0.2565	150	0.203	2840	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.78-3.18	0.2309	152	0.1889	2870	X-RAY DIFFRACTION	100
3.18-4	0.2111	127	0.1704	2932	X-RAY DIFFRACTION	99.87
4-37.08	0.1782	156	0.1645	3056	X-RAY DIFFRACTION	99.54

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.83499865512	0.180079569368	0.317622780836	0.871467436368	-0.24885806752	1.58938183298	0.109371603681	-0.490513021916	0.0329723171971	0.231127406389	-0.133698825702	0.0443521960415	-0.155997449261	0.101730373945	-7.55950825633E-5	0.286253073938	-0.0504068872487	0.0367673383348	0.312586856576	-0.0031924931979	0.25537253917	11.2768518528	40.1709514386	27.0497362323
2	1.17815856932	0.234261678015	-0.127298016755	1.76263035676	0.744207485857	1.28154177073	-0.135483184352	0.0118557455767	-0.0506417433995	-0.162913774512	0.155077456244	0.0778641167314	-0.05243691862	0.0674109808435	-0.000128687426907	0.189964952384	-0.00841203978596	-0.0457829968085	0.189953851163	0.0262944739716	0.203874042385	3.58932266349	17.5253151201	7.06153875744
3	0.536433616862	0.278931732138	0.114699205097	0.173145518414	0.109568543444	0.106829072198	-0.129645279215	0.106914486465	0.187009196811	-0.273558046939	0.0944195735745	0.00550417755015	-0.178432354447	-0.0544011071308	4.72151325837E-5	0.290065777623	-0.0406829466919	-0.0222347379041	0.260453681817	0.0192302227323	0.267122064608	9.32125499632	41.262299242	13.4377915854

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 1 through 101 )	1 - 101	1 - 101
2	2	chain 'A' and (resid 102 through 248 )	102 - 248	102 - 248
3	3	chain 'A' and (resid 249 through 288 )	249 - 288	249 - 280

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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