PDB-9jwl: De novo designed D-allose binding protein based on 1rpj

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9jwl

タイトル

De novo designed D-allose binding protein based on 1rpj

要素

MSD1-holo chainA

キーワード

DE NOVO PROTEIN / De novo designed D-allose binding protein based on 1rpj

機能・相同性

beta-D-allopyranose

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Wang, X. / Liu, Y.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: De novo designed D-allose binding protein based on 1rpj
著者: Wang, X. / Liu, Y.

履歴

登録	2024年10月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年10月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9jwl.cif.gz	272.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9jwl.ent.gz	184.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9jwl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9jwl_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9jwl_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	9jwl_validation.xml.gz	25.6 KB	表示
CIF形式データ	9jwl_validation.cif.gz	33.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jw/9jwl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jw/9jwl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9jwtC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: MSD1-holo chainA

B: MSD1-holo chainA

ヘテロ分子

62.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: MSD1-holo chainA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
31.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: MSD1-holo chainA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.712, 39.680, 108.108
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 108.848, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質

MSD1-holo chainA

分子量: 30983.422 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主:

Escherichia coli B (大腸菌)

#2: 糖

ChemComp-ALL / beta-D-allopyranose / beta-D-allose / D-allose / allose / D-ALLOPYRANOSE

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.64 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2M Ammonium sulfate 0.1M HEPES pH 7.5 25% w/v Polythylene glycol 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97923 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年6月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97923 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→67.87 Å / Num. obs: 22971 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.3 % / B_iso Wilson estimate: 41.63 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.105 / R_pim(I) all: 0.075 / Net I/σ(I): 11.1
反射シェル	解像度: 2.4→2.49 Å / R_merge(I) obs: 0.877 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 2406 / CC_1/2: 0.614 / R_pim(I) all: 0.616

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21.1_5286	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.4→49.65 Å / SU ML: 0.3679 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.3548
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2579	1162	5.06 %
R_work	0.1988	21789	-
obs	0.2018	22951	99.63 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 56.61 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→49.65 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4282	0	24	120	4426

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0023	4363
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4925	5903
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	703
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0036	756
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.1978	1621

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4-2.51	0.343	133	0.2975	2686	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.51-2.64	0.3615	162	0.2672	2703	X-RAY DIFFRACTION	99.76
2.64-2.81	0.2674	140	0.2442	2683	X-RAY DIFFRACTION	99.51
2.81-3.02	0.3335	137	0.25	2714	X-RAY DIFFRACTION	99.69
3.02-3.33	0.3194	138	0.2172	2714	X-RAY DIFFRACTION	99.82
3.33-3.81	0.27	143	0.19	2725	X-RAY DIFFRACTION	99.62
3.81-4.8	0.1981	150	0.1566	2769	X-RAY DIFFRACTION	99.86
4.8-49.65	0.2193	159	0.1713	2795	X-RAY DIFFRACTION	98.86

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.210972736055	0.108211163493	-0.0853930007912	0.452274378347	0.0274793804274	0.131743817456	-0.106893053303	0.550646519734	0.618622538384	-0.44980335593	0.214408976147	0.0405107675847	-0.355534177472	0.43533110509	-0.000788190576425	0.296046644318	-0.0290074842421	0.0168392004771	0.390331671529	0.0162536496742	0.370003633916	14.8045158998	0.512480001731	-4.62230269527
2	0.533146292283	-0.545672730792	0.203964662483	0.94736145006	-0.5403929891	0.341195558991	0.00176524791917	-0.053288777016	0.238197021171	0.152096034936	0.0109558013527	0.487208566638	-0.350511340932	-0.166989920108	0.00467252731779	0.262731031798	-0.0354151131197	0.0236756367915	0.360062656635	-0.0429483566072	0.348216452508	5.92596566026	-2.19237666424	3.16871324581
3	0.257297273674	-0.243246389969	0.0512669509142	0.780320221035	-0.342860377622	0.155955036143	0.210567200971	-0.12916050421	-0.446018947029	0.356398189631	-0.0650105720085	-0.175727652449	0.170728359315	-0.130854053532	0.000933609909151	0.367458551068	-0.0332781046227	0.0356115868806	0.369916494199	0.0145140543624	0.465184572452	10.5807166229	-12.0303827429	7.58032628435
4	1.18434964263	0.188480619211	0.154646428954	0.297382757081	-0.730218651244	2.13773772741	-0.130822974339	0.340912800643	-0.400824441729	0.000363823158328	0.397563516656	-0.575683494951	0.146687652957	0.0955362260771	0.318818222577	0.270759662652	0.0353050082673	-0.060331135379	0.330007815838	-0.169633080094	0.622286273329	38.7732583615	1.38354640031	14.7083476858
5	0.527077559408	-0.103447374104	0.458043099002	0.908493004764	0.0795889630096	1.01025695626	-0.114313817502	-0.0401665345871	0.0965491593402	0.231745696301	0.236585095754	-0.348310482674	-0.0307277894119	-0.0209609738622	0.000207603109878	0.40045328004	0.0144409119783	-0.00849771711137	0.337117345577	-0.0722830422754	0.481801927313	29.8111740764	8.78015352758	16.353987429
6	0.14002267647	0.257332987199	-0.0519898671708	0.541595347321	-0.255715130853	0.29255954735	0.0333760398213	0.30969203339	-1.31010689434	-0.384097536582	-0.0776550259728	-0.814805243939	0.273481190823	0.0125860576809	-0.0412411610415	0.305250748885	-0.0723851895664	0.0406912012985	0.349682802888	-0.150407856071	0.519673543913	16.2586560183	-11.5030858506	-5.75634200234
7	0.529330714346	-0.440284598076	0.47241213362	0.612427634006	-0.259250383203	0.468072606798	-0.1668488848	0.0219381800198	-0.594384074626	-0.434030903974	0.0669452262295	-0.277137814222	0.319025643036	-0.0316510016573	-0.000475255442535	0.398805223844	-0.0167589721898	0.116271438831	0.356765607265	0.00731900199135	0.635784609962	27.0042618168	-8.81425332607	2.43739189754
8	0.82640370086	0.360611534494	0.184379748139	1.23225560656	0.314683951625	0.753211362321	-0.332658997216	0.00197721970985	0.302576916092	-0.353495406714	-0.0232190231837	0.234687699474	-0.580159046622	-0.308398693649	-0.0023259902706	0.627414263177	0.15689470073	-0.0554299984527	0.54300020304	-0.103245315909	0.363534644166	-1.70731172115	3.94729662973	33.7147386655
9	0.697484798891	-0.082019123413	0.25072031496	1.07476188352	0.945178502103	0.931275256776	-0.0583297877668	-0.0623067417995	0.0222979989962	0.27640361768	0.162997200606	-0.259553731385	-0.0961147254473	0.00615385793316	-0.0560733083779	0.599165141023	0.03765271937	-0.00367671202217	0.334129745255	-0.0465389794919	0.275465585329	19.4413307998	-3.40179582902	37.6865450753

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 1 through 30 )	A	A	1 - 30	1 - 30
2	2	chain 'A' and (resid 31 through 73 )	A	A	31 - 73	31 - 73
3	3	chain 'A' and (resid 74 through 113 )	A	A	74 - 113	74 - 113
4	4	chain 'A' and (resid 114 through 132 )	A	A	114 - 132	114 - 132
5	5	chain 'A' and (resid 133 through 248 )	A	A	133 - 248	133 - 248
6	6	chain 'A' and (resid 249 through 266 )	A	A	249 - 266	249 - 266
7	7	chain 'A' and (resid 267 through 293 )	A	A	267 - 293	267 - 293
8	8	chain 'B' and (resid 1 through 113 )	B	C	1 - 113	1 - 113
9	9	chain 'B' and (resid 114 through 292 )	B	C	114 - 292	114 - 292

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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