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- PDB-9ju1: Helix-loop-helix peptide (VS42-LR3) in complex with VEGF-A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ju1
タイトルHelix-loop-helix peptide (VS42-LR3) in complex with VEGF-A
要素
  • VS42-LR3
  • Vascular endothelial growth factor A, long form
キーワードIMMUNE SYSTEM/DE NOVO PROTEIN / Helix-loop-helix / Inhibitor / complex / DE NOVO PROTEIN / IMMUNE SYSTEM-DE NOVO PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


basophil chemotaxis / positive regulation of endothelial cell chemotaxis by VEGF-activated vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / VEGF-A complex / Signaling by VEGF / cellular stress response to acid chemical / positive regulation of lymphangiogenesis / negative regulation of adherens junction organization / vascular endothelial growth factor receptor 1 binding / negative regulation of establishment of endothelial barrier / vascular endothelial growth factor receptor binding ...basophil chemotaxis / positive regulation of endothelial cell chemotaxis by VEGF-activated vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / VEGF-A complex / Signaling by VEGF / cellular stress response to acid chemical / positive regulation of lymphangiogenesis / negative regulation of adherens junction organization / vascular endothelial growth factor receptor 1 binding / negative regulation of establishment of endothelial barrier / vascular endothelial growth factor receptor binding / VEGF ligand-receptor interactions / post-embryonic camera-type eye development / positive regulation of mast cell chemotaxis / lymph vessel morphogenesis / primitive erythrocyte differentiation / negative regulation of blood-brain barrier permeability / positive regulation of cell proliferation by VEGF-activated platelet derived growth factor receptor signaling pathway / VEGF-activated neuropilin signaling pathway / bone trabecula formation / coronary vein morphogenesis / lung vasculature development / cardiac vascular smooth muscle cell development / lymphangiogenesis / endothelial cell chemotaxis / positive regulation of trophoblast cell migration / vascular endothelial growth factor receptor-2 signaling pathway / positive regulation of epithelial tube formation / VEGF binds to VEGFR leading to receptor dimerization / motor neuron migration / regulation of nitric oxide mediated signal transduction / positive regulation of protein localization to early endosome / eye photoreceptor cell development / positive regulation of axon extension involved in axon guidance / vascular wound healing / regulation of hematopoietic progenitor cell differentiation / positive regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / camera-type eye morphogenesis / positive regulation of branching involved in ureteric bud morphogenesis / neuropilin binding / coronary artery morphogenesis / induction of positive chemotaxis / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activator activity / negative regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / vascular endothelial growth factor receptor 2 binding / commissural neuron axon guidance / dopaminergic neuron differentiation / tube formation / positive regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / positive regulation of vascular permeability / positive regulation of blood vessel branching / platelet-derived growth factor receptor binding / surfactant homeostasis / endothelial cell proliferation / extracellular matrix binding / cell migration involved in sprouting angiogenesis / epithelial cell maturation / positive regulation of leukocyte migration / positive regulation of positive chemotaxis / cardiac muscle cell development / sprouting angiogenesis / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / positive regulation of endothelial cell chemotaxis / vascular endothelial growth factor signaling pathway / artery morphogenesis / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of DNA biosynthetic process / retinal ganglion cell axon guidance / branching involved in blood vessel morphogenesis / positive regulation of neuroblast proliferation / negative regulation of fat cell differentiation / positive chemotaxis / positive regulation of sprouting angiogenesis / chemoattractant activity / mesoderm development / outflow tract morphogenesis / positive regulation of protein autophosphorylation / monocyte differentiation / macrophage differentiation / fibronectin binding / positive regulation of cell division / positive regulation of receptor internalization / mammary gland alveolus development / neuroblast proliferation / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / positive regulation of focal adhesion assembly / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of osteoblast differentiation / vasculogenesis / heart morphogenesis / cell maturation / ovarian follicle development / homeostasis of number of cells within a tissue / positive regulation of endothelial cell proliferation / lactation / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / epithelial cell differentiation / positive regulation of endothelial cell migration
類似検索 - 分子機能
Vascular endothelial growth factor, heparin-binding domain / Vascular endothelial growth factor, heparin-binding domain superfamily / VEGF heparin-binding domain / : / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor, conserved site / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor (PDGF) family signature. / Platelet-derived growth factor (PDGF) family profile. / Platelet-derived and vascular endothelial growth factors (PDGF, VEGF) family / Cystine-knot cytokine
類似検索 - ドメイン・相同性
Vascular endothelial growth factor A, long form
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Kamo, M. / Michigami, M. / Inaka, K. / Furubayashi, N. / Kaito, S. / Kobayashi, Y. / Shinohara, Y. / Fujii, I.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP24am121036 日本
引用ジャーナル: Biochem Biophys Res Commun / 年: 2024
タイトル: Structural insights into molecular-targeting helix-loop-helix peptide against vascular endothelial growth factor-A.
著者: Michigami, M. / Notsu, K. / Kamo, M. / Hirokawa, T. / Kinoshita, T. / Inaka, K. / Nakase, I. / Fujii, I.
履歴
登録2024年10月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: VS42-LR3
A: Vascular endothelial growth factor A, long form
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,7843
ポリマ－16,6882
非ポリマー961
水2,864159
1
C: VS42-LR3
A: Vascular endothelial growth factor A, long form
ヘテロ分子

C: VS42-LR3
A: Vascular endothelial growth factor A, long form
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,5686
ポリマ－33,3764
非ポリマー1922
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+1/61
Buried area6240 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area15110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.982, 42.982, 309.665
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-230-

HOH

21A-236-

HOH

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要素

#1: タンパク質・ペプチド VS42-LR3


分子量: 4739.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: タンパク質 Vascular endothelial growth factor A, long form / L-VEGF / Vascular permeability factor / VPF


分子量: 11948.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VEGFA, VEGF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami2 (DE3) / 参照: UniProt: P15692
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 159 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.59 %
結晶化温度: 277 K / 手法: counter-diffusion / pH: 8
詳細: 0.1M Tris-HCl pH 8.0, 0.2M NaCl, 2.5M Ammonium Sulfate, 0.04% NaN3

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→44.24 Å / Num. obs: 31964 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20.4 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rpim(I) all: 0.014 / Rrim(I) all: 0.061 / Χ2: 0.7 / Net I/σ(I): 22.3 / Num. measured all: 652847
反射 シェル解像度: 1.45→1.47 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.4 % / Rmerge(I) obs: 0.786 / Num. measured all: 30171 / Num. unique obs: 1558 / CC1/2: 0.92 / Rpim(I) all: 0.183 / Rrim(I) all: 0.807 / Χ2: 0.15 / Net I/σ(I) obs: 1.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0425精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.45→37.251 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / WRfactor Rfree: 0.246 / WRfactor Rwork: 0.212 / SU B: 1.603 / SU ML: 0.061 / Average fsc free: 0.9437 / Average fsc work: 0.9583 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.072 / ESU R Free: 0.074 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2449 1533 4.822 %RANDOM
Rwork0.2156 30258 --
all0.217 ---
obs-31791 99.981 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 27.699 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.497 Å20.248 Å20 Å2
2--0.497 Å20 Å2
3----1.611 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→37.251 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1117 0 5 159 1281
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0121150
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0161061
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9191.8511554
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.6271.7662465
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7645138
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg9.01354
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.51710207
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg14.0711056
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2165
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.021320
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02240
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2070.2201
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1920.2925
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1770.2541
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0850.2633
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1360.294
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1550.222
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1550.289
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2480.233
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.8542.746559
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.8462.745559
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.1744.915696
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.1754.918697
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.6373.367591
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.6333.37592
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.1975.856858
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.1935.859859
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it8.90735.941285
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other8.86634.1751262
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.45-1.4880.3391150.29521880.29723030.9170.9291000.279
1.488-1.5280.3121050.26720920.26921970.920.9421000.242
1.528-1.5730.2791090.2620310.26121400.9390.9461000.236
1.573-1.6210.26910.25820270.25821180.9510.951000.229
1.621-1.6740.28980.25119460.25220440.9410.9541000.222
1.674-1.7330.316990.24718900.2519890.9260.9571000.216
1.733-1.7980.319890.2518330.25319220.9270.9561000.22
1.798-1.8710.302980.23217650.23618630.9420.9611000.206
1.871-1.9540.277980.2416970.24217950.9440.9581000.218
1.954-2.0490.294660.24516240.24716900.9340.961000.227
2.049-2.160.279910.22315470.22616380.9470.9691000.209
2.16-2.290.24710.2114640.21115350.9560.9711000.2
2.29-2.4480.234700.20214030.20414730.970.9721000.195
2.448-2.6430.255650.2113270.21213920.9550.971000.204
2.643-2.8930.254630.20812310.2112940.9550.971000.205
2.893-3.2330.21640.22111190.2211830.9690.9681000.224
3.233-3.7280.238530.19310080.19510610.9590.9771000.205
3.728-4.5540.19480.1648640.1669120.9770.9841000.18
4.554-6.3930.165230.2067300.2057530.9820.981000.229
6.393-37.2510.291170.2534720.2554940.9610.95198.98790.278

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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