PDB-9ju0: C-terminally truncated dextran dextrinase bound with acarbose

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9ju0

タイトル

C-terminally truncated dextran dextrinase bound with acarbose

要素

Dextran dextrinase

キーワード

TRANSFERASE / Glucosyl transferase

機能・相同性

機能・相同性情報

dextrin dextranase / dextrin dextranase activity / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Gluconobacter oxydans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Tagami, T. / Matsugaki, N. / Saburi, W. / Okuyama, M. / Mori, H.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2025
タイトル: Structural basis of transglucosylation in dextran dextrinase, a homolog of anomer-inverting GH15 glucoside hydrolases.
著者: Tagami, T. / Saburi, W. / Sadahiro, J. / Kumagai, Y. / Lang, W. / Matsugaki, N. / Okuyama, M. / Mori, H. / Kimura, A.

履歴

登録	2024年10月7日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年9月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9ju0.cif.gz	726.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9ju0.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9ju0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9ju0_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9ju0_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	9ju0_validation.xml.gz	143.9 KB	表示
CIF形式データ	9ju0_validation.cif.gz	201.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ju/9ju0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ju/9ju0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (4) #138 - 2011年6月グルカン分解酵素 (Glucansucrase) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Dextran dextrinase

BBB: Dextran dextrinase

CCC: Dextran dextrinase

DDD: Dextran dextrinase

ヘテロ分子

397 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Dextran dextrinase

BBB: Dextran dextrinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
199 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

CCC: Dextran dextrinase

DDD: Dextran dextrinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
198 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	118.259, 138.969, 264.462
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質

Dextran dextrinase

分子量: 98111.898 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Gluconobacter oxydans (バクテリア)
遺伝子: EDC20_1461 / プラスミド: pColdI / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CondonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: A0A0M5MSC0, dextrin dextranase

#2: 多糖

4,6-dideoxy-4-{[(1S,4R,5S,6S)-4,5,6-trihydroxy-3-(hydroxymethyl)cyclohex-2-en-1-yl]amino}-alpha-D- ...

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 阻害剤 / 分子量: 645.606 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-acarbose

記述子	タイプ	プログラム
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1a_1-5][a2122m-1a_1-5_4*NC^SC^SC^SC^RCCO/7=^ZC$3/6O/5O/4O]/1-1-2/a4-b1_b4-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp4Gc]{[(4+1)][<C2O2>]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL

分子量: 62.068 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂

#4: 化合物

ChemComp-CIT / CITRIC ACID

分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 1450 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.1 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.5 詳細: 10% PEG 6000, 6% Ethylene glycol, 100 mM sodium acetate buffer (pH 3.5)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX225-HS / 検出器: CCD / 日付: 2018年6月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→49.11 Å / Num. obs: 150716 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.6 % / CC_1/2: 0.99 / R_rim(I) all: 0.252 / R_sym value: 0.236 / Net I/σ(I): 8.64
反射シェル	解像度: 2.5→2.65 Å / 冗長度: 7.6 % / Num. unique obs: 24036 / CC_1/2: 0.713 / R_rim(I) all: 1.202 / R_sym value: 1.194 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
PHENIX	v1.19.1	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.5→49.106 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / SU B: 9.48 / SU ML: 0.192 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.413 / ESU R Free: 0.232 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2109	2000	1.327 %
R_work	0.1819	148715	-
all	0.182	-	-
obs	-	150715	99.918 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.858 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.744 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.886 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.859 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→49.106 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	26677	0	310	1450	28437

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.013	27593
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.018	23863
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.293	1.652	37785
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.254	1.577	55033
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.084	5	3574
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.72	26.086	1349
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.908	15	3792
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.584	15	42
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.049	0.2	3813
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	33054
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	6346
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.195	0.2	5768
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.171	0.2	22208
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.158	0.2	13812
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.073	0.2	12574
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.148	0.2	1573
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.043	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.205	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.246	0.2	85
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.105	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.753	3.725	14311
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.752	3.725	14310
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.758	5.585	17880
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.759	5.586	17881
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.839	3.82	13282
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.839	3.82	13283
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.945	5.677	19905
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.945	5.677	19906
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.365	44	31323
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.328	43.996	31052
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.059	0.05	29857
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.064	0.05	29773
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.064	0.05	29723
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.056	0.05	29917
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.054	0.05	29977
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.057	0.05	29955

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.5-2.565	0.292	146	0.281	10818	0.281	11046	0.78	0.804	99.2576	0.264
2.565-2.635	0.29	142	0.267	10576	0.268	10720	0.807	0.83	99.9813	0.247
2.635-2.712	0.314	139	0.254	10303	0.254	10443	0.83	0.862	99.9904	0.229
2.712-2.795	0.25	134	0.236	10042	0.236	10176	0.865	0.874	100	0.209
2.795-2.886	0.249	131	0.225	9754	0.225	9886	0.893	0.893	99.9899	0.195
2.886-2.987	0.262	127	0.214	9371	0.215	9499	0.889	0.902	99.9895	0.185
2.987-3.099	0.252	121	0.207	9081	0.208	9203	0.898	0.913	99.9891	0.178
3.099-3.225	0.233	119	0.19	8766	0.19	8887	0.918	0.936	99.9775	0.162
3.225-3.368	0.232	113	0.179	8411	0.179	8524	0.934	0.948	100	0.153
3.368-3.532	0.228	108	0.177	8048	0.178	8158	0.928	0.95	99.9755	0.155
3.532-3.722	0.202	103	0.169	7670	0.169	7773	0.95	0.959	100	0.147
3.722-3.946	0.18	98	0.159	7305	0.159	7403	0.963	0.965	100	0.139
3.946-4.216	0.177	92	0.142	6848	0.142	6940	0.969	0.973	100	0.123
4.216-4.551	0.154	86	0.132	6402	0.132	6488	0.971	0.975	100	0.115
4.551-4.982	0.131	80	0.133	5892	0.133	5972	0.978	0.978	100	0.115
4.982-5.562	0.163	72	0.153	5378	0.154	5450	0.972	0.975	100	0.132
5.562-6.409	0.212	64	0.169	4764	0.17	4828	0.962	0.97	100	0.144
6.409-7.817	0.184	55	0.151	4093	0.151	4148	0.967	0.973	100	0.131
7.817-10.917	0.157	44	0.136	3234	0.136	3278	0.973	0.977	100	0.127
10.917-49.106	0.226	26	0.22	1959	0.22	1986	0.958	0.954	99.9496	0.217

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