PDB-9jtz: Crystal structure of Nir2 C-terminal domain in complex with phosp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9jtz

タイトル

Crystal structure of Nir2 C-terminal domain in complex with phosphatidic acid

要素

Membrane-associated phosphatidylinositol transfer protein 1

キーワード

LIPID BINDING PROTEIN / PLC signaling / PI cycle / Membrane contact site / lipid transfer / lipid binding

機能・相同性

機能・相同性情報

Synthesis of PI / phosphatidylinositol transfer activity / phosphatidic acid binding / phosphatidylcholine binding / Golgi cisterna membrane / cleavage furrow / lipid droplet / phosphatidylinositol binding / receptor tyrosine kinase binding / phospholipid binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Kim, D. / Lee, C.

資金援助

韓国, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of Nir2 reveals a phosphatidic acid sensing mechanism at the ER-PM contact sites
著者: Kim, D. / Lee, S. / Jun, Y. / Lee, C.

履歴

登録	2024年10月7日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年10月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9jtz.cif.gz	163.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9jtz.ent.gz	126.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9jtz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9jtz_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9jtz_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	9jtz_validation.xml.gz	36.6 KB	表示
CIF形式データ	9jtz_validation.cif.gz	48.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jt/9jtz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jt/9jtz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9juiC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Membrane-associated phosphatidylinositol transfer protein 1

B: Membrane-associated phosphatidylinositol transfer protein 1

C: Membrane-associated phosphatidylinositol transfer protein 1

ヘテロ分子

92.6 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Membrane-associated phosphatidylinositol transfer protein 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
31.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Membrane-associated phosphatidylinositol transfer protein 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Membrane-associated phosphatidylinositol transfer protein 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.941, 108.764, 120.535
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Membrane-associated phosphatidylinositol transfer protein 1 / Drosophila retinal degeneration B homolog 1 / RdgB1 / Mpt-1 / Phosphatidylinositol transfer protein ...Drosophila retinal degeneration B homolog 1 / RdgB1 / Mpt-1 / Phosphatidylinositol transfer protein / membrane-associated 1 / PITPnm 1 / Pyk2 N-terminal domain-interacting receptor 2 / NIR-2 分子量: 30703.957 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Pitpnm1, Dres9, Mpt1, Nir2, Pitpnm / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O35954
#2: 化合物	ChemComp-44E / (2R)-3-(phosphonooxy)propane-1,2-diyl dihexanoate 分子量: 368.360 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₉O₈P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
#3: 化合物	ChemComp-DW3 / 2-oxidanylethanal 分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₄O₂
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION 分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 231 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.57 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 9% Polyethylene glycol (PEG) 4000, 100mM HEPES pH 7.5, 1% Ethanol, 4mM calcium chloride

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト: PAL/PLS

/ ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9795 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年4月25日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9795 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 50504 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 4.8 % / R_merge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 5.7

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.35-2.39	4.9	0.559	1727	0.754	0.927	0.274	0.624	0.524	99.9
2.39-2.43	4.9	0.517	1688	0.76	0.929	0.257	0.579	0.544	99.8
2.43-2.48	4.9	0.471	1695	0.83	0.952	0.232	0.527	0.552	99.9
2.48-2.53	5	0.415	1707	0.861	0.962	0.204	0.463	0.652	99.5
2.53-2.59	4.9	0.382	1675	0.87	0.965	0.189	0.428	0.686	99.8
2.59-2.65	4.8	0.351	1730	0.885	0.969	0.175	0.393	0.727	99.9
2.65-2.71	4.8	0.327	1682	0.905	0.975	0.162	0.366	0.832	99.4
2.71-2.79	4.5	0.286	1687	0.92	0.979	0.146	0.322	0.902	98.3
2.79-2.87	4.4	0.252	1652	0.933	0.983	0.131	0.286	0.971	95.6
2.87-2.96	5.1	0.237	1694	0.946	0.986	0.115	0.264	1.16	99.8
2.96-3.07	5.2	0.206	1704	0.957	0.989	0.099	0.229	1.311	99.9
3.07-3.19	5.2	0.189	1726	0.964	0.991	0.092	0.211	1.517	99.6
3.19-3.33	5.1	0.166	1731	0.969	0.992	0.081	0.185	1.835	99.7
3.33-3.51	5	0.142	1732	0.976	0.994	0.07	0.159	2.202	99.3
3.51-3.73	4.9	0.122	1699	0.98	0.995	0.061	0.137	2.409	99.4
3.73-4.02	4.5	0.112	1717	0.982	0.995	0.059	0.127	2.756	98.6
4.02-4.42	4.5	0.094	1702	0.987	0.997	0.049	0.106	3.042	96.7
4.42-5.06	4.9	0.084	1755	0.99	0.997	0.042	0.094	2.953	99.4
5.06-6.37	4.8	0.081	1765	0.992	0.998	0.041	0.091	2.602	98.4
6.37-50	4.4	0.06	1872	0.995	0.999	0.031	0.068	2.494	98.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.15→40.375 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.45 / 位相誤差: 26.02 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2582	2000	3.96 %
R_work	0.2026	-	-
obs	0.2048	50455	99.48 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→40.375 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5799	0	17	231	6047

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	5986
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.425	8138
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.078	2116
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.059	929
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1046

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1504-2.2041	0.3734	138	0.3384	3347	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2041-2.2637	0.3576	141	0.3026	3416	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2637-2.3303	0.3167	140	0.2896	3393	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3303-2.4055	0.3431	140	0.2705	3403	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4055-2.4915	0.31	143	0.2455	3442	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4915-2.5912	0.2833	141	0.2363	3418	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5912-2.7091	0.2936	141	0.2252	3428	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7091-2.8519	0.237	144	0.2124	3462	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8519-3.0306	0.2991	141	0.2117	3443	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0306-3.2645	0.3046	143	0.2159	3466	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2645-3.5928	0.2704	144	0.2013	3487	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5928-4.1123	0.239	146	0.1857	3520	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1123-5.1793	0.2096	145	0.1584	3540	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1793-40.375	0.2082	153	0.1679	3690	X-RAY DIFFRACTION	100

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)