PDB-9jtx: Factor inhibiting HIF-1 alpha in complex with Zn(II) and 2-(4-hyd...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9jtx

タイトル

Factor inhibiting HIF-1 alpha in complex with Zn(II) and 2-(4-hydroxy-2-oxo-1-(thiazol-4-ylmethoxy)-1,2-dihydroquinoline-3-carboxamido)-2-methylpropanoic acid

要素

Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor

キーワード

OXIDOREDUCTASE / factor-inhibiting hypoxia-inducible factor / FIH / 2OG dependent dioxygenase

機能・相同性

機能・相同性情報

hypoxia-inducible factor-asparagine dioxygenase / : / [protein]-asparagine 3-dioxygenase activity / peptidyl-histidine dioxygenase activity / peptidyl-aspartic acid 3-dioxygenase activity / regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / Cellular response to hypoxia / carboxylic acid binding / positive regulation of vasculogenesis / ankyrin repeat binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.08 Å

データ登録者

Nakashima, Y. / Corner, T.P. / Brewitz, L. / Schofield, C.J.

資金援助

英国, 4件

組織	認可番号	国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)	BB/J003018/1	英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)	BB/R000344/1	英国
Wellcome Trust	106244/Z/14/Z	英国
Cancer Research UK	C8717/A18245	英国

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2025
タイトル: Derivatives of the Clinically Used HIF Prolyl Hydroxylase Inhibitor Desidustat Are Efficient Inhibitors of Human gamma-Butyrobetaine Hydroxylase.
著者: Corner, T.P. / Tumber, A. / Salah, E. / Jabbary, M. / Nakashima, Y. / Schnaubelt, L.I. / Basak, S. / Alshref, F.M. / Brewitz, L. / Schofield, C.J.

履歴

登録	2024年10月7日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年4月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年5月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9jtx.cif.gz	189.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9jtx.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9jtx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jt/9jtx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jt/9jtx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (10) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor

ヘテロ分子

41.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.577, 86.577, 145.177
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2
Space group name Hall	P4abw2nw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

#1: タンパク質	Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor / Factor inhibiting HIF-1 / FIH-1 / Hypoxia-inducible factor asparagine hydroxylase 分子量: 40328.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HIF1AN, FIH1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q9NWT6, hypoxia-inducible factor-asparagine dioxygenase, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: Q9NWT6, hypoxia-inducible factor-asparagine dioxygenase, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-A1L4V / 2-methyl-2-[[4-oxidanyl-2-oxidanylidene-1-(1,3-thiazol-4-ylmethoxy)quinolin-3-yl]carbonylamino]propanoic acid 分子量: 403.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₁₇N₃O₆S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.53 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M HEPES, pH 7.5, 6%w/v PEG400, 1.6 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97628 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年1月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97628 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.08→56.41 Å / Num. obs: 59283 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 26.6 % / B_iso Wilson estimate: 64.09 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 19.3
反射シェル	解像度: 2.08→2.12 Å / 冗長度: 27.3 % / R_merge(I) obs: 4.681 / Mean I/σ(I) obs: 0.3 / Num. unique obs: 1658 / CC_1/2: 0.47 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.08→46.8 Å / SU ML: 0.3679 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.9571
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2468	3150	5.31 %
R_work	0.2143	56133	-
obs	0.216	59283	93.72 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 92.59 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.08→46.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2776	0	43	58	2877

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0031	2941
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0366	4010
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0438	393
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0041	525
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	21.1927	1072

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.08-2.11	0.4156	70	0.4843	932	X-RAY DIFFRACTION	34.55
2.11-2.15	0.4493	74	0.4208	1266	X-RAY DIFFRACTION	47.15
2.15-2.19	0.3433	101	0.3848	2254	X-RAY DIFFRACTION	81.74
2.19-2.22	0.3903	169	0.3724	2724	X-RAY DIFFRACTION	99.62
2.22-2.27	0.3529	133	0.356	2722	X-RAY DIFFRACTION	100
2.27-2.31	0.4039	170	0.3452	2702	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.31-2.36	0.362	129	0.3175	2725	X-RAY DIFFRACTION	100
2.36-2.42	0.3114	172	0.2818	2726	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.42-2.48	0.2809	165	0.2647	2714	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.48-2.55	0.2765	143	0.2654	2739	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.55-2.62	0.2446	155	0.2735	2671	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.62-2.71	0.325	136	0.2709	2753	X-RAY DIFFRACTION	100
2.71-2.8	0.2791	172	0.2521	2691	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.8-2.92	0.2861	163	0.2515	2725	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.92-3.05	0.3085	173	0.2426	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
3.05-3.21	0.2781	147	0.2574	2750	X-RAY DIFFRACTION	100
3.21-3.41	0.2901	159	0.2373	2737	X-RAY DIFFRACTION	100
3.41-3.67	0.2876	130	0.205	2730	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.67-4.04	0.2096	136	0.1953	2745	X-RAY DIFFRACTION	100
4.04-4.63	0.1765	157	0.161	2699	X-RAY DIFFRACTION	100
4.63-5.83	0.1631	155	0.1808	2748	X-RAY DIFFRACTION	100
5.83-46.8	0.2811	141	0.194	2719	X-RAY DIFFRACTION	99.86

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.45690900431	-4.57342237931	-3.77747350394	8.95740303576	7.57081269139	6.47817189642	-0.0330821369819	-0.463998923304	-0.0706103380951	1.03621777166	-0.200508122489	0.404423517953	0.178675654582	-0.385484764541	0.238272074126	1.03239480699	-0.0328752588464	0.280476011604	0.880294831872	-0.0828678795522	1.19396400217	6.23711553881	-30.4079572948	20.1038870001
2	4.10126304994	0.0760013009136	-0.184253420321	3.98984139875	2.87053292617	3.7817375046	0.0758229770175	0.0789791067276	0.490803286793	0.24528691007	0.0339304419887	0.415103429565	-0.580520962532	-0.159823437689	-0.0838524050011	0.790599173447	0.0772904281221	0.234688423235	0.428764453542	0.0424623902478	0.663020856304	19.466761642	-18.8300747119	16.4955170654
3	4.47590476644	-0.224472949153	-0.507973972194	3.98126303382	0.0446027640511	3.03822574857	0.205468271415	1.30422878828	0.345432706581	-1.15634828375	-0.225445044678	0.416689884516	-0.965264609404	-1.02275374435	0.0145148807726	1.1582118309	0.18645759837	-0.0296407233458	0.973313991598	0.063383645037	0.777695987331	13.590978233	-23.4486929613	-4.78967993876
4	2.11836067818	-2.26692823103	-1.66068478766	4.98878405167	2.81940748378	3.21569322848	0.116023557158	0.00621510478335	0.512475447593	0.0483095910273	0.179110752518	-0.230849177524	-0.467607279668	0.168409425382	-0.257363591024	0.659096163848	-0.013391902038	0.132309816225	0.373527381953	0.0306353954152	0.538373627692	26.4484968883	-30.329624339	8.63975032196

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 10 through 37 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 38 through 95 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 96 through 149 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 150 through 349 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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