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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9jtq
タイトルCrystal structure of the light-driven proton pump heimdallarchaeial rhodopsin HeimdallR1
要素Rhodopsin
キーワードPROTON TRANSPORT / Rhodopsin / Proton pump
機能・相同性
機能・相同性情報


monoatomic ion channel activity / photoreceptor activity / phototransduction / membrane
類似検索 - 分子機能
Bacterial rhodopsins signature 1. / Rhodopsin, retinal binding site / Bacteriorhodopsin-like protein / Archaeal/bacterial/fungal rhodopsins / Bacteriorhodopsin-like protein
類似検索 - ドメイン・相同性
NITRATE ION / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / RETINAL / Rhodopsin
類似検索 - 構成要素
生物種Candidatus Heimdallarchaeota archaeon (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Matsuzaki, Y. / Tzlil, G. / Del Carmen Marin, M. / Shihoya, W. / Beja, O. / Nureki, O.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)21H05037 日本
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Light-harvesting by antenna-containing rhodopsins in pelagic Asgard archaea
著者: Tzlil, G. / Del Carmen Marin, M. / Matsuzaki, Y. / Nag, P. / Itakura, S. / Mizuno, Y. / Murakoshi, S. / Tanaka, T. / Larom, S. / Konno, M. / Abe-Yoshizumi, R. / Molina-Marquez, A. / Barcenas- ...著者: Tzlil, G. / Del Carmen Marin, M. / Matsuzaki, Y. / Nag, P. / Itakura, S. / Mizuno, Y. / Murakoshi, S. / Tanaka, T. / Larom, S. / Konno, M. / Abe-Yoshizumi, R. / Molina-Marquez, A. / Barcenas-Perez, D. / Cheel, J. / Koblizek, M. / Leon, R. / Katayama, K. / Kandori, H. / Schapiro, I. / Shihoya, W. / Nureki, O. / Inoue, K. / Rozenberg, A. / Chazan, A. / Beja, O.
履歴
登録2024年10月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年4月2日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rhodopsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,6607
ポリマ－29,1821
非ポリマー1,4786
水2,072115
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area940 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area12310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.590, 60.370, 86.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

#1: タンパク質 Rhodopsin


分子量: 29182.127 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Candidatus Heimdallarchaeota archaeon (古細菌)
遺伝子: CME83_04245 / 発現宿主: Expression vector pET-mod (その他) / 参照: UniProt: A0A2E9CEV6
#2: 化合物 ChemComp-RET / RETINAL / 7-cis-レチナ-ル


分子量: 284.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#4: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: NO3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.46 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 3.9 / 詳細: PEG 300, sodium acetate, potassium thiocyanate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年6月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→39.22 Å / Num. obs: 18782 / % possible obs: 99.87 % / 冗長度: 35.8 % / Biso Wilson estimate: 21.87 Å2 / CC1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 1.054 / Rpim(I) all: 0.1767 / Rrim(I) all: 1.069 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル解像度: 2→2.071 Å / 冗長度: 35 % / Mean I/σ(I) obs: 1.33 / Num. unique obs: 1831 / CC1/2: 0.525 / CC star: 0.83 / % possible all: 99.95

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.19_4092: ???)精密化
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→39.22 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.43 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2338 940 5.01 %
Rwork0.2011 --
obs0.2028 18773 99.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→39.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2009 0 99 115 2223
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032163
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5852919
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.126340
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039317
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004349
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.110.30311320.2742506X-RAY DIFFRACTION100
2.11-2.240.23021320.22272504X-RAY DIFFRACTION100
2.24-2.410.21871310.18642512X-RAY DIFFRACTION100
2.41-2.650.2231330.17312526X-RAY DIFFRACTION100
2.65-3.040.21511340.17092535X-RAY DIFFRACTION100
3.04-3.830.22191350.18382559X-RAY DIFFRACTION100
3.83-39.220.24241430.21872691X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -2.6249 Å / Origin y: -13.4984 Å / Origin z: 20.3375 Å
111213212223313233
T0.1609 Å20.0035 Å2-0.0102 Å2-0.1115 Å2-0.0142 Å2--0.1646 Å2
L0.9164 °2-0.0727 °20.1503 °2-0.6055 °2-0.0519 °2--1.7273 °2
S0.0014 Å °-0.0056 Å °0.046 Å °-0.0058 Å °-0.0347 Å °0.0191 Å °-0.0089 Å °-0.0803 Å °0.0194 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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