PDB-9jtd: Crystal structure of PCoV-GD receptor binding domain complexed wi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9jtd

タイトル

Crystal structure of PCoV-GD receptor binding domain complexed with fox ACE2

要素

Angiotensin-converting enzyme
Spike glycoprotein

キーワード

VIRAL PROTEIN / PCoV-GD / receptor binding domain / fox ACE2

機能・相同性

機能・相同性情報

加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / positive regulation of L-proline import across plasma membrane / angiotensin-mediated drinking behavior / positive regulation of gap junction assembly / regulation of cardiac conduction / peptidyl-dipeptidase activity / transporter activator activity / carboxypeptidase activity / brush border membrane / metallopeptidase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Vulpes vulpes (アカギツネ)

Pangolin coronavirus (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.59 Å

データ登録者

Jun, L. / Xiaoyan, N.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of PCoV-GD receptor binding domain complexed with fox ACE2
著者: Jun, L. / Xiaoyan, N.

履歴

登録	2024年10月4日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年10月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9jtd.cif.gz	343.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9jtd.ent.gz	280.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9jtd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9jtd_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9jtd_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	9jtd_validation.xml.gz	34.6 KB	表示
CIF形式データ	9jtd_validation.cif.gz	44.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jt/9jtd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jt/9jtd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6m0jS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#246 - 2020年6月 SARSコロナウイルス2 スパイク (SARS-CoV-2 Spike) 類似性 (4) #264 - 2021年12月 SARSコロナウイルス2型スパイク変異体 (SARS-CoV-2 Spike Variants) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Angiotensin-converting enzyme

E: Spike glycoprotein

ヘテロ分子

92.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Angiotensin-converting enzyme

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
70.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: Spike glycoprotein

登録者が定義した集合体
21.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	193.952, 193.952, 151.024
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	98
Space group name H-M	I4₁22

#1: タンパク質

Angiotensin-converting enzyme

分子量: 68935.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Vulpes vulpes (アカギツネ) / 遺伝子: ACE2 / 発現宿主:

Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: A0A3Q7RAT9, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素

#2: タンパク質

Spike glycoprotein / PCoV-GD / S glycoprotein / E2 / Peplomer protein

分子量: 21754.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Pangolin coronavirus (ウイルス) / 遺伝子: S / 発現宿主:

Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A0A7D6PMV8

#3: 多糖

beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成

記述子	タイプ	プログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.05 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2M Ammonium chloride, 20% w/v Polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年7月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.59→50 Å / Num. obs: 16994 / % possible obs: 99.11 % / 冗長度: 23.6 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 9.67
反射シェル	解像度: 3.59→3.72 Å / Num. unique obs: 1632 / CC_1/2: 0.685

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.19.1_4122: ???)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6M0J

6m0j

解像度: 3.59→33.07 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.56 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2628	850	5 %
R_work	0.2289	-	-
obs	0.2306	16994	99.14 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.59→33.07 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6479	0	0	0	6479

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	6662
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.72	9056
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.846	910
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	965
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1162

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.59-3.81	0.3131	139	0.3025	2585	X-RAY DIFFRACTION	97
3.81-4.1	0.2877	145	0.2499	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
4.11-4.52	0.2308	118	0.2305	2700	X-RAY DIFFRACTION	100
4.52-5.17	0.243	136	0.2177	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
5.17-6.5	0.2963	145	0.2529	2733	X-RAY DIFFRACTION	100
6.51-33.07	0.2444	167	0.1951	2763	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.6139	-1.0321	-0.2604	2.0254	1.2	1.2332	0.4928	0.7284	0.1685	-0.7935	-0.4257	-0.2489	-0.6496	-0.2444	0.0922	1.0923	0.1748	0.1998	0.8791	0.1553	0.9435	35.4833	0.2433	27.9448
2	2.9733	0.2926	-1.2741	0.3512	-0.2662	0.5401	-0.0503	0.4955	1.0441	0.4053	0.1944	0.5122	-0.9299	-0.2027	0.2447	1.0094	-0.0638	-0.0815	1.1278	0.0048	0.9434	39.2706	14.543	32.7181
3	5.7719	2.495	-0.9367	1.2375	-0.0907	0.7749	1.3094	2.4986	-0.2989	-0.0712	0.0424	0.0227	-0.1707	0.5276	0.6237	1.5742	-0.6175	-0.1587	2.4241	0.6615	1.062	62.5438	18.5632	2.1231
4	3.0805	0.7211	0.3861	2.6507	-0.1232	1.5477	-0.3302	0.376	0.4748	-0.0404	0.0855	0.2373	-0.2254	0.0989	0.2694	0.7409	-0.0759	0.0921	0.8617	0.1136	0.8968	64.6818	13.7565	23.7014
5	3.1026	-1.1739	0.6702	2.3433	-0.3142	1.3119	-0.0933	0.3836	0.2929	0.1192	-0.1065	-0.2258	0.6244	0.2288	0.1576	0.8362	0.033	0.2749	0.8148	-0.0582	0.8563	59.2407	-7.331	23.4986
6	2.5531	1.4638	0.2247	1.955	0.0853	2.0535	-0.3092	0.1022	0.5636	0.1101	0.0449	-0.5293	-0.1202	-0.0314	0.2186	0.5242	-0.0178	0.2117	0.6567	0.1122	0.6765	65.0219	13.3097	28.5159
7	4.8767	2.3147	-1.267	1.9672	-0.805	1.5241	-0.1868	-0.2666	-0.3276	-0.2322	-0.4432	-0.806	0.2932	0.4526	0.2389	0.7748	-0.0684	0.1964	0.7998	0.0015	0.8106	73.4906	11.6836	34.9382
8	0.0797	0.0575	0.0193	0.1248	-0.0807	0.1014	-1.0791	0.6939	-0.0586	-0.9471	-0.5417	-0.1726	-0.3058	-1.1486	0.2554	1.6103	-0.3907	0.4041	1.0521	-0.292	1.7801	25.7526	-42.6158	32.972
9	2.8909	-1.106	-0.6829	2.0756	-1.5977	2.0955	-0.1552	0.1279	-0.8166	-0.4239	0.2128	-0.3838	1.3339	-0.4995	0.5751	1.3292	-0.1175	0.2381	0.8149	0.0848	2.0349	30.1538	-35.2763	36.098
10	0.6826	-1.6601	-0.1597	4.0459	0.3834	0.0226	-0.9227	2.9608	-2.6403	0.7237	-0.1746	1.4303	0.4088	0.8319	0.5874	1.8341	0.1038	0.4719	1.909	-0.0707	3.2491	33.1614	-43.576	46.3176
11	3.0165	-2.1743	-0.3636	2.7527	1.0505	3.3665	-0.5301	-0.4194	-1.0165	0.1923	0.215	-0.6874	0.8919	0.2382	0.3637	0.993	-0.019	0.3261	0.9233	0.1499	1.3371	32.956	-24.8805	42.6021
12	2.4916	0.553	-1.8749	3.6533	0.4373	1.4968	0.3738	-0.3557	-0.2443	0.0594	-0.1604	-0.0514	-0.0686	-0.1504	-0.0166	0.9222	-0.0373	0.0293	0.9501	-0.0333	0.9779	26.8091	-12.0421	36.5186
13	2.5689	-1.2688	-0.9347	0.8921	0.0105	5.6823	-0.4026	-0.6884	-1.8033	0.4594	0.036	-0.1199	0.8845	-1.5441	0.2144	1.6037	-0.0786	0.3458	1.4455	0.0465	2.4125	28.1754	-37.6583	43.1777

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 19 through 81 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 82 through 128 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 129 through 157 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 158 through 318 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 319 through 431 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 432 through 560 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 561 through 610 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'E' and (resid 333 through 342 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'E' and (resid 343 through 379 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'E' and (resid 380 through 394 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'E' and (resid 395 through 437 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'E' and (resid 438 through 506 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'E' and (resid 507 through 526 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)