PDB-9jsd: Cryo-EM structure of Snf7 linker extension

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9jsd

タイトル

Cryo-EM structure of Snf7 linker extension

要素

Vacuolar-sorting protein SNF7

キーワード

PROTEIN TRANSPORT / membrane fission / ring polymers / N-terminal domain / "open" status

機能・相同性

機能・相同性情報

Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / intralumenal vesicle formation / Macroautophagy / peroxisome organization / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / ESCRT III complex / late endosome to vacuole transport via multivesicular body sorting pathway / ATP export / vesicle budding from membrane / late endosome to vacuole transport ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.37 Å

データ登録者

Shen, Q.T. / Liu, M.D.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of Snf7 linker extension
著者: Shen, Q.T. / Liu, M.D.

履歴

登録	2024年9月30日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年10月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年10月8日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年10月8日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年10月8日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年10月8日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年10月8日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9jsd.cif.gz	54.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9jsd.ent.gz	37.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9jsd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9jsd_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9jsd_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	9jsd_validation.xml.gz	15.6 KB	表示
CIF形式データ	9jsd_validation.cif.gz	20.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/js/9jsd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/js/9jsd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	61770MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (1) #161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Vacuolar-sorting protein SNF7

27.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	Vacuolar-sorting protein SNF7 / DOA4-independent degradation protein 1 / Sucrose nonfermenting protein 7 / Vacuolar protein-sorting- ...DOA4-independent degradation protein 1 / Sucrose nonfermenting protein 7 / Vacuolar protein-sorting-associated protein 32 分子量: 27875.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 遺伝子: SNF7, DID1, VPS32, YLR025W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P39929
Has protein modification	N

#1: タンパク質

Vacuolar-sorting protein SNF7 / DOA4-independent degradation protein 1 / Sucrose nonfermenting protein 7 / Vacuolar protein-sorting- ...

分子量: 27875.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
遺伝子: SNF7, DID1, VPS32, YLR025W / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P39929

Has protein modification

N

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実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素	名称: Snf7-ins15G ring polymers / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)	生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
由来(組換発現)	生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液	pH: 7.6
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: TFS KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影	電子線照射量: 50 e/Å² フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

CTF補正	タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成	解像度: 7.37 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 199543 / 対称性のタイプ: POINT

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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