[日本語] English
万見
- PDB-9js5: Crystal structure of the ASFV-derived histone-like protein pA104R -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9js5
タイトルCrystal structure of the ASFV-derived histone-like protein pA104R
要素Viral histone-like protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN / ASFV / pA104R
機能・相同性
機能・相同性情報


virion component / structural constituent of chromatin / DNA replication / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Histone-like DNA-binding protein, conserved site / Bacterial histone-like DNA-binding proteins signature. / Histone-like DNA-binding protein / Bacterial DNA-binding protein / bacterial (prokaryotic) histone like domain / Integration host factor (IHF)-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Viral histone-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種African swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Li, Q. / Shao, H. / Yi, D. / Cen, S.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
Not fundedCAMS Innovation Fund for Medical Sciences (2021-I2M-1-030) 中国
Not fundedBeijing Natural Science Foundation (7242097) 中国
引用ジャーナル: Emerg Microbes Infect / 年: 2025
タイトル: Thonningianin A disrupts pA104R-DNA binding and inhibits African swine fever virus replication.
著者: Li, Q.J. / Shao, H.H. / Zheng, L.L. / Liu, Q. / Huo, C.C. / Yi, D.R. / Feng, T. / Cen, S.
履歴
登録2024年9月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年4月30日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Viral histone-like protein
B: Viral histone-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,96210
ポリマ－23,2622
非ポリマー7018
水2,630146
1
A: Viral histone-like protein
ヘテロ分子

A: Viral histone-like protein
ヘテロ分子

B: Viral histone-like protein
ヘテロ分子

B: Viral histone-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,92420
ポリマ－46,5234
非ポリマー1,40116
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z+1/31
crystal symmetry operation6_664-x+1,-x+y+1,-z-1/31
Buried area5650 Å2
ΔGint-176 kcal/mol
Surface area31040 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5530 Å2
ΔGint-105 kcal/mol
Surface area12810 Å2
手法PISA
3
A: Viral histone-like protein
ヘテロ分子

B: Viral histone-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,96210
ポリマ－23,2622
非ポリマー7018
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_664-x+1,-x+y+1,-z-1/31
Buried area2460 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area15880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.648, 55.648, 152.345
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-339-

HOH

21A-347-

HOH

31A-356-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Viral histone-like protein / pA104R / DNA-binding protein pA104R


分子量: 11630.754 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) African swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス)
遺伝子: A104R, A104R CDS, BA71V-A104R, AFSV47Ss_0056, ASFV-Georgia_4-058, ASFVARMWT4_00043
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0A1E0L7
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.98 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: 2.6 M ammonium sulfate, 0.1M citric acid

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97851 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97851 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→29.88 Å / Num. obs: 48848 / % possible obs: 99.87 % / 冗長度: 17.9 % / Biso Wilson estimate: 33.63 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.07458 / Net I/σ(I): 23.24
反射 シェル解像度: 1.8→1.864 Å / Rmerge(I) obs: 0.6258 / Num. unique obs: 3104 / CC1/2: 0.945 / CC star: 0.986

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6LMH

6lmh


解像度: 1.8→29.88 Å / SU ML: 0.1837 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.89 / 位相誤差: 27.012
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.239 2237 4.58 %
Rwork0.1983 46611 -
obs0.2001 48848 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 40.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→29.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1554 0 38 146 1738
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081612
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9432180
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0654256
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0082272
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.6868206
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.840.30621280.2512896X-RAY DIFFRACTION99.83
1.84-1.880.25811740.23292858X-RAY DIFFRACTION99.87
1.88-1.930.29061400.2212947X-RAY DIFFRACTION100
1.93-1.980.22941220.19792925X-RAY DIFFRACTION99.93
1.98-2.040.26711300.2282899X-RAY DIFFRACTION99.97
2.04-2.110.26881700.21412893X-RAY DIFFRACTION100
2.11-2.180.2781140.2052936X-RAY DIFFRACTION99.97
2.18-2.270.21391140.18722929X-RAY DIFFRACTION99.97
2.27-2.370.2891960.2372951X-RAY DIFFRACTION99.97
2.37-2.50.28821820.24172929X-RAY DIFFRACTION99.97
2.5-2.650.30461560.23432908X-RAY DIFFRACTION100
2.65-2.860.2821520.21532892X-RAY DIFFRACTION100
2.86-3.140.25051400.24022904X-RAY DIFFRACTION100
3.15-3.60.25661230.20182937X-RAY DIFFRACTION100
3.6-4.530.1881440.15182892X-RAY DIFFRACTION100
4.53-29.880.19181520.16752915X-RAY DIFFRACTION99.61
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.66467725808-0.7561490001490.09668977748961.92188538372-0.8299750720623.540915107620.1099103918430.1031410676270.0485694767168-0.116999378683-0.09467990367450.188325950360.192513827299-0.257349016005-0.01167985128430.274519095025-0.00401422310388-0.01351744033910.271867690793-0.0215182571210.3298554951057.24154749292-0.21461835451410.9462430093
22.097984815021.83656703729-2.544546928311.28827618219-1.882376830832.910824514960.2730488261470.2297844882220.3202603089620.1837514997280.07161047656330.559306316533-0.623518154553-0.51886447197-0.09311404364440.3530765550760.0584138649221-0.01220066890870.344465770924-0.001489323403690.35743113468314.823461262814.56977723799.28628028519
31.19024533020.4474731178831.31181689571-0.1894811588630.3349984406771.57441556462-0.0277205306830.170626509148-0.012302031981-0.0411323918544-0.0316059487837-0.0514830129717-0.1585268739930.2469154442610.01864165710610.313649892417-0.009315526929950.03301790460450.2986722029110.04783314255660.29520972415724.53216571413.0435850314-0.469128846268
44.370645620071.814755170652.266667987951.437871132272.297258543163.32740262326-0.2968280214840.004990898821530.136044370640.00477211904545-0.07974470263230.2348497697620.009973370292360.3866399784730.0006253637919890.356184849248-0.0416236812278-0.02613880564340.4826266556280.1123565166240.26765616336711.054257313620.1225355868-31.6310519588
54.486611681791.336160417355.270369513481.477979772331.642303329756.88286548018-0.6847772737040.114557029913-0.07458966662720.2524747274440.3910209806250.461162133131-1.388180829560.2962149604110.05335509861060.444700283374-0.0917510460389-0.06627419796990.4866615371930.07199178100060.37900875997712.664932046423.9537655793-24.4358787614
60.462351379167-0.6901089003730.4164169467417.13937772585-3.99850289262.92880592197-0.01306052346770.333092382932-0.196603045218-0.3990371355680.0680555078975-0.263122112139-0.01304327845350.1716310489820.0512663693070.337550600189-0.01515611076170.02013312675020.3597183415960.01706941465370.30044137479422.510143073813.5832614819-6.85735077897
71.054070935792.145967764750.3409946553343.666861975870.6067202716470.202227699696-0.06403673647140.195353628438-0.337910466599-0.1010937052560.085538650398-0.6754337233180.4258449950140.1839499646180.0003900200918280.3864177250120.0433011067365-0.0219787906820.353289303355-0.02102430354430.41377058137925.0699902904-4.311272060940.695725295559
82.985599183491.05497880734-1.512407157292.02803076736-1.384218715683.616993630940.0633245982299-0.136955234102-0.02559765651850.15353083472-0.205805101741-0.0335040750654-0.3662505818510.0417669529041-0.04071338470310.314517473679-0.00565286179099-0.02930761552840.2651079497110.0004762941004280.32050163142323.622911643213.386939950714.3450852114
90.9083805796111.173187763980.9879974095983.370546860482.778281998354.08038391840.181350972352-0.1440369397630.1189991602020.485268655813-0.1745214196890.126440049090.6096600002490.0802288404723-0.05086755220020.3052583941590.01254123109320.03212241054020.231208698361-0.004278317834860.26879468620417.87095625-1.5456501630411.3949146476
101.2410301379-0.0511628729409-1.195134312291.38147972191.252727976551.892315695910.05198601167580.1259872674750.0654608836928-0.134071437348-0.04710222690470.06785835332820.0826737821484-0.4196533008580.03888338775980.332911649110.00777681857273-0.02817665032610.3066547123270.01144566445610.35660176708913.3121172645-1.0506061781-2.24751831776
112.01653706262.811849371410.02047987369512.73351347872-1.288106862881.34570555657-0.2946586876490.798402434392-0.402782229944-0.08243521512520.299511371628-0.2836657501180.147095314329-0.152203128703-0.006638175389750.317414581821-0.04201941660850.06186076323360.41773052477-0.04304355754230.28799746952435.2408840040.0374927036607-22.3142347275
124.379647317524.61525408058-2.199384665264.63360281604-2.589788072591.040519620210.425604548953-0.593684736347-0.7798969601640.493704234216-0.557434685961-0.525897877584-0.1119900788860.3537019096380.07022529035540.39228640305-0.0552608094326-0.002947636700420.3666248677880.0004714559113360.39283810097233.4263936659-5.90292840466-17.317169937
130.933490261926-2.83676055893-1.270922132668.746897305083.518607042141.029872453760.2313801257040.296811062665-0.323087228097-0.252357658002-0.1479326616390.884747012880.153387036208-0.543071971918-0.02693086429550.3923611823090.0104176556213-0.02336379003790.3277372053130.00518162543040.32835945015718.3498589009-2.22168888092-6.88186187385
142.097281652421.14705319804-0.3099325590262.66653146004-0.5255084421341.57969267131-0.04298859394640.7575846013431.01825633081-0.632491316026-0.1430222781970.941348013068-0.969989595964-0.2827026215810.004898430046260.5129272596020.0633059205184-0.01038115899220.3841651609010.08962479683650.46197235181813.25070035916.1398248512-4.47283723009
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 12 through 31 )AA12 - 311 - 20
22chain 'A' and (resid 32 through 52 )AA32 - 5221 - 41
33chain 'A' and (resid 53 through 69 )AA53 - 6942 - 58
44chain 'A' and (resid 70 through 84 )AA70 - 8459 - 73
55chain 'A' and (resid 85 through 93 )AA85 - 9374 - 82
66chain 'A' and (resid 94 through 101 )AA94 - 10183 - 90
77chain 'A' and (resid 102 through 110 )AA102 - 11091 - 99
88chain 'B' and (resid 12 through 31 )BB12 - 311 - 20
99chain 'B' and (resid 32 through 52 )BB32 - 5221 - 41
1010chain 'B' and (resid 53 through 69 )BB53 - 6942 - 58
1111chain 'B' and (resid 70 through 84 )BB70 - 8459 - 73
1212chain 'B' and (resid 85 through 93 )BB85 - 9374 - 82
1313chain 'B' and (resid 94 through 101 )BB94 - 10183 - 90
1414chain 'B' and (resid 102 through 110 )BB102 - 11091 - 99

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る