PDB-9jrz: Crystal Structure of 5'-Deoxy-5'-methylthioadenosine phosphorylas...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9jrz

タイトル

Crystal Structure of 5'-Deoxy-5'-methylthioadenosine phosphorylase from Aeropyrum pernix complex with 5'-Deoxy-5'-methylthioadenosine 323K

要素

S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase

キーワード

TRANSFERASE / MTAP / complex / phosphorylase

機能・相同性

機能・相同性情報

S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase / S-methyl-5-thioadenosine phosphorylase activity / L-methionine salvage from methylthioadenosine / purine ribonucleoside salvage / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Aeropyrum pernix K1 (好気性超好熱古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.69 Å

データ登録者

Iizuka, Y. / Kikuchi, M. / Yamauchi, T. / Tsunoda, M.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of 5'-Deoxy-5'-methylthioadenosine phosphorylase from Aeropyrum pernix complex with 5'-Deoxy-5'-methylthioadenosine 323K
著者: Iizuka, Y. / Kikuchi, M. / Yamauchi, T. / Tsunoda, M.

履歴

登録	2024年9月30日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年10月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9jrz.cif.gz	150.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9jrz.ent.gz	96.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9jrz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9jrz_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9jrz_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	9jrz_validation.xml.gz	14 KB	表示
CIF形式データ	9jrz_validation.cif.gz	19 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jr/9jrz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jr/9jrz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1wtaS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase

ヘテロ分子

31.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase

ヘテロ分子

A: S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase

ヘテロ分子

A: S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, Elution was observed at the molecular weight of the trimer.
93.8 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.927, 78.927, 233.574
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 120
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

#1: タンパク質	S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase / 5'-methylthioadenosine phosphorylase / MTA phosphorylase / MTAP 分子量: 30777.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: The first M and second F are missing in the uploaded structure because the electron density could not be observed. 由来: (組換発現) Aeropyrum pernix K1 (好気性超好熱古細菌) 遺伝子: mtnP, APE_1885 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9YAQ8, S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase
#2: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER 分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION 分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-MTA / 5'-DEOXY-5'-METHYLTHIOADENOSINE 分子量: 297.334 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₅N₅O₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27757502 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.0287437 %
結晶化	温度: 293.2 K / 手法: counter-diffusion / pH: 5.4 詳細: The mixture of protein solution and agarose was filled into a glass capillary, and the capillary was immersed in the reservoir solution for crystallization. The composition of the reservoir ...詳細: The mixture of protein solution and agarose was filled into a glass capillary, and the capillary was immersed in the reservoir solution for crystallization. The composition of the reservoir solution was as follows.15%(v/v)PEG#200,0.1 M phosphate citrate pH 5.4, 5 mM MTA

結晶

マシュー密度: 2.27757502 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.0287437 %

結晶化

温度: 293.2 K / 手法: counter-diffusion / pH: 5.4
詳細: The mixture of protein solution and agarose was filled into a glass capillary, and the capillary was immersed in the reservoir solution for crystallization. The composition of the reservoir ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 323 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Photon Factory

/ ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年6月24日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.98 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.69→44.4 Å / Num. obs: 31854 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.1 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.088 / R_pim(I) all: 0.043 / R_rim(I) all: 0.098 / Χ²: 1.02 / Net I/σ(I): 18.9

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.69-1.72	9.9	1.347	1.9	1599	0.68	0.662	1.503	1.06	100
9.1-44.4	7.7	0.019	74.5	241	0.999	0.01	0.022		98.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430 (refmacat 0.4.82)	精密化
Coot		モデル構築
MOLREP		位相決定
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1WTA

1wta

解像度: 1.69→39.495 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.985 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.978 / SU B: 3.411 / SU ML: 0.048 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.089 / ESU R Free: 0.068 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1439	1628	5.112 %
R_work	0.1097	30221	-
all	0.112	-	-
obs	-	31849	99.965 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.792 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.059 Å²	0.03 Å²	0 Å²
2-	-	0.059 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.192 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.69→39.495 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2142	0	32	59	2233

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	2245
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2122
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.824	1.82	3061
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.621	1.758	4870
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.85	5	278
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	9.053	5	26
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	0.031	5	1
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.633	10	356
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.198	10	101
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	339
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	2696
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	533
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.217	0.2	345
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.197	0.2	1804
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	1107
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	1216
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.127	0.2	51
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.179	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.213	0.2	76
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.12	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	7.111	2.334	1097
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	7.108	2.334	1097
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	10.318	4.203	1371
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	10.316	4.203	1372
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	11.46	2.996	1148
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	11.46	2.996	1148
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	16.738	5.211	1687
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	16.733	5.209	1688
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	19.528	24.432	2348
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	19.524	24.438	2349
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	4.461	3	4367

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.69-1.734	0.236	137	0.203	2178	0.205	2315	0.962	0.971	100	0.198
1.734-1.781	0.212	110	0.174	2135	0.176	2245	0.969	0.979	100	0.165
1.781-1.833	0.185	106	0.142	2110	0.144	2216	0.976	0.986	100	0.13
1.833-1.889	0.144	108	0.124	2031	0.125	2139	0.985	0.99	100	0.108
1.889-1.951	0.156	105	0.103	1965	0.105	2070	0.985	0.993	100	0.088
1.951-2.019	0.162	98	0.098	1918	0.101	2016	0.984	0.994	100	0.083
2.019-2.095	0.152	100	0.097	1846	0.1	1946	0.986	0.994	100	0.083
2.095-2.181	0.161	90	0.098	1781	0.101	1871	0.981	0.994	100	0.085
2.181-2.277	0.127	93	0.092	1701	0.093	1794	0.989	0.995	100	0.078
2.277-2.388	0.155	79	0.091	1658	0.094	1738	0.986	0.995	99.9425	0.077
2.388-2.517	0.143	91	0.096	1542	0.098	1633	0.988	0.995	100	0.081
2.517-2.669	0.148	84	0.098	1470	0.101	1554	0.989	0.994	100	0.084
2.669-2.852	0.148	75	0.103	1396	0.106	1471	0.987	0.994	100	0.09
2.852-3.079	0.123	70	0.094	1298	0.096	1368	0.991	0.995	100	0.083
3.079-3.371	0.186	61	0.112	1210	0.114	1272	0.979	0.992	99.9214	0.101
3.371-3.765	0.135	65	0.11	1098	0.112	1164	0.989	0.993	99.9141	0.104
3.765-4.341	0.1	48	0.093	979	0.093	1027	0.993	0.995	100	0.091
4.341-5.301	0.096	52	0.097	831	0.096	883	0.996	0.995	100	0.097
5.301-7.43	0.124	37	0.138	661	0.137	698	0.992	0.991	100	0.138
7.43-39.495	0.245	19	0.159	413	0.162	436	0.978	0.984	99.0826	0.165

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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