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- PDB-9jrp: Crystal structure of Aldo-keto reductase 1C3 complexed with compo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9jrp
タイトルCrystal structure of Aldo-keto reductase 1C3 complexed with compound VS-9
要素Aldo-keto reductase family 1 member C3
キーワードOXIDOREDUCTASE / Aldo-keto reductase family 1 member C3
機能・相同性
機能・相同性情報


prostaglandin-F synthase / testosterone 17beta-dehydrogenase (NADP+) / cellular response to prostaglandin stimulus / cellular response to corticosteroid stimulus / prostaglandin F synthase activity / macromolecule metabolic process / 3beta(or 20alpha)-hydroxysteroid dehydrogenase / prostaglandin D2 11-ketoreductase activity / ketoreductase activity / negative regulation of retinoic acid biosynthetic process ...prostaglandin-F synthase / testosterone 17beta-dehydrogenase (NADP+) / cellular response to prostaglandin stimulus / cellular response to corticosteroid stimulus / prostaglandin F synthase activity / macromolecule metabolic process / 3beta(or 20alpha)-hydroxysteroid dehydrogenase / prostaglandin D2 11-ketoreductase activity / ketoreductase activity / negative regulation of retinoic acid biosynthetic process / 5-alpha-androstane-3-beta,17-beta-diol dehydrogenase (NADP+) activity / 15-hydroxyprostaglandin-D dehydrogenase (NADP+) activity / farnesol catabolic process / 3alpha-hydroxysteroid 3-dehydrogenase / cellular response to jasmonic acid stimulus / Delta4-3-oxosteroid 5beta-reductase activity / 3alpha(17beta)-hydroxysteroid dehydrogenase (NAD+) / geranylgeranyl reductase activity / testosterone dehydrogenase (NADP+) activity / 3-alpha-hydroxysteroid 3-dehydrogenase [NAD(P)+] activity / androsterone dehydrogenase [NAD(P)+] activity / 3alpha(or 20beta)-hydroxysteroid dehydrogenase / RA biosynthesis pathway / regulation of testosterone biosynthetic process / ketosteroid monooxygenase activity / testosterone biosynthetic process / androstan-3-alpha,17-beta-diol dehydrogenase (NAD+) activity / Synthesis of bile acids and bile salts via 24-hydroxycholesterol / testosterone dehydrogenase (NAD+) activity / regulation of retinoic acid receptor signaling pathway / cellular response to prostaglandin D stimulus / prostanoid biosynthetic process / progesterone metabolic process / 17beta-estradiol 17-dehydrogenase / retinal metabolic process / estradiol 17-beta-dehydrogenase [NAD(P)+] activity / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / all-trans-retinol dehydrogenase (NAD+) activity / alcohol dehydrogenase (NADP+) activity / prostaglandin H2 endoperoxidase reductase activity / all-trans-retinol dehydrogenase (NADP+) activity / 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / bile acid binding / daunorubicin metabolic process / doxorubicin metabolic process / retinal dehydrogenase (NAD+) activity / aldose reductase (NADPH) activity / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / prostaglandin metabolic process / renal absorption / steroid metabolic process / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / retinoid metabolic process / Retinoid metabolism and transport / keratinocyte differentiation / response to nutrient / cellular response to calcium ion / cellular response to starvation / male gonad development / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of cell population proliferation / extracellular exosome / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Aldo-keto reductase family 1 member C / Aldo/keto reductase family putative active site signature. / Aldo/keto reductase family signature 1. / Aldo/keto reductase family signature 2. / Aldo/keto reductase, conserved site / Aldo-keto reductase / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Aldo-keto reductase family 1 member C3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.49 Å
データ登録者Jiang, J. / Sun, H. / Fang, P.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Aldo-keto reductase 1C3 complexed with compound VS-9
著者: Jiang, J. / Sun, H. / Fang, P.
履歴
登録2024年9月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年10月1日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aldo-keto reductase family 1 member C3
B: Aldo-keto reductase family 1 member C3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,6246
ポリマ－75,4702
非ポリマー2,1534
水11,313628
1
A: Aldo-keto reductase family 1 member C3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,8123
ポリマ－37,7351
非ポリマー1,0772
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1200 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area13010 Å2
手法PISA
2
B: Aldo-keto reductase family 1 member C3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,8123
ポリマ－37,7351
非ポリマー1,0772
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1200 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area13340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.607, 49.710, 83.518
Angle α, β, γ (deg.)74.76, 74.97, 61.89
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Aldo-keto reductase family 1 member C3 / 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase type 5 / 17-beta-HSD 5 / 3-alpha-HSD type II / brain / 3-alpha- ...17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase type 5 / 17-beta-HSD 5 / 3-alpha-HSD type II / brain / 3-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase type 2 / 3-alpha-HSD type 2 / Chlordecone reductase homolog HAKRb / Dihydrodiol dehydrogenase 3 / DD-3 / DD3 / Dihydrodiol dehydrogenase type I / HA1753 / Prostaglandin F synthase / PGFS / Testosterone 17-beta-dehydrogenase 5


分子量: 37735.113 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AKR1C3, DDH1, HSD17B5, KIAA0119, PGFS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P42330, 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる, 3beta(or 20alpha)-hydroxysteroid dehydrogenase, 3alpha(or 20beta)- ...参照: UniProt: P42330, 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる, 3beta(or 20alpha)-hydroxysteroid dehydrogenase, 3alpha(or 20beta)-hydroxysteroid dehydrogenase, 17beta-estradiol 17-dehydrogenase, 3alpha-hydroxysteroid 3-dehydrogenase, prostaglandin-F synthase, 3alpha(17beta)-hydroxysteroid dehydrogenase (NAD+), testosterone 17beta-dehydrogenase (NADP+)
#2: 化合物 ChemComp-A1EC7 / 5-[[3-(3-cyclopropyl-1,2,4-oxadiazol-5-yl)propanoyl-methyl-amino]methyl]-2-methyl-furan-3-carboxylic acid


分子量: 333.339 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H19N3O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C21H28N7O17P3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 628 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.25 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: MES pH 6.0, Ammonium chloride, PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL10U2 / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年1月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.49→43.25 Å / Num. obs: 101232 / % possible obs: 93.6 % / 冗長度: 1.8 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.041 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.057 / Χ2: 0.45 / Net I/σ(I): 5.5 / Num. measured all: 186496
反射 シェル解像度: 1.49→1.57 Å / % possible obs: 92.4 % / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.24 / Num. measured all: 27066 / Num. unique obs: 14628 / CC1/2: 0.879 / Rpim(I) all: 0.236 / Rrim(I) all: 0.337 / Χ2: 0.4 / Net I/σ(I) obs: 2.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.49→24.82 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 18.04 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1778 4816 4.76 %
Rwork0.1536 --
obs0.1548 101214 93.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.49→24.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4925 0 144 628 5697
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.596
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.566740
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.114773
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.013897
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.49-1.540.22584740.20269506X-RAY DIFFRACTION92
1.54-1.60.21715090.18649417X-RAY DIFFRACTION92
1.6-1.670.19444890.16649611X-RAY DIFFRACTION93
1.67-1.760.19354710.15579618X-RAY DIFFRACTION94
1.76-1.870.19974500.15239739X-RAY DIFFRACTION94
1.87-2.020.18974340.14999662X-RAY DIFFRACTION94
2.02-2.220.17553990.14669796X-RAY DIFFRACTION94
2.22-2.540.17614530.15579756X-RAY DIFFRACTION94
2.54-3.20.17036000.15049675X-RAY DIFFRACTION95
3.2-24.820.16575370.14799618X-RAY DIFFRACTION94
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -28.1814 Å / Origin y: -5.8905 Å / Origin z: -31.7006 Å
111213212223313233
T0.1106 Å2-0.0009 Å20.0063 Å2-0.1196 Å20.0157 Å2--0.1382 Å2
L0.1431 °20.064 °20.1855 °2-0.2758 °20.4145 °2--1.131 °2
S-0.0135 Å °-0.0009 Å °-0.0096 Å °-0.0104 Å °0.0203 Å °-0.0089 Å °-0.0137 Å °0.1017 Å °-0.0064 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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