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万見
- PDB-9jrc: Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor-binding domain complexed... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9jrc
タイトルCrystal structure of SARS-CoV-2 receptor-binding domain complexed with squirrel ACE2
要素
  • Angiotensin-converting enzyme
  • Spike protein S1
キーワードVIRAL PROTEIN / SARS-CoV-2 / receptor-binding domain / squirrel ACE2
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / positive regulation of L-proline import across plasma membrane / angiotensin-mediated drinking behavior / positive regulation of gap junction assembly / tryptophan transport / regulation of cardiac conduction / peptidyl-dipeptidase activity / transporter activator activity / angiotensin maturation / metallocarboxypeptidase activity ...加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / positive regulation of L-proline import across plasma membrane / angiotensin-mediated drinking behavior / positive regulation of gap junction assembly / tryptophan transport / regulation of cardiac conduction / peptidyl-dipeptidase activity / transporter activator activity / angiotensin maturation / metallocarboxypeptidase activity / positive regulation of cardiac muscle contraction / brush border membrane / virus receptor activity / endopeptidase activity / symbiont-mediated disruption of host tissue / Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / viral translation / host extracellular space / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding / cilium / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / apical plasma membrane / receptor ligand activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / cell surface / extracellular space / metal ion binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Collectrin domain / Renal amino acid transporter / Collectrin-like domain profile. / Peptidase M2, peptidyl-dipeptidase A / Angiotensin-converting enzyme / Peptidase family M2 domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal ...Collectrin domain / Renal amino acid transporter / Collectrin-like domain profile. / Peptidase M2, peptidyl-dipeptidase A / Angiotensin-converting enzyme / Peptidase family M2 domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
Angiotensin-converting enzyme / Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Petaurus norfolcensis (オブトフクロモモンガ)
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.16 Å
データ登録者Lan, J. / Nan, X.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Structure / 年: 2025
タイトル: Cross-species recognition of squirrel ACE2 by the receptor binding domains of SARS-CoV-2, RaTG13, PCoV-GD and PCoV-GX.
著者: Wang, C. / Nan, X. / Deng, Y. / Fan, S. / Lan, J.
履歴
登録2024年9月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年8月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年8月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Angiotensin-converting enzyme
E: Spike protein S1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,1359
ポリマ－91,1742
非ポリマー1,9617
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3670 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area35030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)194.135, 194.135, 148.162
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 BE

#1: タンパク質 Angiotensin-converting enzyme


分子量: 69131.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The sequence of organism Petaurus norfolcensis is not available during the biocuration, replaced by A0A8D2KIZ1 temporarily.
由来: (組換発現) Petaurus norfolcensis (オブトフクロモモンガ)
遺伝子: ACE2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: A0A8D2KIZ1, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素
#2: タンパク質 Spike protein S1


分子量: 22041.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
遺伝子: S, 2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P0DTC2

-
糖 , 3種, 6分子

#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 1種, 1分子

#6: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.24 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2M Ammonium chloride, 20% w/v Polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年7月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.16→50 Å / Num. obs: 24223 / % possible obs: 98.79 % / 冗長度: 25 % / CC1/2: 0.992 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 3.16→3.27 Å / Num. unique obs: 2284 / CC1/2: 0.772

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.19.1_4122: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6M0J

6m0j


解像度: 3.16→29.65 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.43 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2285 1263 5.22 %
Rwork0.1968 --
obs0.1985 24216 98.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.16→29.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6512 0 32 0 6544
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0116721
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2899122
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.706921
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068977
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0111168
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.16-3.290.36851210.31712417X-RAY DIFFRACTION95
3.29-3.440.33291400.27752529X-RAY DIFFRACTION99
3.44-3.620.27111500.24792521X-RAY DIFFRACTION100
3.62-3.840.23831380.21152544X-RAY DIFFRACTION100
3.84-4.140.20871490.1852553X-RAY DIFFRACTION100
4.14-4.550.20791290.17282556X-RAY DIFFRACTION100
4.55-5.210.19371570.16732582X-RAY DIFFRACTION100
5.21-6.550.22881450.20582605X-RAY DIFFRACTION100
6.55-29.650.20011340.16492646X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.06930.1077-0.06540.31490.09880.23960.1504-0.2782-0.3635-0.23950.0047-0.5585-0.44850.74150.03560.70050.0146-0.02090.77570.09650.55551.663-61.834-5.036
20.15-0.23920.15651.06980.39950.1864-0.0637-0.1927-0.3709-0.1482-0.08690.64990.05050.14960.00070.7882-0.0988-0.01970.68930.12090.8932-10.655-59.481-10.008
31.0557-0.19720.42040.89910.53730.56350.1160.163-0.0994-0.9265-0.42890.29730.1522-0.24920.00041.09550.1404-0.23570.7431-0.00620.9129-23.973-39.631-27.159
40.5785-0.60270.44881.2360.02530.5203-0.0376-0.0757-0.0646-0.1636-0.13430.31-0.0258-0.23870.00020.66020.0533-0.0370.58770.10710.6677-16.729-28.611-11.029
50.954-0.3963-0.16980.5009-0.25121.081-0.1642-0.15360.1764-0.1134-0.0687-0.33210.19770.2146-00.5401-0.03360.02720.54110.17740.61628.194-36.894-15.84
60.9856-1.35670.48081.5925-0.1830.98550.0113-0.07550.0292-0.0396-0.1780.31280.0403-0.07460.00020.5975-0.0049-0.0590.59180.09540.5439-14.1-31.964-9.839
70.529-0.3058-0.16330.95590.54390.1742-0.06330.00790.32820.1194-0.3081-0.2755-0.19650.1137-0.00050.55890.0538-0.01260.60440.10390.7-11.225-24.686-2.92
80.29390.1091-0.8140.0451-0.27412.2007-0.0230.7165-0.1773-0.9604-0.0906-0.64990.92450.0412-0.39130.70830.28610.10250.74240.28941.39435.505-73.033-4.885
90.09320.0547-0.05390.0234-0.0260.02780.0422-0.34630.324-0.2355-0.39120.1916-0.31771.5294-0.00051.1284-0.0297-0.10851.50230.3891.351240.629-60.4030.68
100.40890.19380.09670.8147-0.60710.57890.1557-0.02590.1353-0.0439-0.3142-0.218-0.01250.1566-0.00020.71150.09260.00580.73910.16620.747421.838-66.079-0.568
110.11920.1898-0.1530.3463-0.11220.40880.07360.1147-0.84930.10170.04160.0676-0.06020.2175-0.00090.74590.0442-0.0480.62280.1610.76647.838-76.5054.161
120.1091-0.0367-0.28950.35890.09860.67990.27-0.7063-0.1988-0.5052-0.2743-0.1916-0.13460.22640.01350.6721-0.0197-0.01950.74090.17240.948422.807-62.539-6.526
130.0267-0.00350.01090.00220.00750.02750.35790.41670.15410.00290.0676-0.18720.40260.1189-0.00091.2670.2509-0.01292.0440.44491.615245.97-73.469.61
141.99961.99912.00021.99982.000522.76973.2924-0.2982-2.3208-2.73890.04913.22824.1615-0.05441.315-0.079-0.0532.02520.43941.009254.514-65.7042.799
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN B AND RESID 18:51 )B18 - 51
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND RESID 52:129 )B52 - 129
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN B AND RESID 130:193 )B130 - 193
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN B AND RESID 194:293 )B194 - 293
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN B AND RESID 294:431 )B294 - 431
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN B AND RESID 432:561 )B432 - 561
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN B AND RESID 562:613 )B562 - 613
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN E AND RESID 333:364 )E333 - 364
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN E AND RESID 365:393 )E365 - 393
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN E AND RESID 394:459 )E394 - 459
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN E AND RESID 460:494 )E460 - 494
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN E AND RESID 495:516 )E495 - 516
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN E AND RESID 517:526 )E517 - 526
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN E AND RESID 529:530 )E529 - 530

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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