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- PDB-9jr7: Crystal structure of PCoV-GX receptor-binding domain complexed wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9jr7
タイトルCrystal structure of PCoV-GX receptor-binding domain complexed with squirrel ACE2
要素
  • Angiotensin-converting enzyme
  • Spike glycoprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / PCoV-GX / receptor-binding domain / squirrel ACE2
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / positive regulation of L-proline import across plasma membrane / angiotensin-mediated drinking behavior / positive regulation of gap junction assembly / tryptophan transport / regulation of cardiac conduction / peptidyl-dipeptidase activity / transporter activator activity / angiotensin maturation / metallocarboxypeptidase activity ...加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / positive regulation of L-proline import across plasma membrane / angiotensin-mediated drinking behavior / positive regulation of gap junction assembly / tryptophan transport / regulation of cardiac conduction / peptidyl-dipeptidase activity / transporter activator activity / angiotensin maturation / metallocarboxypeptidase activity / positive regulation of cardiac muscle contraction / brush border membrane / virus receptor activity / endopeptidase activity / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell / cilium / apical plasma membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / cell surface / extracellular space / metal ion binding / identical protein binding / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Collectrin domain / Renal amino acid transporter / Collectrin-like domain profile. / Peptidase M2, peptidyl-dipeptidase A / Angiotensin-converting enzyme / Peptidase family M2 domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily ...Collectrin domain / Renal amino acid transporter / Collectrin-like domain profile. / Peptidase M2, peptidyl-dipeptidase A / Angiotensin-converting enzyme / Peptidase family M2 domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein / Angiotensin-converting enzyme
類似検索 - 構成要素
生物種Petaurus norfolcensis (オブトフクロモモンガ)
Pangolin coronavirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.429 Å
データ登録者Lan, J. / Nan, X.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Structure / 年: 2025
タイトル: Cross-species recognition of squirrel ACE2 by the receptor binding domains of SARS-CoV-2, RaTG13, PCoV-GD and PCoV-GX.
著者: Wang, C. / Nan, X. / Deng, Y. / Fan, S. / Lan, J.
履歴
登録2024年9月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年8月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年8月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Angiotensin-converting enzyme
E: Spike glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,5187
ポリマ－92,4122
非ポリマー1,1065
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)196.281, 196.281, 144.629
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122

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要素

#1: タンパク質 Angiotensin-converting enzyme


分子量: 70724.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The sequence of organism Petaurus norfolcensis is not available during the biocuration, replaced by A0A8D2KIZ1 temporarily.
由来: (組換発現) Petaurus norfolcensis (オブトフクロモモンガ)
遺伝子: ACE2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: A0A8D2KIZ1, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素
#2: タンパク質 Spike glycoprotein / S glycoprotein / E2 / Peplomer protein


分子量: 21687.428 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pangolin coronavirus (ウイルス) / 遺伝子: S / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A0A6G6A1M4
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.29 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2M Sodium bromide, 20% w/v Polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.429→50 Å / Num. obs: 19172 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 24.2 % / CC1/2: 0.987 / Net I/σ(I): 9.33
反射 シェル解像度: 3.429→3.552 Å / Num. unique obs: 1847 / CC1/2: 0.847

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6M0J

6m0j


解像度: 3.429→38.811 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.14 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2558 912 4.76 %
Rwork0.2043 --
obs0.2068 19148 99.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.429→38.811 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6429 0 14 0 6443
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0126624
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2718999
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.5553912
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.065954
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081159
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.4292-3.60980.35821230.27952532X-RAY DIFFRACTION99
3.6098-3.83580.27631260.24432575X-RAY DIFFRACTION100
3.8358-4.13170.22751270.20912585X-RAY DIFFRACTION100
4.1317-4.54690.25821260.18672584X-RAY DIFFRACTION100
4.5469-5.20350.22871280.17462609X-RAY DIFFRACTION100
5.2035-6.55070.24981390.2172622X-RAY DIFFRACTION100
6.5507-38.810.25131430.18672729X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.0733-1.4175-3.14812.28822.08776.98920.0530.4974-0.2289-0.1196-0.45920.2946-0.1328-0.90060.40580.88720.02680.00870.8153-0.00170.928835.89690.883524.976
23.70790.9497-1.35272.9284-1.76733.10420.05850.64241.5743-0.06350.42760.504-0.7816-0.1283-0.39940.8624-0.136-0.1350.98520.04961.124748.743116.563918.7317
32.86180.58440.04131.7332-0.23560.7652-0.15440.35640.538-0.11020.09020.1805-0.1495-0.04420.10830.6575-0.04790.04180.7610.10860.892865.558714.736221.1155
43.621-0.03030.10962.5228-0.65332.4205-0.08080.56150.3645-0.352-0.23330.14020.9191-0.23790.13180.835-0.03340.13070.7872-0.1260.775355.4702-7.96218.2649
52.0241-0.3311-0.16842.7618-0.14932.41390.20.2086-0.1115-0.0933-0.0785-0.5217-0.1850.36950.13170.66680.08240.1060.6780.05090.929567.3833-4.573425.8042
64.3731.2129-0.66283.8754-0.65762.3822-0.15180.13850.8355-0.10750.1197-0.0445-0.0835-0.05490.00160.5118-0.0360.03530.6104-0.01890.579764.945913.017427.6984
75.81451.6861-1.39593.8188-0.70842.38190.1917-0.2987-0.15170.0127-0.5804-0.7386-0.0840.29730.30490.634-0.01320.16250.6983-0.01321.048179.816815.072930.4359
8-0.01180.0084-0.01680.1432-0.21960.34570.12220.3769-1.174-0.22270.35120.59380.8417-0.48310.06851.0929-0.05950.02790.9581-0.39641.76125.2632-36.25926.49
90.5479-0.0258-1.66320.8950.17356.7694-0.5510.0657-0.942-0.09460.40.77031.8199-0.2769-0.31831.0339-0.1687-0.0870.79630.05941.778322.279-34.553133.827
108.12156.424-4.29695.0766-3.3952.2737-1.1767-0.1424-1.2156-0.8084-0.2984-2.0571.20491.35841.22651.21840.1240.52171.18020.03732.468838.1078-39.890429.9448
111.4192-1.1017-0.04055.7091-0.04075.921-0.77770.0845-1.73640.2001-0.2522-0.2921.34151.74191.24451.26620.29990.13141.30990.10411.724234.1823-41.858740.2666
123.7851-0.7033-0.33492.31980.44564.7528-0.4837-0.2289-0.47120.6706-0.131-0.62340.21390.36290.40850.91120.01210.08890.89190.04990.861831.8514-23.347338.1991
134.15930.0995-0.83892.49960.00443.9841-0.1280.0319-0.1592-0.2906-0.03290.1550.25840.21180.29780.7812-0.04910.12060.77040.00690.915430.5136-21.427132.7749
142.36752.0680.65543.0038-0.15171.3758-0.1168-0.05980.2070.21440.30370.58830.076-0.1757-0.18610.68320.05440.29920.8115-0.04121.196220.4148-12.040242.2574
152.69673.28292.47154.15582.07637.0804-0.39430.68690.6334-0.97150.49920.4233-2.00480.25410.25880.73660.0655-0.08750.89850.07221.140721.4239-2.235535.3398
169.08783.63411.493.8415-1.78042.6184-0.4853-0.6698-0.02160.5437-0.2791-0.1623-0.213-0.39060.81860.6394-0.01290.17020.94360.0260.679238.8367-15.910624.7667
172.617-0.70372.69417.67151.39784.2076-0.2884-0.2274-0.92481.49280.3264-0.10831.1755-1.59850.11441.1305-0.03990.2911.04940.04751.124425.9435-37.968638.2656
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 19 through 82 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 83 through 157 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 158 through 317 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 318 through 387 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 388 through 431 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 432 through 574 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 575 through 609 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'E' and (resid 333 through 349 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'E' and (resid 350 through 364 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'E' and (resid 365 through 375 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'E' and (resid 376 through 393 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'E' and (resid 394 through 421 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'E' and (resid 422 through 459 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'E' and (resid 460 through 479 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'E' and (resid 480 through 494 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'E' and (resid 495 through 506 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'E' and (resid 507 through 526 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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