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- PDB-9jqt: Structure of interleukin receptor common gamma chain (IL2Rgamma/C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9jqt
タイトルStructure of interleukin receptor common gamma chain (IL2Rgamma/CD132) in complex with 2D4
要素
  • 2D4-Heavy Chain
  • 2D4-Light Chain
  • Anti-Fab nanobody
  • Cytokine receptor common subunit gamma
キーワードMEMBRANE PROTEIN / IL2Rg / CD132 / IL-2 / 2D4
機能・相同性
機能・相同性情報


mature B cell differentiation / interleukin-15 receptor activity / interleukin-2 binding / CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / positive regulation of T cell differentiation in thymus / lymphocyte differentiation / Interleukin-9 signaling / Interleukin-21 signaling / interleukin-7-mediated signaling pathway / interleukin-9-mediated signaling pathway ...mature B cell differentiation / interleukin-15 receptor activity / interleukin-2 binding / CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / positive regulation of T cell differentiation in thymus / lymphocyte differentiation / Interleukin-9 signaling / Interleukin-21 signaling / interleukin-7-mediated signaling pathway / interleukin-9-mediated signaling pathway / interleukin-4-mediated signaling pathway / positive regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / interleukin-2-mediated signaling pathway / interleukin-15-mediated signaling pathway / cellular homeostasis / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / Interleukin-15 signaling / cytokine receptor activity / Interleukin-2 signaling / positive regulation of B cell differentiation / positive regulation of immunoglobulin production / cytokine binding / Interleukin receptor SHC signaling / coreceptor activity / positive regulation of phagocytosis / Interleukin-7 signaling / cytokine-mediated signaling pathway / T cell differentiation in thymus / RAF/MAP kinase cascade / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / gene expression / receptor complex / endosome / immune response / external side of plasma membrane / cell surface / signal transduction / nucleoplasm / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / : / Cytokine receptor-like factor 2-like, D2 domain / Cytokine receptor-like factor 2, domain 1 / Short hematopoietin receptor family 1 signature. / Short hematopoietin receptor, family 1, conserved site / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Cytokine receptor common subunit gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Lama glama (ラマ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Lu, Q.J. / Yin, H.Q.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, China)NO. 32141004 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)No. 2022YFC3601800 中国
引用ジャーナル: Signal Transduct Target Ther / 年: 2024
タイトル: 2D4, a humanized monoclonal antibody targeting CD132, is a promising treatment for systemic lupus erythematosus.
著者: Huiqi Yin / Liming Li / Xiwei Feng / Zijun Wang / Meiling Zheng / Junpeng Zhao / Xinyu Fan / Wei Wu / Lingyu Gao / Yijing Zhan / Ming Zhao / Qianjin Lu /
要旨: Current therapies for systemic lupus erythematosus that target a particular factor or cell type exhibit limited effectiveness. To address this limitation, our focus was on CD132, a subunit common to ...Current therapies for systemic lupus erythematosus that target a particular factor or cell type exhibit limited effectiveness. To address this limitation, our focus was on CD132, a subunit common to six inflammatory factor receptors implicated in SLE. Our study revealed heightened CD132 expression in SLE patients' lymphocytes, contributing to the production of pro-inflammatory cytokines and immunoglobulins. We developed a novel humanized anti-CD132 monoclonal antibody, named as 2D4. 2D4 efficiently blocked IL-21 and IL-15, with limited effectiveness against IL-2, thereby suppressing T and B cells without disrupting immune tolerance. In the mouse immunization model, 2D4 virtually inhibited T cell-dependent, antigen-specific B-cell response. In lupus murine models, 2D4 mitigated inflammation by suppressing multiple pro-inflammatory cytokines and anti-dsDNA antibody titers, also diminishing proteinuria and glomerulonephritis. Compared to Belimumab, 2D4 exhibited superior efficacy in ameliorating the inflammatory state and preserving renal function. Moreover, 2D4 exhibited the ability to inhibit the production of pro-inflammatory factors and autoantibodies in PBMCs from individuals with SLE, highlighting its therapeutic potential for SLE individuals. Potent, 2D4 has the potential to significantly improve clinical outcomes in SLE and other complex autoimmune disorders.
履歴
登録2024年9月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytokine receptor common subunit gamma
B: 2D4-Heavy Chain
C: 2D4-Light Chain
D: Anti-Fab nanobody


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,9194
ポリマ－88,9194
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Cytokine receptor common subunit gamma / Interleukin-2 receptor subunit gamma / IL-2 receptor subunit gamma / IL-2R subunit gamma / IL-2RG / ...Interleukin-2 receptor subunit gamma / IL-2 receptor subunit gamma / IL-2R subunit gamma / IL-2RG / gammaC / p64


分子量: 28301.557 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL2RG
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P31785
#2: 抗体 2D4-Heavy Chain


分子量: 23049.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: 抗体 2D4-Light Chain


分子量: 23347.873 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#4: 抗体 Anti-Fab nanobody


分子量: 14219.525 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Interleukin receptor common gamma chain (IL2Rgamma/CD132) in complex with 2D4
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 0.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
電子光学装置エネルギーフィルター名称: TFS Selectris / エネルギーフィルタースリット幅: 10 eV
画像スキャン横: 4096 / 縦: 4096

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 354578 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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