PDB-9jqm: X-ray structure of cytochrome P450 OleT from Lacicoccus alkaliphi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9jqm

タイトル

X-ray structure of cytochrome P450 OleT from Lacicoccus alkaliphilus in complex with icosanoic acid

要素

Fatty-acid peroxygenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Decarboxylation / Hydroxylation / Cytochrome P450 / CYP152 / Monooxygenase / Decarboxylase

機能・相同性

機能・相同性情報

sterol metabolic process / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Lacicoccus alkaliphilus DSM 16010 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.44 Å

データ登録者

Phaisan, S. / Phintha, A. / Trisrivirat, D. / Charoenpol, A. / Tanaka, H. / Kurisu, G. / Watthaisong, P. / Sucharitakul, J. / Chaiyen, P.

資金援助

タイ, 4件

組織	認可番号	国
Vidyasirimedhi Institute of Science and Technology (VISTEC)		タイ
Program Management Unit for Human Resources & Institutional Development (PMU-B) Research and Innovation	B05F640089	タイ
Thailand Science Research and Innovation	FRB670026/0457	タイ
KasikornBank Public Company Limited		タイ

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2025
タイトル: Unique structural features define the decarboxylation activity of a CYP152 fatty acid decarboxylase from Lacicoccus alkaliphilus.
著者: Phaisan, S. / Phintha, A. / Trisrivirat, D. / Lawan, N. / Sucharitakul, J. / Charoenpol, A. / Watthaisong, P. / Tanaka, H. / Kurisu, G. / Chaiyen, P.

履歴

登録	2024年9月27日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年8月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9jqm.cif.gz	244.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9jqm.ent.gz	158.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9jqm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9jqm_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9jqm_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	9jqm_validation.xml.gz	46.4 KB	表示
CIF形式データ	9jqm_validation.cif.gz	62.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jq/9jqm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jq/9jqm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (1) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (1)

登録構造単位

B: Fatty-acid peroxygenase

A: Fatty-acid peroxygenase

ヘテロ分子

103 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Fatty-acid peroxygenase

ヘテロ分子

B: Fatty-acid peroxygenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
103 kDa, 2 ポリマー
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2

A: Fatty-acid peroxygenase

ヘテロ分子

A: Fatty-acid peroxygenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
103 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	82.799, 188.859, 198.313
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	24
Space group name H-M	I2₁2₁2₁
Space group name Hall	I2b2c
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z+1/2 #3: -x+1/2,y,-z #4: -x,-y+1/2,z #5: x+1/2,y+1/2,z+1/2 #6: x+1/2,-y+1/2,-z+1 #7: -x+1,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1,z+1/2

#1: タンパク質	Fatty-acid peroxygenase 分子量: 50113.949 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Lacicoccus alkaliphilus DSM 16010 (バクテリア) 遺伝子: SAMN02745189_00740 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1M7CBV6
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-DCR / icosanoic acid / アラキジン酸分子量: 312.530 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₄₀O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 557 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.2 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: Enzyme 10 mg/mL and icosanoic acid 1 mM in 0.1 M NaCl, 0.1 M HEPES pH7.5 and 3.5 M Sodium formate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.44→50 Å / Num. obs: 58908 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 24.44 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 13.51
反射シェル	解像度: 2.44→2.59 Å / 冗長度: 6.89 % / R_merge(I) obs: 0.783 / Mean I/σ(I) obs: 1.62 / Num. unique obs: 9086 / CC_1/2: 0.791 / % possible all: 97.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.44→42.63 Å / SU ML: 0.3955 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.27 / 位相誤差: 25.0656
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2296	5578	5.04 %
R_work	0.182	105113	-
obs	0.1844	57875	98.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.44→42.63 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6906	0	166	557	7629

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0086	7240
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0169	9777
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0539	1005
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0089	1251
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.9521	1012

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.44-2.47	0.3643	158	0.37	3013	X-RAY DIFFRACTION	84.76
2.47-2.5	0.391	182	0.3374	3523	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.5-2.53	0.3646	190	0.3265	3528	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.53-2.56	0.3431	189	0.2878	3587	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.56-2.59	0.3127	187	0.2749	3491	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.59-2.63	0.3311	190	0.2619	3528	X-RAY DIFFRACTION	100
2.63-2.67	0.3477	187	0.263	3562	X-RAY DIFFRACTION	100
2.67-2.71	0.2983	187	0.2477	3519	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.71-2.75	0.2573	187	0.2553	3544	X-RAY DIFFRACTION	100
2.75-2.79	0.3263	183	0.2568	3522	X-RAY DIFFRACTION	100
2.79-2.84	0.3272	191	0.2674	3556	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.84-2.89	0.3062	188	0.2635	3526	X-RAY DIFFRACTION	99.87
2.89-2.95	0.3381	189	0.2445	3560	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.95-3.01	0.2601	183	0.2177	3486	X-RAY DIFFRACTION	99.95
3.01-3.07	0.2928	189	0.2062	3554	X-RAY DIFFRACTION	99.95
3.07-3.15	0.2553	191	0.2018	3568	X-RAY DIFFRACTION	99.87
3.15-3.22	0.2521	187	0.1932	3513	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.22-3.31	0.264	189	0.1896	3583	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.31-3.41	0.2243	188	0.1861	3523	X-RAY DIFFRACTION	99.68
3.41-3.52	0.2065	184	0.1815	3476	X-RAY DIFFRACTION	99.73
3.52-3.64	0.2398	186	0.1719	3563	X-RAY DIFFRACTION	99.42
3.64-3.79	0.1887	184	0.1644	3481	X-RAY DIFFRACTION	98.79
3.79-3.96	0.219	189	0.1624	3512	X-RAY DIFFRACTION	99.06
3.96-4.17	0.1924	184	0.1587	3450	X-RAY DIFFRACTION	98.16
4.17-4.43	0.2121	186	0.1507	3481	X-RAY DIFFRACTION	97.71
4.43-4.77	0.2075	190	0.1371	3487	X-RAY DIFFRACTION	98.13
4.77-5.25	0.1815	186	0.1476	3513	X-RAY DIFFRACTION	99.68
5.25-6.01	0.2225	186	0.1801	3522	X-RAY DIFFRACTION	99.52
6.01-7.57	0.2092	184	0.1804	3494	X-RAY DIFFRACTION	98.37
7.57-42.63	0.2065	184	0.1635	3448	X-RAY DIFFRACTION	97.32

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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