PDB-9jqk: Ebola VP30 and its inhibitor

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9jqk

タイトル

Ebola VP30 and its inhibitor

要素

Transcriptional activator VP30

キーワード

VIRAL PROTEIN / VP30

機能・相同性

機能・相同性情報

viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / RNA binding / zinc ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Ebola virus (エボラウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.29 Å

データ登録者

Wu, F. / Xu, W.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Antiviral Res. / 年: 2025
タイトル: Ginkgolic acid inhibits Ebola virus transcription and replication by disrupting the interaction between nucleoprotein and VP30 protein.
著者: Peng, C. / Wu, F. / Ma, Y. / Liu, G. / Huang, Y. / Tong, R. / Xu, W.

履歴

登録	2024年9月27日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年4月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9jqk.cif.gz	121.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9jqk.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9jqk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9jqk_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9jqk_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	9jqk_validation.xml.gz	24.2 KB	表示
CIF形式データ	9jqk_validation.cif.gz	31.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jq/9jqk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jq/9jqk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#178 - 2014年10月エボラウイルスタンパク質 (Ebola Virus Proteins) 類似性 (3)

登録構造単位

D: Transcriptional activator VP30

A: Transcriptional activator VP30

B: Transcriptional activator VP30

C: Transcriptional activator VP30

ヘテロ分子

74 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

D: Transcriptional activator VP30

A: Transcriptional activator VP30

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Transcriptional activator VP30

B: Transcriptional activator VP30

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.177, 54.042, 83.265
Angle α, β, γ (deg.)	72.880, 85.961, 71.779
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Transcriptional activator VP30 / EbolaVP30 / eVP30 / Minor nucleoprotein VP30 分子量: 18296.742 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ebola virus (エボラウイルス) / 株: Kikwit-95 / 遺伝子: VP30 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q77DJ5
#2: 化合物	ChemComp-A1ECX / 2-[(~{E})-heptadec-10-enyl]-6-oxidanyl-benzoic acid 分子量: 374.557 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₃₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.26 %
結晶化	温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 20% PEG3350 and 200 mM ammonium phosphate dibasic

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL10U2 / 波長: 0.97915 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年12月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.29→79.55 Å / Num. obs: 31319 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 1.7 % / CC_1/2: 0.546 / R_merge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 2.4
反射シェル	解像度: 2.29→2.37 Å / Num. unique obs: 3107 / CC_1/2: 0.547 / % possible all: 95.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.29→48.52 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.936 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.911 / SU B: 11.425 / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.298 / ESU R Free: 0.236 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2638	1546	4.936 %	RANDOM
R_work	0.2184	29773	-	-
all	0.221	-	-	-
obs	-	29773	95.14 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.408 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.004 Å²	0.007 Å²	-0.005 Å²
2-	-	0.014 Å²	-0.002 Å²
3-	-	-	-0.008 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.29→48.52 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4040	0	57	149	4246

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.012	4162
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	4160
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.62	1.839	5618
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.247	1.755	9556
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.596	5	504
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	5.076	5.5	40
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.868	10	772
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	9.794	10	172
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.033	0.2	664
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.191	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	4830
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	954
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.201	1	926
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.186	1	3579
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.167	1	2069
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.067	1	1960
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.141	1	164
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.029	1	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.176	1	10
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.154	1	79
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.118	1	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.083	4.245	2028
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.073	4.245	2028
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.667	7.654	2528
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.666	7.654	2529
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.984	5.006	2134
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.982	5.008	2135
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.982	8.892	3090
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.981	8.893	3091
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	10.684	52.52	16838
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	10.685	52.491	16777

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.29-2.349	0.34	102	0.333	2244	X-RAY DIFFRACTION	95.3271
2.349-2.414	0.361	111	0.328	2149	X-RAY DIFFRACTION	95.7627
2.414-2.483	0.34	123	0.302	2105	X-RAY DIFFRACTION	96.8696
2.483-2.56	0.295	125	0.272	2090	X-RAY DIFFRACTION	97.7062
2.56-2.643	0.279	108	0.242	1960	X-RAY DIFFRACTION	97.824
2.643-2.736	0.26	83	0.237	1999	X-RAY DIFFRACTION	97.7465
2.736-2.839	0.313	100	0.23	1880	X-RAY DIFFRACTION	97.8744
2.839-2.954	0.282	88	0.225	1813	X-RAY DIFFRACTION	97.8888
2.954-3.085	0.27	64	0.208	1784	X-RAY DIFFRACTION	98.2456
3.085-3.235	0.236	80	0.21	1660	X-RAY DIFFRACTION	98.6395
3.235-3.409	0.3	80	0.196	1584	X-RAY DIFFRACTION	97.9976
3.409-3.615	0.208	70	0.192	1300	X-RAY DIFFRACTION	84.5157
3.615-3.863	0.252	56	0.196	1081	X-RAY DIFFRACTION	74.6553
3.863-4.17	0.232	54	0.186	1053	X-RAY DIFFRACTION	78.678
4.17-4.565	0.268	75	0.184	1188	X-RAY DIFFRACTION	98.749
4.565-5.098	0.198	69	0.162	1090	X-RAY DIFFRACTION	99.2295
5.098-5.876	0.259	54	0.209	976	X-RAY DIFFRACTION	98.9433
5.876-7.17	0.243	53	0.238	801	X-RAY DIFFRACTION	99.3023
7.17-10.031	0.2	26	0.182	655	X-RAY DIFFRACTION	99.4161
10.031-48.52	0.375	25	0.326	355	X-RAY DIFFRACTION	97.9381

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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