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- PDB-9jqg: Crystal structure of rice DWARF14 in complex with Cyclo(L-Leu-L-Pro) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9jqg
タイトルCrystal structure of rice DWARF14 in complex with Cyclo(L-Leu-L-Pro)
要素Strigolactone esterase D14
キーワードHYDROLASE / OsD14 / Cyclo / Strigolactone
機能・相同性
機能・相同性情報


strigolactone biosynthetic process / secondary shoot formation / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / hydrolase activity / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Alpha/beta hydrolase family / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
: / BENZOIC ACID / 1,4-BUTANEDIOL / 1,3-PROPANDIOL / S-1,2-PROPANEDIOL / Strigolactone esterase D14
類似検索 - 構成要素
生物種Oryza sativa Japonica Group (イネ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Wang, Q.X. / Wang, M.Y. / Gao, S. / Wang, B. / Bai, Y.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2022YFF1001800 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32320103002 and 82173098 to S.G 中国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2025
タイトル: Root microbiota regulates tiller number in rice.
著者: Zhang, J. / Wang, B. / Xu, H. / Liu, W. / Yu, J. / Wang, Q. / Yu, H. / Wei, J.W. / Dai, R. / Zhou, J. / He, Y. / Zou, D. / Yang, J. / Ban, X. / Hu, Q. / Meng, X. / Liu, Y.X. / Wang, B. / Hu, ...著者: Zhang, J. / Wang, B. / Xu, H. / Liu, W. / Yu, J. / Wang, Q. / Yu, H. / Wei, J.W. / Dai, R. / Zhou, J. / He, Y. / Zou, D. / Yang, J. / Ban, X. / Hu, Q. / Meng, X. / Liu, Y.X. / Wang, B. / Hu, B. / Wang, M. / Xin, P. / Chu, J. / Li, C. / Garrido-Oter, R. / Yu, P. / van Dijk, A.D.J. / Dong, L. / Bouwmeester, H. / Gao, S. / Huang, A. / Chu, C. / Li, J. / Bai, Y.
履歴
登録2024年9月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年5月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年6月25日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22025年8月27日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Strigolactone esterase D14
B: Strigolactone esterase D14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,04514
ポリマ－58,8422
非ポリマー1,20312
水9,332518
1
A: Strigolactone esterase D14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1968
ポリマ－29,4211
非ポリマー7757
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area200 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area11470 Å2
手法PISA
2
B: Strigolactone esterase D14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8496
ポリマ－29,4211
非ポリマー4285
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area11240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.093, 88.560, 119.202
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Strigolactone esterase D14 / Protein DWARF 14 / Protein DWARF 88 / Protein HIGH-TILLERING DWARF 2


分子量: 29420.785 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryza sativa Japonica Group (イネ) / 遺伝子: D14, D88, HTD2, Os03g0203200, LOC_Os03g10620 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q10QA5, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素

-
非ポリマー , 7種, 530分子

#2: 化合物 ChemComp-A1EBP / (3~{S},8~{a}~{S})-3-(2-methylpropyl)-2,3,6,7,8,8~{a}-hexahydropyrrolo[1,2-a]pyrazine-1,4-dione / Cyclo(L-Leu-L-Pro)


タイプ: peptide-like / 分子量: 210.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-BEZ / BENZOIC ACID


分子量: 122.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O2
#5: 化合物 ChemComp-PDO / 1,3-PROPANDIOL


分子量: 76.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O2
#6: 化合物 ChemComp-BU1 / 1,4-BUTANEDIOL


分子量: 90.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2
#7: 化合物 ChemComp-PGO / S-1,2-PROPANEDIOL


分子量: 76.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 518 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.18 %
結晶化温度: 291.16 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1,6-Hexanediol;1-Butanol; 1,2-Propanediol (racemic); 2-Propanol;1,4 Butanediol;1,3-Propanediol ;Imidazole;MES;Glycerol;PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL10U2 / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年9月12日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→48.09 Å / Num. obs: 81350 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 15.8
反射 シェル解像度: 1.5→1.53 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 3893 / CC1/2: 0.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX(1.20.1_4487: ???)位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.5→44.6 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.29 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1885 2000 2.46 %
Rwork0.1694 --
obs0.1698 81150 99.51 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→44.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4146 0 81 518 4745
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.886
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.728677
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06697
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008793
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5-1.540.30551380.29975466X-RAY DIFFRACTION98
1.54-1.580.28531420.255592X-RAY DIFFRACTION100
1.58-1.630.27431420.22125642X-RAY DIFFRACTION100
1.63-1.680.22221420.19735611X-RAY DIFFRACTION100
1.68-1.740.24661410.19095607X-RAY DIFFRACTION100
1.74-1.810.22261430.19345637X-RAY DIFFRACTION100
1.81-1.90.21831420.19635628X-RAY DIFFRACTION100
1.9-20.22861420.18345623X-RAY DIFFRACTION100
2-2.120.21921420.17115628X-RAY DIFFRACTION100
2.12-2.280.17181440.16115699X-RAY DIFFRACTION100
2.28-2.510.17331440.15565706X-RAY DIFFRACTION100
2.51-2.880.18041440.1555705X-RAY DIFFRACTION100
2.88-3.630.15861450.14975720X-RAY DIFFRACTION99
3.63-44.60.15081490.15255886X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.80042.1308-4.4446.89971.33842.8402-0.1190.6856-0.0153-0.63760.11270.14140.1328-0.25030.00590.1112-0.0106-0.02160.0995-0.00550.101-10.0012-5.4453-19.0119
21.5514-0.1783-0.70022.4859-0.55494.4835-0.089-0.0541-0.05160.020.05310.04710.1948-0.18940.03850.07230.0023-0.0010.0553-0.00920.0815-10.6698-1.821-6.814
31.28240.45230.0310.86130.09680.63010.0014-0.02640.0563-0.01360.0088-0.0219-0.04340.0639-0.00950.09930.00710.0050.0964-0.00270.0849-5.368311.5071-12.1014
41.5718-0.8660.60582.3691-1.27191.9642-0.0485-0.21640.05750.18410.05630.0761-0.0885-0.1473-0.00230.09710.00440.02150.1043-0.0320.0787-15.661213.0455-1.0084
52.00170.10476.34773.975-3.73638.5205-0.26711.0509-0.125-0.76030.1927-0.1431-0.09230.57030.07740.1635-0.02580.03470.26650.00290.166614.7057-8.06934.6172
65.74940.48893.00993.00210.49393.4609-0.017-0.0390.15240.153-0.05520.0657-0.19180.02070.06860.105-0.02170.02250.07510.02930.052613.3514-7.000119.4942
74.2206-0.15731.02452.8060.09681.77770.06850.2854-0.1837-0.2367-0.03730.02030.05690.124-0.03870.1176-0.00690.02820.11410.00720.055911.3701-13.98848.8937
86.3890.9213-1.02632.9880.14652.3863-0.05410.0303-0.1584-0.0015-0.01590.12830.0994-0.14170.070.08920.006-0.00620.06240.00150.06045.9186-22.631920.1691
96.3281-2.04780.57879.6682-7.61622.0012-0.1837-0.0174-0.4339-0.06270.1040.1760.4792-0.26150.07980.2076-0.02710.02880.2213-0.05860.2088-15.354-17.351116.0629
106.22230.7887.49381.01670.50999.23560.0267-0.1172-0.15990.05770.15690.0258-0.0287-0.2255-0.18350.08160.01470.00370.1267-0.00370.1245-10.1588-5.921418.9854
112.5165-0.13381.57694.62960.64368.2999-0.00780.00510.24720.0355-0.08420.031-0.8358-0.29020.09160.14330.02190.00950.11950.00040.1359-2.7976-0.757220.5315
124.4689-6.12313.83818.4253-5.21133.359-0.01160.014-0.2239-0.03540.1310.21960.0156-0.1195-0.12010.1067-0.01410.00360.1049-0.00940.0993-1.9187-20.708713.2824
134.2814-3.2937-2.37695.49523.06842.4294-0.1015-0.2601-0.0870.33680.11620.02940.1930.0493-0.0110.1285-0.00270.00010.09250.01820.06756.3814-21.711229.646
149.3842-2.1654-0.12912.320.29450.9869-0.1495-0.31330.06550.1770.0792-0.0788-0.02410.03920.06940.1451-0.0243-0.0210.1341-0.00240.08411.7032-9.665229.8574
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 50 through 66 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 67 through 110 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 111 through 245 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 246 through 318 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 51 through 66 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 67 through 91 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 92 through 140 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 141 through 187 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 188 through 200 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 201 through 214 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 215 through 231 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 232 through 255 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 256 through 291 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 292 through 318 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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