PDB-9jq0: Acid phosphatase KpAP mutant - E104G

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9jq0

タイトル

Acid phosphatase KpAP mutant - E104G

要素

Acid phosphatase

キーワード

HYDROLASE / Acid phosphatase / E104G mutant

機能・相同性

機能・相同性情報

acid phosphatase / acid phosphatase activity / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.93 Å

データ登録者

Wang, X.L. / Linghu, K. / Xu, K.J.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of E104G mutant of Acid phosphatase KpAP at 1.93 A resolution
著者: Wang, X.L. / Linghu, K. / Xu, K.J. / Zhou, J.W.

履歴

登録	2024年9月27日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2024年11月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9jq0.cif.gz	108 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9jq0.ent.gz	83.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9jq0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9jq0_validation.pdf.gz	443.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9jq0_full_validation.pdf.gz	444.4 KB	表示
XML形式データ	9jq0_validation.xml.gz	13.5 KB	表示
CIF形式データ	9jq0_validation.cif.gz	18.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jq/9jq0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jq/9jq0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Acid phosphatase

ヘテロ分子

26.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Acid phosphatase

ヘテロ分子

x 6

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
158 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_545	-y,x-y-1,z	1
crystal symmetry operation	3_655	-x+y+1,-x,z	1
crystal symmetry operation	10_554	-y,-x,-z-1/2	1
crystal symmetry operation	11_654	-x+y+1,y,-z-1/2	1
crystal symmetry operation	12_544	x,x-y-1,-z-1/2	1

2

A: Acid phosphatase

ヘテロ分子

A: Acid phosphatase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
52.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	124.710, 124.710, 97.280
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	182
Space group name H-M	P6₃22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-517- HOH

#1: タンパク質	Acid phosphatase 分子量: 25309.475 Da / 分子数: 1 / 変異: E122G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: KPK_3238 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B5XS64, acid phosphatase
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 143 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 71.49 %
結晶化	温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M Ammonium acetate, 0.1 M BIS-TRIS, 45% (v/v) (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.987 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年5月17日
放射	モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.93→47.21 Å / Num. obs: 34115 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 30.3 % / R_merge(I) obs: 0.192 / Net I/σ(I): 15.8
反射シェル	解像度: 1.93→1.97 Å / R_merge(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 2242 / R_pim(I) all: 0.503

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000	7.21	データスケーリング
REFMAC	5.8.0123	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-3000	7.21	データ削減
PHASER	2.7.0	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.93→47.21 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.952 / SU B: 4.63 / SU ML: 0.066 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.1 / ESU R Free: 0.097 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19772	1765	5.2 %	RANDOM
R_work	0.17817	-	-	-
obs	0.17917	32342	99.89 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.159 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.77 Å²	0.39 Å²	0 Å²
2-	-	0.77 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.51 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.93→47.21 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1772	0	53	143	1968

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.019	1898
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1770
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.589	1.975	2587
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.684	3	4084
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.778	5	244
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.916	24.651	86
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.744	15	305
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.639	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.05	0.2	284
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.021	2163
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	416
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.43	2.215	941
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.431	2.213	940
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.791	3.317	1178
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	0.79	3.319	1179
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.493	2.473	957
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.492	2.473	957
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	0.705	3.669	1403
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.456	29.686	2341
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	7.001	28.398	2274
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.93→1.978 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.257	117	-
R_work	0.273	2357	-
obs	-	-	99.84 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	12.3029	1.5242	-2.9641	3.3092	-0.9565	6.0157	-0.1209	0.263	-0.6881	-0.1706	0.0061	-0.4886	0.5778	0.3682	0.1148	0.2126	-0.0125	-0.0367	0.0781	0.0396	0.2148	41.8973	-68.5088	-12.3537
2	1.82	1.2789	-0.1196	1.3369	-0.0648	0.5958	0.0748	-0.0128	-0.078	0.1051	-0.009	0.0254	0.0957	-0.077	-0.0658	0.0282	-0.0162	-0.0092	0.0135	0.0139	0.0311	46.7532	-51.4764	-15.8027
3	2.185	0.1369	-0.2942	1.0089	-0.0308	1.1181	0.1162	-0.1877	0.0531	0.1865	-0.0384	0.0875	0.0289	-0.1891	-0.0778	0.0561	-0.0427	0.0071	0.0816	0.0163	0.0167	33.2892	-48.9365	-8.5488
4	6.8486	-2.8471	-1.0678	4.1805	3.244	2.7844	-0.1092	-0.8228	-0.0898	0.7493	0.0009	0.1413	0.6678	-0.1891	0.1083	0.2014	-0.0711	0.0216	0.1475	0.0155	0.0314	52.6751	-44.7848	-4.2306
5	3.4783	1.0936	0.4157	1.2961	0.7366	1.0816	0.132	-0.1615	0.1201	0.1609	-0.0285	0.0076	0.0391	-0.1445	-0.1036	0.0398	-0.0074	0.0085	0.0531	0.0154	0.0203	37.162	-48.2325	-15.229
6	10.3464	-6.1979	-1.896	12.0835	1.3694	5.0732	-0.0142	-0.1957	0.0747	0.1697	-0.053	0.7581	-0.3322	-0.4978	0.0672	0.0759	-0.0485	-0.0063	0.2202	0.0272	0.1324	15.9054	-54.0808	-14.5577

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 11
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	12 - 55
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	56 - 118
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	119 - 137
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	138 - 211
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	212 - 233

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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