PDB-9jpt: Local refinement of H14 nanotubes assembled from baculovirus caps...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9jpt

タイトル

Local refinement of H14 nanotubes assembled from baculovirus capsid protein

要素

Viral capsid 39 protein

キーワード

VIRAL PROTEIN / capsid protein / self-assembly / Baculovirus / nanotube

機能・相同性

Baculovirus major capsid protein VP39 / Baculovirus major capsid protein VP39 / viral capsid / structural molecule activity / Viral capsid 39 protein

機能・相同性情報

生物種

Helicoverpa armigera nucleopolyhedrovirus (ウイルス)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å

データ登録者

Tian, K. / Rao, G. / Fu, Y. / Cao, S.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Local refinement of H14 nanotubes assembled from baculovirus capsid protein
著者: Tian, K. / Rao, G. / Fu, Y. / Cao, S.

履歴

登録	2024年9月26日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年10月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年10月22日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年10月22日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年10月22日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年10月22日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年10月22日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9jpt.cif.gz	385.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9jpt.ent.gz	322.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9jpt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9jpt_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9jpt_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	9jpt_validation.xml.gz	76.9 KB	表示
CIF形式データ	9jpt_validation.cif.gz	102 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jp/9jpt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jp/9jpt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	61714MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Viral capsid 39 protein

B: Viral capsid 39 protein

C: Viral capsid 39 protein

D: Viral capsid 39 protein

E: Viral capsid 39 protein

F: Viral capsid 39 protein

G: Viral capsid 39 protein

H: Viral capsid 39 protein

267 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	Viral capsid 39 protein / Vp39 分子量: 33433.945 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Helicoverpa armigera nucleopolyhedrovirus (ウイルス) 参照: UniProt: Q77K63
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: HELICAL ARRAY / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: H14 nanotubes assembled from HaCP / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)	生物種: Helicoverpa armigera nucleopolyhedrovirus (ウイルス)
由来(組換発現)	生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
緩衝液	pH: 7.4
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

顕微鏡	モデル: JEOL CRYO ARM 300
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影	電子線照射量: 40 e/Å² / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア

名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

3次元再構成

解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 5321708 / 対称性のタイプ: POINT

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.002	18288
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.59	24792
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	5.056	2480
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.042	2784
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.004	3256

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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