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- PDB-9jpj: Crystal structure of DhdR in complex with DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9jpj
タイトルCrystal structure of DhdR in complex with DNA
要素
  • (DNA (27-MER)) x 2
  • Pyruvate dehydrogenase complex repressor
キーワードTRANSCRIPTION / Transcriptional regulator
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
FCD / GntR, C-terminal / FCD domain / Transcription regulator FadR/GntR, C-terminal / Transcription regulator HTH, GntR / Bacterial regulatory proteins, gntR family / GntR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix gluconate operon transcriptional repressor / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Pyruvate dehydrogenase complex repressor
類似検索 - 構成要素
生物種Achromobacter denitrificans NBRC 15125 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.72 Å
データ登録者Sun, P. / Wang, B.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of DhdR inducer binding domain
著者: Sun, P. / Wang, B.
履歴
登録2024年9月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: DNA (27-MER)
H: DNA (27-MER)
C: Pyruvate dehydrogenase complex repressor
D: Pyruvate dehydrogenase complex repressor
A: DNA (27-MER)
B: DNA (27-MER)
E: Pyruvate dehydrogenase complex repressor
F: Pyruvate dehydrogenase complex repressor
I: Pyruvate dehydrogenase complex repressor
J: Pyruvate dehydrogenase complex repressor
K: Pyruvate dehydrogenase complex repressor
L: Pyruvate dehydrogenase complex repressor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)238,40120
ポリマ－237,87812
非ポリマー5238
水00
1
G: DNA (27-MER)
H: DNA (27-MER)
I: Pyruvate dehydrogenase complex repressor
J: Pyruvate dehydrogenase complex repressor
K: Pyruvate dehydrogenase complex repressor
L: Pyruvate dehydrogenase complex repressor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,20110
ポリマ－118,9396
非ポリマー2624
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18540 Å2
ΔGint-227 kcal/mol
Surface area46010 Å2
手法PISA
2
C: Pyruvate dehydrogenase complex repressor
D: Pyruvate dehydrogenase complex repressor
A: DNA (27-MER)
B: DNA (27-MER)
E: Pyruvate dehydrogenase complex repressor
F: Pyruvate dehydrogenase complex repressor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,20110
ポリマ－118,9396
非ポリマー2624
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17570 Å2
ΔGint-222 kcal/mol
Surface area48590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.456, 87.044, 133.884
Angle α, β, γ (deg.)91.480, 102.480, 117.550
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

#1: DNA鎖 DNA (27-MER)


分子量: 8365.462 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Achromobacter denitrificans NBRC 15125 (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: DNA鎖 DNA (27-MER)


分子量: 8222.315 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Achromobacter denitrificans NBRC 15125 (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: タンパク質
Pyruvate dehydrogenase complex repressor / DhdR


分子量: 25587.777 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Achromobacter denitrificans NBRC 15125 (バクテリア)
遺伝子: FOC81_30220 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6N0JVZ6
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.56 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 2.0 M Ammonium sulfate, 0.1 M Tris hydrochloride pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 177 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.979145 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年9月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979145 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.72→50 Å / Num. obs: 30547 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 4.5 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 12.31
反射 シェル解像度: 3.72→50 Å / Num. unique obs: 30388 / CC1/2: 0.885

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14-3260精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: AlphaFold

解像度: 3.72→39.26 Å / SU ML: 0.5917 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 37.0682 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2986 1471 4.84 %
Rwork0.2501 28917 -
obs0.2526 30388 93.03 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 159.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.72→39.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12121 2210 8 0 14339

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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