PDB-9jpg: crRNA-guided surveillance (Csy) complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9jpg

タイトル

crRNA-guided surveillance (Csy) complex

要素

RNA (54-MER)
Type I-F CRISPR-associated protein Csy1
Type I-F CRISPR-associated protein Csy2
Type I-F CRISPR-associated protein Csy3

キーワード

RNA BINDING PROTEIN/RNA / complex / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

CRISPR-associated protein Csy1 / CRISPR-associated protein (Cas_Csy1) / CRISPR-associated protein Csy2 / CRISPR-associated protein (Cas_Csy2) / CRISPR-associated protein Csy3 / CRISPR-associated protein (Cas_Csy3)
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14 (緑膿菌)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.32 Å

データ登録者

Wang, W.H. / Guan, L.L. / Du, X.Y. / Feng, Y.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: crRNA-guided surveillance (Csy) complex
著者: Wang, W.H. / Guan, L.L. / Du, X.Y. / Feng, Y.

履歴

登録	2024年9月26日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2026年4月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年4月1日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年4月1日	Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年4月1日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年4月1日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年4月1日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年4月1日	Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年4月1日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9jpg.cif.gz	445.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9jpg.ent.gz	364.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9jpg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jp/9jpg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jp/9jpg	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	61699MC 61698C 61700C 9jpfC 9jphC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
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リンク

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「今月の分子」の関連する項目

#121 - 2010年1月
70Sリボソーム (70S Ribosomes)
類似性 (1)
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リボスイッチ (Riboswitches)
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転移伝令RNA (Transfer-Messenger RNA)
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カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR)
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自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA)
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#104 - 2008年8月
セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase)
類似性 (1)
#106 - 2008年10月
ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase)
類似性 (1)
#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (1)
#161 - 2013年5月
リシン (Ricin)
類似性 (1)
#227 - 2018年11月
テロメラーゼ (Telomerase)
類似性 (1)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
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#266 - 2022年2月
オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase)
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#81 - 2006年9月
伸長因子 (Elongation Factors)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Type I-F CRISPR-associated protein Csy1

B: Type I-F CRISPR-associated protein Csy2

C: Type I-F CRISPR-associated protein Csy3

D: Type I-F CRISPR-associated protein Csy3

E: Type I-F CRISPR-associated protein Csy3

F: Type I-F CRISPR-associated protein Csy3

G: Type I-F CRISPR-associated protein Csy3

I: RNA (54-MER)

295 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	Type I-F CRISPR-associated protein Csy1 分子量: 53641.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14 (緑膿菌) 遺伝子: csy1, F7O97_17165 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A0A643IV20
#2: タンパク質	Type I-F CRISPR-associated protein Csy2 分子量: 36093.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14 (緑膿菌) 遺伝子: csy2, F7O97_17160 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A0A643IWA1
#3: タンパク質	Type I-F CRISPR-associated protein Csy3 分子量: 37534.148 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14 (緑膿菌) 遺伝子: csy3, F7O97_17155 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A0A643IYA9
#4: RNA鎖	RNA (54-MER) 分子量: 17383.408 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14 (緑膿菌) 参照: GenBank: 2024661855
Has protein modification	N

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実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: Cys Complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES
由来(天然)	生物種: Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14 (緑膿菌)
由来(組換発現)	生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
緩衝液	pH: 7.8
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

顕微鏡	モデル: FEI TITAN
電子銃	電子線源: OTHER / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズ	モード: OTHER / 最大デフォーカス（公称値）: 5000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影	電子線照射量: 50 e/Å² / フィルム・検出器のモデル: OTHER

-
解析

EMソフトウェア

名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

3次元再構成

解像度: 3.32 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 122663 / 対称性のタイプ: POINT

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.003	19518
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.657	26663
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	10.86	3078
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.041	2978
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.005	3391

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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