[日本語] English
万見
- PDB-9jpe: the DISMED2 domain of RetS -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9jpe
タイトルthe DISMED2 domain of RetS
要素histidine kinase
キーワードMEMBRANE PROTEIN / DISMED2 / MP / Sensor Domain
機能・相同性
機能・相同性情報


histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / membrane
類似検索 - 分子機能
7TM-DISM receptor, extracellular domain, type 2 / 7TM-DISM receptor, extracellular domain, type 1 / 7TM diverse intracellular signalling / 7TMR-DISM extracellular 2 / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain ...7TM-DISM receptor, extracellular domain, type 2 / 7TM-DISM receptor, extracellular domain, type 1 / 7TM diverse intracellular signalling / 7TMR-DISM extracellular 2 / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Noradrenaline / histidine kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Wang, C.C.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: crystal structure of the DISMED2 domain of RetS at 3.5 Angstrom resolution
著者: Wang, C.C.
履歴
登録2024年9月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年8月20日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: histidine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,0742
ポリマ－17,9031
非ポリマー1701
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)80.582, 80.582, 51.349
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

-
要素

#1: タンパク質 histidine kinase / the DISMED2 domain of RetS


分子量: 17903.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
遺伝子: retS, PA4856 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HUV7, histidine kinase
#2: 化合物 ChemComp-E5E / Noradrenaline / (R)-2-(3,4-ジヒドロキシフェニル)-2-ヒドロキシエタンアミニウム


分子量: 170.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H12NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.16 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1M BIs-Tris Propane pH 8.5, 0.2 M NaI, 20% peg3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年3月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→50 Å / Num. obs: 39591 / % possible obs: 97.12 % / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 82.73 Å2 / CC1/2: 0.917 / Net I/σ(I): 2.68
反射 シェル解像度: 3.5→4.4 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.11 / Num. unique obs: 19940 / CC1/2: 0.64 / % possible all: 97.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_5246精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3JYB

3jyb


解像度: 3.5→43.3 Å / SU ML: 0.5261 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.3332
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3258 230 10.04 %
Rwork0.2714 2060 -
obs0.2762 2290 97.12 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 91.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→43.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1149 0 12 0 1161
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00571196
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.94831628
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0538169
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0109211
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7447453
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.5-4.40.36841120.3163999X-RAY DIFFRACTION97.71
4.41-43.30.30271180.24581061X-RAY DIFFRACTION96.56
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.56845522794-2.92365943787-0.1111712604247.676938008522.139819076694.22260797951-1.45303650509-0.3627912288780.09873068678111.60170924491.22889050031.0088307435-0.5869005480780.1193049637470.245422584721.38264519593-0.1007735594640.1111647875660.795836572537-0.03807509959070.761944369217-0.602469300381-12.985942285814.0775542163
24.320416407493.681427968041.150792023245.296256450431.986707880622.677550914350.388081582952.855834037931.08443725858-1.86895405099-0.04098367960070.3579604216561.49355075273-0.407927686025-0.1353421920921.044532809240.03119337242810.05377155545170.7458678283490.2813973349940.823272626003-2.4926647182-7.669883451877.15599303801
32.62286796414-1.54802464095-0.847911824941.955967510030.4314935343121.087075075590.4037986131320.5944678808650.343794295567-0.483959995184-0.148840213533-0.4563206816970.364236359842-0.719603158851-0.3230650995880.977859810902-0.0337716167306-0.03133984155830.896450953855-0.2442220795650.7193150490351.89542397307-17.730004283615.9840475316
41.489624492381.55585267332-0.5788719650053.424838281541.48510874918.710549140540.5818657605110.2193246369370.5207338227420.4038136746620.580796501355-0.4357221226581.35783181189-1.16937590634-0.6437866778790.5753667284740.02035115814950.09695018142630.412794467172-0.01007318349830.606664705006-4.0653308904-29.032088143210.9640527652
50.893827487731-0.3163260029381.51990854783.51755952957-0.2812597173422.418591354480.2449664089140.2850456873180.862766964571-0.7379120130470.3379504411741.116914756040.807479452593-0.970704395479-0.308493381390.648217893749-0.03548042422230.08196167557020.8101650431340.01713885425470.80678547084-10.838267773-19.16481127966.13909994453
61.75895803839-1.807070749360.1642414728792.10195914091-0.04084491673010.0493275051808-0.346144133642-0.292156177496-0.3156569272182.222412942140.001386754675380.890266081370.0187021285511-0.480175209210.2849095021270.976050251779-0.1943432038720.01502492441560.8956915353040.07494550627170.820037080508-15.2537278885-29.76098444518.7285684872
71.238003410420.04622814333390.4517423223230.0732448536430.6096879042961.974839733040.1105490913550.322175046521-0.146599270419-0.361186338096-0.185714793545-0.299661828944-0.666735653939-1.29980172105-0.1323385068150.759117537688-0.008111557372060.1249664519710.6491788369320.035565865890.468264520436-4.20367352365-27.099624185911.3720109138
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 48 through 61 )48 - 611 - 14
22chain 'A' and (resid 62 through 71 )62 - 7115 - 24
33chain 'A' and (resid 72 through 95 )72 - 9525 - 48
44chain 'A' and (resid 96 through 112 )96 - 11249 - 65
55chain 'A' and (resid 113 through 130 )113 - 13066 - 83
66chain 'A' and (resid 131 through 145 )131 - 14584 - 98
77chain 'A' and (resid 146 through 185 )146 - 18599 - 138

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る