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- PDB-9jp5: Phthalate 3,4-dioxygenase from Rhodococcus jostii RHA1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9jp5
タイトルPhthalate 3,4-dioxygenase from Rhodococcus jostii RHA1
要素
  • Phthalate 3,4-dioxygenase alpha subunit
  • Phthalate 3,4-dioxygenase beta subunit
キーワードOXIDOREDUCTASE / 2Fe-2S binding / iron binding / Dioxygenase activity / Aromatic hydrocarbons catabolism
機能・相同性
機能・相同性情報


Oxidoreductases; Acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen; With NADH or NADPH as one donor, and incorporation of two atoms of oxygen into the other donor / dioxygenase activity / catabolic process / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
Ring-hydroxylating dioxygenase, alpha subunit NdoB-like, C-terminal / Ring hydroxylating beta subunit / Ring-hydroxylating dioxygenase beta subunit / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, alpha subunit / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, alpha subunit, C-terminal domain / Ring hydroxylating alpha subunit (catalytic domain) / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, 2Fe-2S-binding site / Bacterial ring hydroxylating dioxygenases alpha-subunit signature. / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain ...Ring-hydroxylating dioxygenase, alpha subunit NdoB-like, C-terminal / Ring hydroxylating beta subunit / Ring-hydroxylating dioxygenase beta subunit / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, alpha subunit / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, alpha subunit, C-terminal domain / Ring hydroxylating alpha subunit (catalytic domain) / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, 2Fe-2S-binding site / Bacterial ring hydroxylating dioxygenases alpha-subunit signature. / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / NTF2-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / Phthalate 3,4-dioxygenase alpha subunit / Phthalate 3,4-dioxygenase beta subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodococcus jostii RHA1 (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.88 Å
データ登録者Kumar, K.A. / Kumar, P.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Department of Biotechnology (DBT, India)DBT-2771-BIO-CNA インド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: phthalate 3,4-dioxygenase from Rhodococcus jostii RHA1
著者: Kumar, K.A.
履歴
登録2024年9月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phthalate 3,4-dioxygenase alpha subunit
B: Phthalate 3,4-dioxygenase beta subunit
C: Phthalate 3,4-dioxygenase alpha subunit
D: Phthalate 3,4-dioxygenase beta subunit
E: Phthalate 3,4-dioxygenase alpha subunit
F: Phthalate 3,4-dioxygenase beta subunit
G: Phthalate 3,4-dioxygenase alpha subunit
H: Phthalate 3,4-dioxygenase beta subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)325,26016
ポリマ－324,3338
非ポリマー9278
水9,458525
1
A: Phthalate 3,4-dioxygenase alpha subunit
B: Phthalate 3,4-dioxygenase beta subunit
C: Phthalate 3,4-dioxygenase alpha subunit
D: Phthalate 3,4-dioxygenase beta subunit
E: Phthalate 3,4-dioxygenase alpha subunit
F: Phthalate 3,4-dioxygenase beta subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)243,94512
ポリマ－243,2506
非ポリマー6956
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area32070 Å2
ΔGint-206 kcal/mol
Surface area59710 Å2
手法PISA
2
G: Phthalate 3,4-dioxygenase alpha subunit
H: Phthalate 3,4-dioxygenase beta subunit
ヘテロ分子

G: Phthalate 3,4-dioxygenase alpha subunit
H: Phthalate 3,4-dioxygenase beta subunit
ヘテロ分子

G: Phthalate 3,4-dioxygenase alpha subunit
H: Phthalate 3,4-dioxygenase beta subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)243,94512
ポリマ－243,2506
非ポリマー6956
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area32010 Å2
ΔGint-211 kcal/mol
Surface area59860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)194.599, 194.599, 157.287
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63

-
要素

#1: タンパク質
Phthalate 3,4-dioxygenase alpha subunit


分子量: 57149.684 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodococcus jostii RHA1 (バクテリア)
遺伝子: padAa, RHA1_ro08167, RHA1_ro10208 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q0RWD5, Oxidoreductases; Acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen; With NADH or NADPH as one donor, and incorporation of two atoms of oxygen into the other donor
#2: タンパク質
Phthalate 3,4-dioxygenase beta subunit / Terminal oxygenase small subunit of phthalate dioxygenase


分子量: 23933.660 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodococcus jostii RHA1 (バクテリア)
遺伝子: padAb1, padAb, padAb2, RHA1_ro08166, RHA1_ro10209
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q68YB5, Oxidoreductases; Acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen; With NADH or NADPH as one donor, and incorporation of two atoms of oxygen into the other donor
#3: 化合物
ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 525 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.71 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.2 M Magnesium acetate tetrahydrate, 0.1 M Sodium cacodylate trihydrate pH 6.5, 30% v/v (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol.
PH範囲: 7.5-8.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年6月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.88→27.95 Å / Num. obs: 76319 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.9 % / CC1/2: 0.979 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 2.88→2.94 Å / Num. unique obs: 4521 / CC1/2: 0.897

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0415精密化
CrysalisProデータ削減
CrysalisProデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.88→27.462 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.875 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8 / WRfactor Rfree: 0.28 / WRfactor Rwork: 0.225 / SU B: 0.001 / SU ML: 0 / Average fsc free: 0.945 / Average fsc work: 0.9666 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.39 / ESU R Free: 0.484 / 詳細: Hydrogens have not been used
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3061 3800 5.008 %RANDOM
Rwork0.2466 72074 --
all0.25 ---
obs-75874 99.212 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 20.725 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.822 Å2-0.411 Å2-0 Å2
2---0.822 Å2-0 Å2
3---2.666 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.88→27.462 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20336 0 20 525 20881
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2.88-2.9540.4132440.35253330.35555920.910.94299.73180.345
2.954-3.0340.3832560.2951760.29554430.9190.95399.79790.279
3.034-3.1210.4232890.31849610.32452730.9140.95399.56380.303
3.121-3.2150.4032330.36448750.36651330.9240.94799.5130.344
3.215-3.3190.4242500.31846920.32349770.9170.9599.29680.295
3.319-3.4340.3382250.28645690.28848360.9360.95999.13150.268
3.434-3.5610.3282930.27743360.2846370.9420.9799.82750.269
3.561-3.7040.3792190.33542640.33844870.9520.96999.91090.328
3.704-3.8660.3012040.25640850.25843240.9510.97299.19060.243
3.866-4.0510.3012110.22738630.23141360.9550.97298.5010.205
4.051-4.2640.2462130.20636100.20839060.9660.97697.87510.188
4.264-4.5160.2531960.20735220.2137460.9620.97799.25250.195
4.516-4.8190.2161670.15832850.16135020.9720.98598.57220.147
4.819-5.1920.2211560.14830950.15132730.9730.98799.32780.14
5.192-5.6670.2251540.16528640.16830290.9690.98599.63680.159
5.667-6.3020.2411440.17226070.17627520.9720.98599.96370.167
6.302-7.2140.2381150.18923280.19224430.9720.9831000.183
7.214-8.6870.1991060.15619890.15820970.9770.98799.90460.152
8.687-11.7130.214830.13815970.14216800.970.9881000.134
11.713-27.4620.266420.23610230.23710920.9660.97197.52750.227

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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