PDB-9joc: CRYSTAL STRUCTURE OF ENDO-1,3-FUCANASE (FUN168D) FROM GH168 FAMILY

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9joc

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF ENDO-1,3-FUCANASE (FUN168D) FROM GH168 FAMILY

要素

endo-1.3-fucanase

キーワード

HYDROLASE / Endo-1.3-fucanase / GH168

機能・相同性

Hypothetical glycosyl hydrolase family 15 / Hypothetical glycosyl hydrolase family 15 / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Wenyingzhuangia fucanilytica (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.29 Å

データ登録者

Chen, G.N. / Chang, Y.G.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of endo-1.3-fucanase (Fun168D) from GH168 family at 1.29 Angstroms resulution.
著者: Chen, G.N. / Chang, Y.G.

履歴

登録	2024年9月24日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2024年11月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9joc.cif.gz	229.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9joc.ent.gz	186 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9joc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jo/9joc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jo/9joc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: endo-1.3-fucanase

44.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.449, 84.449, 93.114
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-917- HOH

#1: タンパク質	endo-1.3-fucanase 分子量: 44452.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Wenyingzhuangia fucanilytica (バクテリア) 遺伝子: AXE80_08865 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1B1Y6G8
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 517 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.96 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2M Ammonium chloride, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350, pH 6.3

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.29→73.13 Å / Num. obs: 93037 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 8.7 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.042 / R_pim(I) all: 0.014 / R_rim(I) all: 0.044 / Χ²: 0.79 / Net I/σ(I): 25.1
反射シェル	解像度: 1.29→1.36 Å / % possible obs: 92 % / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.374 / Num. measured all: 46926 / Num. unique obs: 12605 / CC_1/2: 0.886 / R_pim(I) all: 0.218 / R_rim(I) all: 0.435 / Χ²: 0.43 / Net I/σ(I) obs: 2.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless		データスケーリング
PHENIX	1.20.1-4487-000	精密化
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.29→31.28 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 16.95 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1565	3901	2.15 %
R_work	0.1369	-	-
obs	0.1373	93037	97.46 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.29→31.28 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2945	0	0	517	3462

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	3028
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.098	4110
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.911	402
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.088	448
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	531

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.29-1.31	0.2597	119	0.2451	5164	X-RAY DIFFRACTION	80
1.31-1.32	0.2462	107	0.2338	5573	X-RAY DIFFRACTION	85
1.32-1.34	0.2306	112	0.218	5723	X-RAY DIFFRACTION	88
1.34-1.36	0.2171	130	0.2009	5972	X-RAY DIFFRACTION	91
1.36-1.38	0.2212	137	0.1935	6127	X-RAY DIFFRACTION	94
1.38-1.4	0.1956	143	0.1896	6298	X-RAY DIFFRACTION	97
1.4-1.42	0.1775	140	0.1681	6396	X-RAY DIFFRACTION	98
1.42-1.44	0.1631	136	0.1615	6474	X-RAY DIFFRACTION	99
1.44-1.47	0.1581	148	0.154	6445	X-RAY DIFFRACTION	99
1.47-1.5	0.198	148	0.1455	6562	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5-1.53	0.153	146	0.1395	6459	X-RAY DIFFRACTION	100
1.53-1.56	0.1803	142	0.1375	6520	X-RAY DIFFRACTION	100
1.56-1.59	0.1799	148	0.1366	6532	X-RAY DIFFRACTION	100
1.59-1.63	0.1449	142	0.1316	6489	X-RAY DIFFRACTION	100
1.63-1.67	0.1529	141	0.1401	6502	X-RAY DIFFRACTION	100
1.67-1.71	0.1776	144	0.138	6457	X-RAY DIFFRACTION	100
1.71-1.76	0.1408	143	0.1344	6565	X-RAY DIFFRACTION	100
1.76-1.82	0.131	144	0.131	6487	X-RAY DIFFRACTION	100
1.82-1.89	0.1751	143	0.1378	6499	X-RAY DIFFRACTION	100
1.89-1.96	0.145	150	0.1307	6502	X-RAY DIFFRACTION	100
1.96-2.05	0.1548	142	0.1217	6515	X-RAY DIFFRACTION	100
2.05-2.16	0.1237	134	0.1237	6533	X-RAY DIFFRACTION	100
2.16-2.29	0.1484	142	0.126	6500	X-RAY DIFFRACTION	100
2.29-2.47	0.1468	138	0.1282	6547	X-RAY DIFFRACTION	100
2.47-2.72	0.1739	150	0.1323	6514	X-RAY DIFFRACTION	100
2.72-3.11	0.1659	142	0.1366	6494	X-RAY DIFFRACTION	100
3.11-3.92	0.1385	146	0.1236	6490	X-RAY DIFFRACTION	100
3.92-10	0.1496	144	0.1369	6504	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.402	-0.8372	-0.5686	1.4871	0.8609	1.779	0.0769	0.2025	0.0181	-0.1303	-0.1007	0.0289	-0.1651	-0.1273	0.025	0.1238	0.0245	-0.0234	0.144	-0.0017	0.1118	23.4244	2.64	-10.2898
2	1.5004	-0.5849	-0.1864	0.8124	0.1394	0.8793	-0.0111	0.0573	-0.0478	-0.0277	-0.0113	-0.0001	-0.0036	-0.0295	0.0091	0.1026	-0.0049	0.0017	0.0891	0.0015	0.0971	42.605	-5.5673	-10.0712
3	2.5289	-1.4527	0.4478	2.1561	-0.6969	1.9191	0.0056	0.0943	0.2352	0.0191	-0.0202	-0.1707	-0.1313	0.1468	0.0062	0.1319	-0.0084	-0.0044	0.1276	-0.0074	0.1548	50.6429	2.7619	-5.552
4	0.7474	0.2201	-0.5659	1.0149	-0.5934	2.034	0.0017	-0.0786	0.0307	0.0132	-0.0126	-0.1025	0.0009	0.1421	0.0082	0.1315	0.0166	-0.0092	0.1298	-0.0213	0.1409	38.6275	3.7533	5.2968
5	1.0613	-0.0549	-0.1636	0.8443	-0.0867	1.792	0.0263	-0.0651	-0.0524	0.0734	-0.032	-0.0503	0.0498	0.1124	0.012	0.1223	0.0164	-0.007	0.1255	-0.0129	0.1293	31.8596	2.3164	10.8598
6	1.8447	0.1782	-0.1688	1.9238	0.5684	1.5291	-0.0239	-0.0199	-0.1857	0.0724	-0.0548	0.2056	0.1585	-0.1286	0.0753	0.1199	-0.0055	-0.0046	0.122	-0.0049	0.1274	20.2529	-3.2723	10.3666
7	0.7562	-0.2161	-0.0456	1.7313	0.8583	1.1545	0.0209	0.0427	0.0046	-0.0082	-0.1217	0.2022	-0.0399	-0.1965	0.0999	0.1246	0.0214	-0.0141	0.1377	-0.0142	0.12	18.9409	4.346	2.9214
8	1.8499	-0.0009	0.9821	1.8094	-0.7574	3.0712	-0.0104	-0.0673	0.0484	0.0665	0.0364	0.1663	-0.153	-0.21	-0.0145	0.1077	0.0161	0.0085	0.115	-0.0254	0.116	19.8459	9.2033	18.884

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 23 through 90 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 91 through 188 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 189 through 209 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 210 through 253 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 254 through 290 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 291 through 319 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 320 through 358 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 359 through 388 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)