PDB-9jnr: McyI-MCLR co-crystal

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9jnr

タイトル

McyI-MCLR co-crystal

要素

McyI

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / McyI_MCLR

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / amino acid biosynthetic process / NAD binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Microcystis aeruginosa PCC 7806 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.44 Å

データ登録者

Wang, Q. / Xue, C.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: McyI: A Moonlighting Protein Central to Microcystin-LR Biosynthesis and the Fine-Tuned Self-Detoxification Mechanism
著者: Xue, C. / Wang, Q.

履歴

登録	2024年9月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年10月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9jnr.cif.gz	271 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9jnr.ent.gz	219 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9jnr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9jnr_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9jnr_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	9jnr_validation.xml.gz	33.4 KB	表示
CIF形式データ	9jnr_validation.cif.gz	44 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jn/9jnr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jn/9jnr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9jnqC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: McyI

B: McyI

ヘテロ分子

73.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: McyI

ヘテロ分子

A: McyI

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
73.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.122, 101.576, 131.201
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	McyI 分子量: 36154.711 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Microcystis aeruginosa PCC 7806 (バクテリア) 遺伝子: mcyI, IPF_368 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9RNB7
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION 分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 282 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.96 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.05M Tris pH 8.5, 0.1M Li sulfate, 18% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.987 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年6月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.44→35.05 Å / Num. obs: 39076 / % possible obs: 93.7 % / 冗長度: 11.5 % / CC_1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 9.6
反射シェル	解像度: 2.57→2.71 Å / Num. unique obs: 1948 / CC_1/2: 0.844

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		データ削減
PHENIX		位相決定
PDB_EXTRACT		データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.44→35.05 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.5 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2261	1342	5.06 %
R_work	0.185	-	-
obs	0.1871	26507	99.36 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.44→35.05 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5141	0	5	282	5428

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.755
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.932	1933
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	850
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	904

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.44-2.53	0.2953	147	0.2323	2434	X-RAY DIFFRACTION	99
2.53-2.63	0.2497	132	0.2346	2455	X-RAY DIFFRACTION	99
2.63-2.75	0.2972	143	0.2431	2480	X-RAY DIFFRACTION	99
2.75-2.89	0.2804	117	0.2274	2496	X-RAY DIFFRACTION	100
2.89-3.07	0.2862	150	0.2273	2477	X-RAY DIFFRACTION	99
3.07-3.31	0.2685	131	0.2223	2484	X-RAY DIFFRACTION	100
3.31-3.64	0.2382	132	0.1883	2521	X-RAY DIFFRACTION	99
3.64-4.17	0.1993	148	0.1636	2512	X-RAY DIFFRACTION	100
4.17-5.25	0.1773	121	0.1361	2599	X-RAY DIFFRACTION	100
5.25-35.05	0.1546	121	0.1525	2707	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2347	-0.5335	0.3108	3.7204	0.7267	1.3052	0.0199	0.3578	0.3452	-0.8258	-0.1964	0.3532	-0.5515	-0.1884	0.1534	0.5781	0.0209	-0.0818	0.367	0.0555	0.337	-9.2289	19.8743	14.3236
2	1.1254	0.3543	0.8426	1.6098	1.0238	1.7712	-0.0084	0.104	0.1297	-0.1488	0.1049	-0.2521	-0.1509	0.2465	-0.1103	0.2253	-0.0659	0.0603	0.2655	-0.0295	0.2585	12.9367	-2.7941	19.1377
3	4.8793	1.8804	-1.3039	2.2969	-2.9435	7.1003	-0.2325	0.6614	0.2113	-0.5046	-0.0143	-0.3377	0.0805	0.3769	0.1995	0.4818	-0.127	0.0435	0.3207	0.0086	0.2374	5.9613	1.087	5.8159
4	2.1674	1.6953	0.3175	5.5474	1.676	2.5895	-0.0499	-0.1851	0.3368	0.2977	-0.3	0.7382	-0.515	-0.1779	0.3513	0.4255	0.0895	-0.027	0.2759	-0.0013	0.3399	-12.1942	24.6816	25.786
5	3.1939	-0.2168	-0.4724	3.4011	-0.4054	3.7766	-0.0506	-0.5492	-0.3657	0.5545	-0.0139	0.4028	0.3223	-0.1779	0.0426	0.3514	-0.0525	0.0692	0.2771	0.0435	0.2926	-12.9445	6.1217	50.2378
6	0.6373	0.4949	0.2459	4.0305	1.1572	1.4343	-0.0385	-0.0719	0.0465	0.0506	0.0292	-0.0826	-0.1545	-0.0536	-0	0.1946	0.0354	0.0075	0.2564	0.0301	0.216	-0.6857	36.0751	52.0142
7	2.1052	0.5441	0.2894	5.505	1.512	2.7845	-0.1538	0.2214	0.1112	-0.2631	0.1384	0.166	-0.0632	0.2289	-0.0019	0.2155	0.0031	0.0181	0.2265	0.0276	0.1622	8.1286	33.3722	37.6459
8	2.0918	0.8839	0.4048	2.6438	0.7863	2.3322	0.0815	-0.1378	-0.1243	0.2913	-0.0503	-0.2205	0.2436	0.2142	-0.0185	0.199	0.0623	-0.0125	0.2186	0.0211	0.1687	13.5145	26.2964	49.2556
9	3.684	-2.4942	1.4115	4.9416	-2.5118	5.9816	0.0076	-0.3655	0.0098	0.3286	0.0337	-0.2922	-0.0228	0.2185	-0.0787	0.2637	0.0091	0.0484	0.2513	-0.0133	0.1591	1.1975	26.4735	58.6667
10	1.0756	-1.7609	-0.1526	2.9766	0.0405	0.4402	0.0747	-0.0156	-0.1802	-0.1539	-0.1405	0.4142	0.0593	-0.0991	0.0873	0.2136	-0.0322	0.0023	0.2867	-0.001	0.3502	-16.3172	13.7934	39.548
11	5.3736	-6.1428	1.8417	7.6232	-1.6484	6.6593	0.2409	0.1769	-0.3801	-0.1652	-0.0636	0.2923	0.2164	0.0209	-0.1812	0.2783	-0.0376	0.0412	0.2228	-0.0252	0.1809	-8.8782	-0.4894	35.1892

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 15 through 127 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 128 through 271 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 272 through 301 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 302 through 343 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 14 through 100 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 101 through 147 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 148 through 197 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 198 through 271 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 272 through 301 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 302 through 321 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 322 through 342 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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