PDB-9jnq: dehydrogenase McyI

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9jnq

タイトル

dehydrogenase McyI

要素

McyI

キーワード

TOXIN / complex / NDA-Mdh

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / amino acid biosynthetic process / NAD binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Microcystis aeruginosa PCC 7806 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Xue, C. / Wang, Q.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: McyI: A Moonlighting Protein Central to Microcystin-LR Biosynthesis and the Fine-Tuned Self-Detoxification Mechanism
著者: Xue, C. / Wang, Q.

履歴

登録	2024年9月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年10月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9jnq.cif.gz	158.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9jnq.ent.gz	122.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9jnq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9jnq_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9jnq_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	9jnq_validation.xml.gz	39.8 KB	表示
CIF形式データ	9jnq_validation.cif.gz	56.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jn/9jnq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jn/9jnq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9jnrC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: McyI

B: McyI

ヘテロ分子

73.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

2

B: McyI

ヘテロ分子

A: McyI

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
73.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.110, 100.983, 131.135
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	McyI 分子量: 36141.773 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Microcystis aeruginosa PCC 7806 (バクテリア) 遺伝子: mcyI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: J9WTS5
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION 分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 704 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.51 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.05M Tris pH 8.5, 0.1M Li sulfate, 18% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.987 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→13 Å / Num. obs: 91561 / % possible obs: 99.69 % / 冗長度: 13 % / CC_1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 9.2
反射シェル	解像度: 1.6→1.66 Å / Num. unique obs: 8533 / CC_1/2: 0.85

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX	1.20.1	精密化
PDB_EXTRACT		データ抽出
HKL-3000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.6→12.96 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.49 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2339	4534	4.95 %
R_work	0.1987	-	-
obs	0.2005	91561	99.69 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→12.96 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5055	0	93	704	5852

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.957
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.445	1918
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	852
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	899

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.62	0.2796	123	0.2527	2823	X-RAY DIFFRACTION	97
1.62-1.64	0.287	149	0.2566	2857	X-RAY DIFFRACTION	99
1.64-1.66	0.2755	141	0.2401	2853	X-RAY DIFFRACTION	99
1.66-1.68	0.2694	156	0.2402	2866	X-RAY DIFFRACTION	100
1.68-1.7	0.27	146	0.2346	2883	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7-1.72	0.2583	142	0.2277	2876	X-RAY DIFFRACTION	100
1.72-1.75	0.253	145	0.2202	2896	X-RAY DIFFRACTION	100
1.75-1.77	0.2558	139	0.2118	2859	X-RAY DIFFRACTION	100
1.77-1.8	0.2193	161	0.2106	2870	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8-1.83	0.2335	140	0.2109	2865	X-RAY DIFFRACTION	100
1.83-1.86	0.2572	153	0.2127	2948	X-RAY DIFFRACTION	100
1.86-1.9	0.2239	130	0.2222	2852	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9-1.93	0.2525	143	0.2408	2909	X-RAY DIFFRACTION	100
1.93-1.97	0.2632	145	0.2187	2858	X-RAY DIFFRACTION	100
1.97-2.01	0.2635	157	0.2128	2910	X-RAY DIFFRACTION	100
2.01-2.06	0.2512	172	0.2155	2848	X-RAY DIFFRACTION	100
2.06-2.11	0.2591	145	0.213	2890	X-RAY DIFFRACTION	100
2.11-2.17	0.211	117	0.1877	2955	X-RAY DIFFRACTION	100
2.17-2.23	0.2383	164	0.1985	2859	X-RAY DIFFRACTION	100
2.23-2.3	0.2556	176	0.2126	2849	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3-2.39	0.2251	163	0.198	2909	X-RAY DIFFRACTION	100
2.39-2.48	0.2448	157	0.2036	2923	X-RAY DIFFRACTION	100
2.48-2.59	0.2231	159	0.2053	2898	X-RAY DIFFRACTION	100
2.59-2.73	0.2402	161	0.2093	2913	X-RAY DIFFRACTION	100
2.73-2.9	0.2403	142	0.211	2955	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9-3.12	0.2725	167	0.2059	2902	X-RAY DIFFRACTION	100
3.12-3.43	0.219	171	0.1955	2940	X-RAY DIFFRACTION	100
3.43-3.91	0.2047	165	0.1685	2963	X-RAY DIFFRACTION	100
3.91-4.88	0.2064	155	0.1538	3005	X-RAY DIFFRACTION	100
4.88-10	0.2	150	0.1741	3093	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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