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- PDB-9jnl: Human MEX3B CBM 26-50aa peptide bound to human CNOT9 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9jnl
タイトルHuman MEX3B CBM 26-50aa peptide bound to human CNOT9
要素
  • CCR4-NOT transcription complex subunit 9
  • RNA-binding protein MEX3B
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / CCR4-Not complex / mRNA degradation
機能・相同性
機能・相同性情報


CCR4-NOT core complex / CCR4-NOT complex / nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / sex differentiation / negative regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / Deadenylation of mRNA / M-decay: degradation of maternal mRNAs by maternally stored factors / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / TP53 regulates transcription of additional cell cycle genes whose exact role in the p53 pathway remain uncertain / epidermal growth factor receptor binding ...CCR4-NOT core complex / CCR4-NOT complex / nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / sex differentiation / negative regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / Deadenylation of mRNA / M-decay: degradation of maternal mRNAs by maternally stored factors / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / TP53 regulates transcription of additional cell cycle genes whose exact role in the p53 pathway remain uncertain / epidermal growth factor receptor binding / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / P-body / kinase binding / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / cytokine-mediated signaling pathway / protein autophosphorylation / transcription coactivator activity / protein phosphorylation / negative regulation of translation / protein domain specific binding / calcium ion binding / protein homodimerization activity / protein-containing complex / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / : / : / CCR4-NOT transcription complex subunit 9 / Cell differentiation family, Rcd1-like / KH domain / K Homology domain, type 1 / Type-1 KH domain profile. / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / K Homology domain, type 1 superfamily ...: / : / : / CCR4-NOT transcription complex subunit 9 / Cell differentiation family, Rcd1-like / KH domain / K Homology domain, type 1 / Type-1 KH domain profile. / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / K Homology domain, type 1 superfamily / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / K Homology domain / K homology RNA-binding domain / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA-binding protein MEX3B / CCR4-NOT transcription complex subunit 9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Yang, K.L. / Zhang, L.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Human MEX3B CBM 26-50aa peptide bound to human CNOT9
著者: Yang, K.L. / Zhang, L.
履歴
登録2024年9月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年9月24日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CCR4-NOT transcription complex subunit 9
B: RNA-binding protein MEX3B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6212
ポリマ－33,6212
非ポリマー00
水2,216123
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2100 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area13840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.321, 66.321, 334.805
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-389-

HOH

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要素

#1: タンパク質 CCR4-NOT transcription complex subunit 9 / Cell differentiation protein RQCD1 homolog / Rcd-1


分子量: 30392.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CNOT9, RCD1, RQCD1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q92600
#2: タンパク質・ペプチド RNA-binding protein MEX3B / RING finger and KH domain-containing protein 3 / RING finger protein 195


分子量: 3228.544 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MEX3B, KIAA2009, RKHD3, RNF195 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6ZN04
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.23 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: sodium citrate tribasic dihydrate, PEG 500 MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97923 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年9月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97923 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→47.36 Å / Num. obs: 18200 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.7 % / CC1/2: 0.993 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / Num. unique obs: 1848 / CC1/2: 0.908

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.19_4092: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: AlphaFold

解像度: 2.4→47.36 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.98 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2334 1814 10 %
Rwork0.1963 --
obs0.2 18148 99.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→47.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2340 0 0 123 2463
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092383
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0563236
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.884890
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062390
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008405
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.470.25941370.20631227X-RAY DIFFRACTION100
2.47-2.540.26511340.19731209X-RAY DIFFRACTION100
2.54-2.620.27381360.1921227X-RAY DIFFRACTION100
2.62-2.710.21281330.19091202X-RAY DIFFRACTION100
2.71-2.820.23921370.2021229X-RAY DIFFRACTION100
2.82-2.950.2491370.18781242X-RAY DIFFRACTION100
2.95-3.110.24641370.20571233X-RAY DIFFRACTION100
3.11-3.30.26241400.20841258X-RAY DIFFRACTION100
3.3-3.550.21331370.20391229X-RAY DIFFRACTION100
3.56-3.910.21141410.18361271X-RAY DIFFRACTION99
3.91-4.480.23041400.17731268X-RAY DIFFRACTION99
4.48-5.640.22411460.20221310X-RAY DIFFRACTION100
5.64-47.360.21681590.20461429X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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