PDB-9jnf: Crystal Structure of SME-1 E166A mutant in complex with Ertapenem

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9jnf

タイトル

Crystal Structure of SME-1 E166A mutant in complex with Ertapenem

要素

beta-lactamase

キーワード

HYDROLASE / Acyl Enzyme Complex / Carbapenemase

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能

生物種

Serratia marcescens (霊菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.32 Å

データ登録者

Dhankhar, K. / Hazra, S.

資金援助

インド, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of SME-1 E166A mutant in complex with Ertapenem
著者: Dhankhar, K. / Hazra, S.

履歴

登録	2024年9月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年10月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9jnf.cif.gz	269.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9jnf.ent.gz	177.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9jnf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9jnf_validation.pdf.gz	2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9jnf_full_validation.pdf.gz	2 MB	表示
XML形式データ	9jnf_validation.xml.gz	27.8 KB	表示
CIF形式データ	9jnf_validation.cif.gz	36.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jn/9jnf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jn/9jnf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (3) #187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (2) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: beta-lactamase

B: beta-lactamase

ヘテロ分子

62 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
30.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	36.112, 50.672, 130.339
Angle α, β, γ (deg.)	90, 92.521, 90
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / End auth comp-ID: ASP / End label comp-ID: ASP / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 1 - 267 / Label seq-ID: 3 - 269

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	beta-lactamase / SME E166A 分子量: 30345.266 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Serratia marcescens (霊菌) / 遺伝子: sme-2, blaSME-1, blaSME-4, blaSME1, SME12620_22 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q54488, beta-lactamase

-
非ポリマー , 5種, 110分子

#2: 化合物	ChemComp-2RG / (2S,3R,4S)-4-({(3S,5S)-5-[(3-carboxyphenyl)carbamoyl]pyrrolidin-3-yl}sulfanyl)-2-[(1S,2R)-1-formyl-2-hydroxypropyl]-3-methyl-3,4-dihydro-2H-pyrrole-5-carboxylic acid / ERTAPENEM, bound form POST-ISOMERIZED 分子量: 477.531 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₂₇N₃O₇S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER 分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 104 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.34 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 4000, 0.2 M Lithium Chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年7月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.32→23.952 Å / Num. obs: 20650 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.6 % / CC_1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 11.8
反射シェル	解像度: 2.32→2.4 Å / Num. unique obs: 2045 / CC_1/2: 0.929

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
CrysalisPro		データ削減
CrysalisPro		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.32→23.952 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.933 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.848 / SU B: 21.557 / SU ML: 0.233 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.31

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2802	1043	5.055 %
R_work	0.1833	19591	-
all	0.188	-	-
obs	-	20634	99.807 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.207 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.797 Å²	-0 Å²	-1.313 Å²
2-	-	-0.51 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.417 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.32→23.952 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4108	0	85	104	4297

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.012	4273
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.579	1.821	5761
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8	5	534
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	13.054	5	40
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.932	10	740
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.155	10	185
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.172	0.2	635
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	3222
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.246	0.2	2099
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.317	0.2	2945
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.196	0.2	224
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.36	0.2	63
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.194	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.418	0.945	2142
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.896	1.692	2671
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.162	1.061	2131
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.924	1.918	3089
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.642	11.11	6705
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	4.193	3	4273
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.109	0.05	8735

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10857	0.05008
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10857	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.32-2.38	0.288	63	0.194	1444	0.199	1507	0.942	0.973	100	0.183
2.38-2.444	0.279	64	0.182	1396	0.187	1460	0.947	0.977	100	0.171
2.444-2.514	0.301	66	0.174	1353	0.18	1420	0.946	0.979	99.9296	0.162
2.514-2.591	0.348	65	0.187	1354	0.194	1419	0.922	0.977	100	0.179
2.591-2.675	0.267	80	0.188	1228	0.192	1308	0.948	0.977	100	0.179
2.675-2.767	0.335	69	0.193	1230	0.201	1299	0.935	0.976	100	0.189
2.767-2.87	0.331	69	0.189	1168	0.196	1239	0.921	0.976	99.8386	0.184
2.87-2.986	0.338	63	0.205	1192	0.211	1256	0.905	0.971	99.9204	0.199
2.986-3.116	0.31	53	0.191	1090	0.196	1143	0.936	0.974	100	0.186
3.116-3.266	0.293	52	0.194	1084	0.198	1136	0.945	0.975	100	0.192
3.266-3.439	0.284	63	0.179	971	0.185	1034	0.948	0.98	100	0.182
3.439-3.643	0.283	61	0.177	968	0.182	1030	0.951	0.982	99.9029	0.179
3.643-3.888	0.298	40	0.192	904	0.196	944	0.94	0.977	100	0.2
3.888-4.19	0.269	44	0.185	831	0.189	875	0.956	0.977	100	0.196
4.19-4.576	0.251	41	0.184	790	0.188	831	0.964	0.979	100	0.194
4.576-5.093	0.225	49	0.164	697	0.169	748	0.97	0.984	99.7326	0.171
5.093-5.837	0.223	44	0.179	612	0.182	658	0.969	0.982	99.696	0.182
5.837-7.045	0.232	29	0.179	554	0.182	583	0.97	0.981	100	0.179
7.045-9.558	0.186	11	0.144	446	0.145	458	0.989	0.988	99.7817	0.15
9.558-23.952	0.209	17	0.151	279	0.154	301	0.98	0.989	98.3389	0.16

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1798	0.5018	-0.5738	1.5129	-0.3756	1.8164	-0.0264	-0.0467	0.005	-0.1478	0.0285	-0.0201	0.0742	-0.0135	-0.0021	0.0476	0.0047	-0.0152	0.0209	0.0003	0.0133	13.5229	0.0783	49.8631
2	1.3568	-0.6056	-0.3022	1.8036	0.2091	1.4268	0.0154	0.0557	0.0352	-0.0133	-0.0221	0.025	0.0222	0.0346	0.0067	0.0285	-0.0267	-0.0072	0.0373	0.0087	0.0045	17.0418	23.4931	15.3251

精密化 TLSグループ

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