PDB-9jnd: Crystal Structure of SME-1 E166A mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9jnd

タイトル

Crystal Structure of SME-1 E166A mutant

要素

beta-lactamase

キーワード

HYDROLASE / Deacylation deficient mutant / Carbapenemase / AMR

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能

生物種

Serratia marcescens (霊菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Dhankhar, K. / Hazra, S.

資金援助

インド, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of SME-1 E166A mutant
著者: Dhankhar, K. / Hazra, S.

履歴

登録	2024年9月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年10月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9jnd.cif.gz	271.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9jnd.ent.gz	179.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9jnd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9jnd_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9jnd_full_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示
XML形式データ	9jnd_validation.xml.gz	26.2 KB	表示
CIF形式データ	9jnd_validation.cif.gz	34.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jn/9jnd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jn/9jnd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (3) #187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (2) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: beta-lactamase

B: beta-lactamase

ヘテロ分子

61.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
30.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.708, 51.828, 77.192
Angle α, β, γ (deg.)	90, 114.235, 90
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / End auth comp-ID: ASP / End label comp-ID: ASP / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 1 - 267 / Label seq-ID: 3 - 269

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	beta-lactamase / SME E166A 分子量: 30345.266 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Serratia marcescens (霊菌) / 遺伝子: sme-2, blaSME-1, blaSME-4, blaSME1, SME12620_22 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q54488, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL 分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER 分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.93 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 4000, 0.2M Lithium Chloride

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å

検出器

タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年7月15日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.54 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.3→25.884 Å / Num. obs: 23268 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.1 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.104 / R_pim(I) all: 0.058 / R_rim(I) all: 0.12 / Net I/σ(I): 15.4

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 6 %

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
8.61-25.87	0.035	459	0.999	0.02	0.04
2.3-2.39	0.382	2449	0.893	0.258	0.464

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
CrysalisPro		データ収集
CrysalisPro		データ削減
CrysalisPro		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.3→25.884 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.908 / SU B: 16.959 / SU ML: 0.178 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.246 / 詳細: Hydrogens have not been used

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2371	1113	4.786 %
R_work	0.174	22141	-
all	0.177	-	-
obs	-	23254	99.88 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.98 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.733 Å²	0 Å²	-0.745 Å²
2-	-	-0.986 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.701 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→25.884 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4112	0	24	180	4316

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	4234
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.827	1.818	5706
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.646	5	540
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	9.422	5	32
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.233	10	756
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.076	10	186
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.137	0.2	624
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	3190
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.215	0.2	1932
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.304	0.2	2897
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.139	0.2	242
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.318	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.122	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.677	1.126	2142
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.781	2.024	2676
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.168	1.197	2092
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.405	2.168	3026
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.717	12.106	6477
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	2.536	3	4234
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.062	0.05	8913

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06174	0.05009
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06174	0.05009

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.3-2.359	0.284	83	0.204	1628	0.207	1711	0.936	0.971	100	0.183
2.359-2.423	0.292	95	0.194	1534	0.201	1629	0.943	0.973	100	0.175
2.423-2.493	0.236	71	0.193	1549	0.195	1620	0.965	0.975	100	0.171
2.493-2.569	0.279	70	0.2	1478	0.203	1548	0.943	0.976	100	0.178
2.569-2.652	0.256	79	0.189	1437	0.192	1516	0.958	0.979	100	0.167
2.652-2.744	0.284	61	0.188	1441	0.192	1502	0.957	0.977	100	0.169
2.744-2.847	0.295	63	0.179	1329	0.184	1393	0.94	0.981	99.9282	0.157
2.847-2.962	0.267	62	0.204	1291	0.207	1353	0.954	0.973	100	0.183
2.962-3.091	0.251	67	0.193	1257	0.196	1325	0.958	0.976	99.9245	0.172
3.091-3.24	0.252	61	0.193	1195	0.197	1256	0.955	0.977	100	0.18
3.24-3.412	0.205	70	0.174	1120	0.175	1190	0.974	0.986	100	0.168
3.412-3.615	0.226	73	0.172	1056	0.175	1129	0.975	0.986	100	0.165
3.615-3.86	0.221	72	0.162	1015	0.165	1088	0.971	0.987	99.9081	0.156
3.86-4.161	0.205	23	0.153	965	0.154	989	0.978	0.987	99.8989	0.151
4.161-4.546	0.19	25	0.141	902	0.142	927	0.978	0.989	100	0.141
4.546-5.064	0.224	33	0.131	809	0.134	842	0.978	0.991	100	0.133
5.064-5.81	0.187	32	0.149	723	0.151	755	0.981	0.988	100	0.146
5.81-7.028	0.274	19	0.187	620	0.19	639	0.959	0.983	100	0.179
7.028-9.592	0.136	29	0.143	488	0.142	517	0.99	0.991	100	0.145
9.592-25.884	0.235	25	0.169	304	0.174	333	0.964	0.985	98.7988	0.173

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4577	-0.1222	0.2067	1.767	0.7879	1.6816	0.0932	0.0164	-0.0063	0.0772	-0.0992	-0.2672	0.0065	-0.0105	0.006	0.0256	-0.0316	-0.028	0.0569	0.0375	0.0608	13.3517	0.096	8.0268
2	2.1593	-0.1357	0.2915	1.772	0.6377	1.5523	-0.0252	-0.1032	-0.0534	0.1298	0.0929	-0.1559	0.0384	0.0401	-0.0677	0.0137	0.003	-0.0224	0.0144	0.0073	0.0482	-1.7337	1.6632	41.8085

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)