PDB-9jnc: Crystal Structure of SME-1 with improved electron density

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9jnc

タイトル

Crystal Structure of SME-1 with improved electron density

要素

beta-lactamase

キーワード

HYDROLASE / Carbapenemase / muatant / complex

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能

生物種

Serratia marcescens (霊菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.57 Å

データ登録者

Dhankhar, K. / Hazra, S.

資金援助

インド, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of SME-1 with improved electron density
著者: Dhankhar, K. / Hazra, S.

履歴

登録	2024年9月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年10月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9jnc.cif.gz	262.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9jnc.ent.gz	171.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9jnc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9jnc_validation.pdf.gz	935.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9jnc_full_validation.pdf.gz	944.5 KB	表示
XML形式データ	9jnc_validation.xml.gz	24.8 KB	表示
CIF形式データ	9jnc_validation.cif.gz	32.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jn/9jnc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jn/9jnc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (3) #187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (2) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: beta-lactamase

B: beta-lactamase

ヘテロ分子

61.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
30.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: beta-lactamase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.011, 51.918, 74.925
Angle α, β, γ (deg.)	90, 113.25, 90
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / End auth comp-ID: ASP / End label comp-ID: ASP / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 24 - 291 / Label seq-ID: 3 - 269

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	beta-lactamase / SME-1 分子量: 30403.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Serratia marcescens (霊菌) / 遺伝子: sme-2, blaSME-1, blaSME-4, blaSME1, SME12620_22 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q54488, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL 分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION 分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.06 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 4000, 0.2M Lithium Chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年6月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.57→24.301 Å / Num. obs: 16226 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.2 % / CC_1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 12.2
反射シェル	解像度: 2.57→2.68 Å / Num. unique obs: 1969 / CC_1/2: 0.854

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
CrysalisPro		データ削減
CrysalisPro		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.57→24.301 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.923 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.876 / SU B: 27.298 / SU ML: 0.263 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.382 / 詳細: Hydrogens have not been used

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2803	767	4.73 %
R_work	0.2048	15449	-
all	0.208	-	-
obs	-	16216	99.84 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.462 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.235 Å²	-0 Å²	-0.58 Å²
2-	-	-0.885 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.108 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.57→24.301 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4116	0	18	63	4197

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	4211
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.842	1.817	5676
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.129	5	534
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.526	5	31
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.425	10	745
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	12.902	10	187
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.137	0.2	622
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	3182
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.224	0.2	1969
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.304	0.2	2903
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.197	0.2	175
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.326	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.28	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.365	0.68	2136
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.269	1.221	2667
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.591	0.722	2075
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.566	1.311	3008
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.124	7.134	6414
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	3.804	3	4211
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.048	0.05	8990

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.048	0.0501
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.048	0.0501

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.57-2.636	0.315	81	0.217	1096	0.224	1177	0.939	0.975	100	0.196
2.636-2.707	0.374	69	0.197	1072	0.206	1141	0.922	0.979	100	0.173
2.707-2.785	0.344	57	0.211	1065	0.218	1122	0.937	0.976	100	0.183
2.785-2.869	0.312	35	0.228	1054	0.23	1089	0.944	0.97	100	0.2
2.869-2.962	0.41	37	0.261	1018	0.266	1055	0.905	0.96	100	0.229
2.962-3.064	0.332	22	0.253	989	0.255	1011	0.917	0.96	100	0.221
3.064-3.178	0.24	32	0.238	940	0.239	972	0.963	0.965	100	0.213
3.178-3.306	0.307	39	0.233	922	0.236	961	0.937	0.966	100	0.216
3.306-3.45	0.332	35	0.236	880	0.24	915	0.937	0.971	100	0.223
3.45-3.614	0.28	48	0.22	814	0.223	862	0.967	0.974	100	0.21
3.614-3.805	0.275	60	0.206	785	0.212	845	0.969	0.977	100	0.194
3.805-4.03	0.23	34	0.176	757	0.178	791	0.967	0.982	100	0.165
4.03-4.3	0.235	35	0.168	719	0.171	754	0.966	0.984	100	0.158
4.3-4.632	0.201	44	0.156	650	0.159	694	0.98	0.986	100	0.148
4.632-5.056	0.279	30	0.164	622	0.169	653	0.968	0.987	99.8469	0.155
5.056-5.622	0.228	31	0.19	556	0.192	587	0.975	0.979	100	0.177
5.622-6.435	0.292	15	0.206	510	0.208	525	0.955	0.98	100	0.189
6.435-7.747	0.289	20	0.18	426	0.184	446	0.957	0.985	100	0.169
7.747-10.438	0.213	22	0.115	352	0.119	374	0.981	0.993	100	0.115
10.438-24.301	0.214	21	0.197	222	0.198	246	0.982	0.986	98.7805	0.197

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3288	0.0202	0.051	1.9872	-0.723	1.2275	-0.0087	0.0307	-0.0498	-0.1018	0.0609	0.0503	0.0175	-0.0087	-0.0523	0.0083	-0.0058	0.0081	0.0697	-0.0268	0.0459	6.7217	-1.6585	27.6735
2	1.2604	0.0294	0.0369	1.4143	-0.5516	1.3554	0.0279	-0.0296	-0.0798	-0.0294	0.0193	0.1102	-0.0117	0.0022	-0.0472	0.0063	0.0141	-0.0024	0.08	-0.0263	0.0623	-7.7439	-3.4851	61.3695

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)