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万見
- PDB-9jmt: DRB3 dsRBD1 (i.e., DRB3(1-75)) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9jmt
タイトルDRB3 dsRBD1 (i.e., DRB3(1-75))
要素Double-stranded RNA-binding protein 3
キーワードRNA BINDING PROTEIN / A. thaliana / RNAi / DCL3 / dsRBD
機能・相同性AtDRB-like, first double-stranded RNA binding domain, plant / AtDRB-like, second double-stranded RNA binding domain, plant / Double-stranded RNA binding motif / Double-stranded RNA binding motif / Double stranded RNA-binding domain (dsRBD) profile. / Double-stranded RNA-binding domain / double-stranded RNA binding / Double-stranded RNA-binding protein 3
機能・相同性情報
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Paul, J. / Deshmukh, M.V.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Council of Scientific & Industrial Research (CSIR)MLP0161 インド
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2025
タイトル: Conformational Plasticity in dsRNA-Binding Domains Drives Functional Divergence in RNA Recognition.
著者: Patra, D. / Paul, J. / Rai, U. / P S, A. / Deshmukh, M.V.
履歴
登録2024年9月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年6月18日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Double-stranded RNA-binding protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,3521
ポリマ－9,3521
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, not applicable, NMR relaxation study
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Double-stranded RNA-binding protein 3 / dsRNA-binding protein 3 / AtDRB3


分子量: 9352.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
組織: shoot apical meristem / 遺伝子: At3g26932 / 器官: young flowers and young leaves / プラスミド: pET30a-DRB3D1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9LJF5
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
122isotropic12D 1H-13C HSQC
132isotropic13D HNCO
142isotropic13D HN(CA)CO
152isotropic13D HN(COCA)CB
1112isotropic13D HN(CA)CB
1102isotropic13D (H)CCH-TOCSY
192isotropic13D H(CCO)NH TOCSY
182isotropic13D (H)C(CCO)NH TOCSY
172isotropic13D 1H-15N NOESY HSQC
162isotropic13D 1H-13C NOESY HSQC aliphatic
1121anisotropic12D 1H-15N IPAP HSQC

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution1200 uM [U-15N] DRB3D1, 90% H2O/10% D2O15N15N90% H2O/10% D2O
solution2550 uM [U-13C; U-15N] DRB3D1, 90% H2O/10% D2O15N 13C13C 15N90% H2O/10% D2O
bicelle3300 uM [U-15N] DRB3D1, 90% H2O/10% D2O15N15N90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
200 uMDRB3D1[U-15N]1
550 uMDRB3D1[U-13C; U-15N]2
300 uMDRB3D1[U-15N]3
試料状態詳細: 50 mM Pot Phosphate (pH 6.8), 50 mM NaCl, 50 mM Na2SO4, 2 mM DTT
イオン強度: 150 mM / Label: K Phosph buffer / pH: 6.8 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE NEO / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE NEO / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin4Bruker Biospincollection
TopSpin4Bruker Biospin解析
TopSpin4Bruker Biospinデータ解析
CARA1.9.1Keller and Wuthrichpeak picking
CARA1.9.1Keller and Wuthrichchemical shift assignment
TALOS-NCornilescu, Delaglio and Baxchemical shift calculation
X-PLOR NIH3.5Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
X-PLOR NIH3.5Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 2
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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