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- PDB-9jkl: LYSYL-TRNA SYNTHETASE(LysRS) COMPLEXED WITH LYSINE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9jkl
タイトルLYSYL-TRNA SYNTHETASE(LysRS) COMPLEXED WITH LYSINE
要素Lysine--tRNA ligase
キーワードLIGASE / tRNA synthetase tRNA ligase Lysyl-tRNA synthetase
機能・相同性
機能・相同性情報


catalytic activity, acting on a protein / lysine-tRNA ligase / lysine-tRNA ligase activity / lysyl-tRNA aminoacylation / transferase activity / tRNA binding / magnesium ion binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Bacterial/eukaryotic lysine-tRNA ligase, class II / Lysine-tRNA ligase, class II / Lysine-tRNA ligase, class II, N-terminal / Lysyl-tRNA synthetase, class II, C-terminal / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (D/K/N) / tRNA synthetases class II (D, K and N) / OB-fold nucleic acid binding domain, AA-tRNA synthetase-type / OB-fold nucleic acid binding domain / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. ...Bacterial/eukaryotic lysine-tRNA ligase, class II / Lysine-tRNA ligase, class II / Lysine-tRNA ligase, class II, N-terminal / Lysyl-tRNA synthetase, class II, C-terminal / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (D/K/N) / tRNA synthetases class II (D, K and N) / OB-fold nucleic acid binding domain, AA-tRNA synthetase-type / OB-fold nucleic acid binding domain / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
LYSINE / Lysine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50 (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Jani, J. / Mochi, J. / Shah, S. / Das, A. / Patel, D. / Pananghat, G. / Pappachan, A.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: LYSYL-TRNA SYNTHETASE(LysRS) COMPLEXED WITH LYSINE
著者: Jani, J. / Mochi, J. / Shah, S. / Das, A. / Patel, D. / Pananghat, G. / Pappachan, A.
履歴
登録2024年9月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年9月10日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,6369
ポリマ－59,8441
非ポリマー7928
水7,026390
1
A: Lysine--tRNA ligase
ヘテロ分子

A: Lysine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,27318
ポリマ－119,6892
非ポリマー1,58416
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area12320 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area39610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.015, 105.015, 241.350
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Lysine--tRNA ligase / Lysyl-tRNA synthetase / LysRS


分子量: 59844.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50 (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: lysS, SAV0517 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P67609, lysine-tRNA ligase
#2: 化合物 ChemComp-LYS / LYSINE


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15N2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 390 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.88 %
結晶化温度: 296 K / 手法: マイクロバッチ法 / 詳細: 0.1M Tris HCl pH 8.5, 8% W/V PEG 8000, 5mM Lysine

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: 100K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月2日
放射モノクロメーター: Double Crystal Si111 with LN2 closed loop cooling
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→79.22 Å / Num. obs: 60972 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 24.8 % / Biso Wilson estimate: 47.74 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.138 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.141 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 16.9
反射 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / 冗長度: 25.2 % / Rmerge(I) obs: 1.524 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 4444 / CC1/2: 0.959 / Rpim(I) all: 0.309 / Rrim(I) all: 1.556 / Χ2: 1.04 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
Cootモデル構築
DIALSデータ収集
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→79.22 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.228 3070 -
Rwork0.204 --
obs-60972 100 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→79.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3927 0 52 390 4369
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2286 --
Rwork0.2046 --
obs-4444 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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