PDB-9jkc: Crystal structure of Aspergillus fumigatus polymycovirus 1 ployme...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9jkc

タイトル

Crystal structure of Aspergillus fumigatus polymycovirus 1 ploymerase (residues 85-763) in its apo state

要素

RNA dependent RNA polymerase

キーワード

VIRAL PROTEIN / RNA virus / RNA-dependent RNA polymerase

機能・相同性

機能・相同性情報

viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / RNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Aspergillus fumigatus tetramycovirus 1 (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.4 Å

データ登録者

Jia, H. / Cao, S. / Gong, P.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: Sci Adv / 年: 2025
タイトル: An evolutionarily unique viral RdRP suggests a common dual-function feature of the priming element.
著者: Jia, H. / Liu, S. / Rao, G. / Liu, Q. / Wu, J. / Cao, S. / Gong, P.

履歴

登録	2024年9月15日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年3月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年4月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9jkc.cif.gz	614.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9jkc.ent.gz	505.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9jkc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jk/9jkc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jk/9jkc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9jkdC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: RNA dependent RNA polymerase

B: RNA dependent RNA polymerase

C: RNA dependent RNA polymerase

D: RNA dependent RNA polymerase

E: RNA dependent RNA polymerase

385 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: RNA dependent RNA polymerase

登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, Cryo-electron microscopy data indicate that this protein forms a decamer (dimer of pentamer arranged in back-to-back fashion) in solution
76.9 kDa, 1 ポリマー
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2

B: RNA dependent RNA polymerase

登録者が定義した集合体
76.9 kDa, 1 ポリマー
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3

C: RNA dependent RNA polymerase

登録者が定義した集合体
76.9 kDa, 1 ポリマー
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4

D: RNA dependent RNA polymerase

登録者が定義した集合体
76.9 kDa, 1 ポリマー
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5

E: RNA dependent RNA polymerase

登録者が定義した集合体
76.9 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	257.961, 182.916, 118.681
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 103.790, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	RNA dependent RNA polymerase 分子量: 76913.234 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Aspergillus fumigatus tetramycovirus 1 (ウイルス) 遺伝子: RdRP / プラスミド: pET26b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: A0A0H5BRR0
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.21 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 8.5 / 詳細: Tris pH 8.5, SOKALAN CP 42

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17U / 波長: 0.97917 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月11日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97917 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.4→40 Å / Num. obs: 72936 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.141 / R_pim(I) all: 0.09 / R_rim(I) all: 0.168 / Χ²: 0.891 / Net I/σ(I): 8 / Num. measured all: 245809

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
3.4-3.52	3.2	0.492	7273	0.75	0.324	0.592	0.826	99.8
3.52-3.66	3.4	0.385	7231	0.841	0.243	0.457	0.81	99.7
3.66-3.83	3.5	0.279	7299	0.918	0.176	0.33	0.808	100
3.83-4.03	3.4	0.219	7296	0.945	0.14	0.261	0.881	99.9
4.03-4.28	3.3	0.156	7262	0.97	0.103	0.188	0.887	100
4.28-4.61	3.5	0.126	7285	0.981	0.079	0.149	0.94	100
4.61-5.08	3.4	0.098	7327	0.987	0.062	0.116	0.965	100
5.08-5.81	3.3	0.101	7297	0.987	0.065	0.121	0.944	99.9
5.81-7.31	3.4	0.079	7333	0.991	0.05	0.094	1.022	100
7.31-40	3.2	0.039	7333	0.997	0.025	0.046	0.822	98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	1.19	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Cyro-EM structure of AfuPmV-1 N85

解像度: 3.4→29.88 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 20.56 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2056	3723	5.11 %
R_work	0.1576	69154	-
obs	0.1601	72877	99.38 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 124.86 Å² / B_iso mean: 47.7779 Å² / B_iso min: 18.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3.4→29.88 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	25253	0	0	29	25282
B_iso mean	-	-	-	31.23	-
残基数	-	-	-	-	3292

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 27

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
3.4-3.44	0.3099	121	0.2445	2300	2421	88
3.44-3.49	0.2783	139	0.2284	2527	2666	100
3.49-3.54	0.2997	146	0.2086	2525	2671	100
3.54-3.59	0.2912	165	0.2111	2585	2750	99
3.59-3.64	0.2471	126	0.1879	2536	2662	100
3.64-3.7	0.2285	152	0.1824	2579	2731	100
3.7-3.76	0.2375	161	0.1704	2520	2681	100
3.76-3.82	0.2174	129	0.165	2584	2713	100
3.82-3.89	0.2333	126	0.1625	2576	2702	100
3.89-3.97	0.2094	105	0.1651	2617	2722	100
3.97-4.05	0.2146	126	0.1575	2571	2697	100
4.05-4.13	0.2166	122	0.154	2562	2684	100
4.13-4.23	0.193	153	0.1419	2569	2722	100
4.23-4.34	0.1799	122	0.146	2552	2674	100
4.34-4.45	0.1756	132	0.1424	2606	2738	100
4.45-4.58	0.2108	143	0.1415	2564	2707	100
4.58-4.73	0.1904	166	0.1336	2547	2713	100
4.73-4.9	0.1827	150	0.1361	2553	2703	100
4.9-5.09	0.1767	134	0.1322	2606	2740	100
5.09-5.33	0.1864	140	0.1433	2544	2684	100
5.33-5.6	0.2244	156	0.1667	2589	2745	100
5.6-5.95	0.2267	126	0.1612	2579	2705	100
5.95-6.41	0.2127	124	0.1566	2603	2727	100
6.41-7.04	0.1998	126	0.1608	2601	2727	100
7.05-8.05	0.1697	145	0.139	2591	2736	100
8.05-10.07	0.145	147	0.1157	2586	2733	100
10.07-29.88	0.1684	141	0.1622	2582	2723	97

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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